В сирийской школе Несторий получил отвращение к смешению двух естеств и научился точно различать человечность своего наставника Христа от божественности Господа Иисуса. Благословенную Деву он чтил как матерь Христа, но его слух оскорбляло неосмотрительное и недавнее название матери Божией, которое мало-помалу вошло в обыкновение со времени возникновения арианского учения. Один из друзей патриарха, а впоследствии и сам патриарх неоднократно восставали с константинопольской церковной кафедры против употребления или неправильного применения такого слова, которое не было знакомо апостолам, не было одобрено церковью и могло лишь тревожить людей боязливых, вводить в заблуждение людей простодушных, забавлять мирян и путем кажущегося сходства оправдывать старинную генеалогию олимпийских богов. В минуты более спокойного размышления Несторий признавался, что это название можно допускать или извинять вследствие соединения двух естеств и обоюдного сообщения их свойств; но раздражившись от вызванных им возражений, он стал отвергать поклонение новорожденному и малолетнему Богу, стал основывать свои неудовлетворительные уподобления на сравнениях с супружеским сожитием или с гражданским сотовариществом и стал считать человечность Христа за оболочку, орудие и обитель его божественности. От такого богохульства затрясся фундамент святилища. Потерпевшие неудачу соперники Нестория дали волю своей ненависти, которая была внушена благочестием или завистью; византийское духовенство было втайне недовольно тем, что в его среду проник чужеземец; все, что носит на себе печать суеверия и безрассудства, имеет право на покровительство монахов, а народ был заинтересован величием своей девственной заступницы.
Мятежные крики стали прерывать проповеди архиепископа и служение перед алтарем; некоторые конгрегации стали отвергать его авторитет и его учение; дух партий стал разносить по всей империи семена религиозной распри, и голоса бойцов стали долетать с этого звучного театра до палестинских и египетских монашеских келий. На Кирилле лежала обязанность просветить усердие и невежество подчиненных ему бесчисленных монахов; в александрийской школе он познакомился с учением о воплощении одного естества и усвоил это учение, и преемник Афанасия только из высокомерия и из честолюбия восстал против нового Ария, который был еще более грозен и более преступен, так как занимал второй пост в церковной иерархии. После непродолжительной переписки, в которой два соперника прикрывали свою взаимную ненависть притворными выражениями уважения и смирения, александрийский патриарх заявил государю и народу, Востоку и Западу о пагубных заблуждениях византийского первосвященника. С Востока, и в особенности из Антиохии, он получил в ответ двусмысленные советы держаться веротерпимости и молчать — советы, которые были обращены к обеим сторонам и были благоприятны для Нестория. Но Ватикан принял египетских посланцев с распростертыми объятиями. Тщеславие Целестина было польщено тем, что его призывали в судьи, и сделанное монахом пристрастное истолкование текста установило религиозные верования папы, который вместе со своим латинским духовенством не имел никакого понятия ни о греческом языке, ни о греческих искусствах, ни о греческой теологии. В качестве председателя собора, составленного из итальянских епископов, Целестин взвесил доводы обеих сторон, одобрил верования Кирилла, осудил мнения и действия Нестория, лишил еретика епископского сана, назначил ему десятидневный срок для отречения от его мнений и для раскаяния и возложил на его противника исполнение этого неосмотрительного и противозаконного приговора. Но в то время как александрийский патриарх метал небесные громы, он обнаружил заблуждения и страсти простого смертного, и его двенадцать анафем до сих пор приводят в отчаяние тех рабских приверженцев православия, которые хотели бы сохранить уважение к памяти святого, не нарушая своей преданности постановлениям Халкидонского собора. Эти смелые положения носят на себе неизгладимую окраску еретических мнений Аполлинария, а серьезные и, быть может, искренние мнения Нестория удовлетворяют самых благоразумных и самых беспристрастных богословов нашего времени.
Однако ни император, ни восточный первосвятитель не были расположены подчиняться повелениям итальянского иерея, и со всех сторон было заявлено требование созвать собор из представителей католического или, верней, греческого духовенства как единственное средство прекратить или разрешить церковную распрю. Эфес, доступный со всех сторон и с моря, и с суши, был избран местом собрания, а время открытия собора было назначено на Троицын день; всем митрополитам были разосланы приглашения, и была поставлена стража для того, чтобы охранять и держать взаперти отцов церкви, пока они не разрешат небесных тайн и не установят земных верований. Несторий появился не как преступник, а как судья; он рассчитывал не столько на многочисленность преданных ему прелатов, сколько на их влияние, а его сильные рабы из Зевксинских бань были вооружены на всякий случай и для нападения, и для обороны. Но его соперник Кирилл умел лучше его владеть и светским, и духовным оружием. В нарушение если не буквы, то по меньшей мере смысла императорского приглашения он взял с собой пятьдесят египетских епископов, которые ждали, чтобы их патриарх объяснил им легким наклонением головы, в чем заключается воля Святою Духа. Он вступил в тесный союз с Эфесским епископом Мемноном. Этот деспотический азиатский примас мог располагать горячей поддержкой тридцати или сорока епископских голосов; в город была приведена толпа находившихся в рабской зависимости от церкви крестьян для того, чтобы они поддержали метафизические аргументы насилиями и криками, а народ горячо вступился за честь Девы, тело которой покоилось внутри Эфесских стен. Флот, который перевез Кирилла из Александрии, был нагружен египетскими богатствами; он высадил на сушу многочисленный отряд матросов, рабов и фанатиков, ставших под знамя св. Марка и Матери Божией с готовностью на слепое повиновение. Эти воинственные приготовления наводили страх не только на отцов церкви, но даже на соборную стражу; противники Кирилла и Марии подвергались оскорблениям на улицах и угрозам внутри своих жилищ; красноречие и щедрость Кирилла ежедневно увеличивали число его приверженцев, и этот египтянин скоро довел дело до того, что мог рассчитывать на преданность и на голоса двухсот епископов. Но автор двенадцати анафем ожидал и боялся сопротивления Иоанна Антиохийского, который медленно приближался из отдаленной столицы Востока в сопровождении немногочисленной, но внушавшей уважение свиты из митрополитов и богословов. Раздраженный отсрочками, которые он клеймил названиями самовольных и преступных, Кирилл объявил, что собор откроется через шестнадцать дней после празднования Троицына дня. Рассчитывавший на скорое прибытие своих восточных друзей, Несторий решительно отвергал — подобно своему предшественнику Златоусту - юрисдикцию своих врагов и не являлся на их приглашения; они поторопились разбирательством дела, а его обвинитель председательствовал на суде. Шестьдесят восемь епископов, и в том числе двадцать два митрополита, предъявляли в его защиту скромные и сдержанные протесты; они были устранены от совещаний. Кандидиан потребовал от имени императора четырехдневной отсрочки; этот светский сановник подвергся оскорблениям и был выгнан из собрания святых. Все эти важные события совершились в течение одного летнего дня; каждый из епископов отдельно изложил свое мнение, но однообразие слога обнаруживает влияние или руку повелителя, которого обвиняли в фальсификации их актов и подписей. Ни один голос не протестовал против их решения, что послания Кирилла согласны с Никейским символом и с учением отцов церкви; но чтение неверных извлечений из писем и проповедей Нестория было прервано бранью и проклятиями, и еретик был лишен епископского сана и духовного звания. Приговор, в котором его называли новым Иудой, был публично объявлен в Эфесе и выставлен на перекрестках; в то время, как измученные прелаты выходили из церкви Матери Божией, их приветствовали как ее защитников, и ее победа была отпразднована среди ночной суматохи иллюминацией и пением.
