Хотя Дениц сконцентрировался в основном на своем подводном флоте, силы которого быстро удвоились, а с момента объявления войны — утроились, отдельные военные корабли тоже являли собой угрозу кораблям союзников. Названия крупных немецких линкоров, таких как «Бисмарк» и «Тирпиц», стали так же хорошо известны британскому обществу, как названия знаменитых британских кораблей, и Королевский флот заявил, что будет преследовать их; именно это он и сделал во время одной из крупнейших операций против одного вражеского корабля, «Бисмарка». В мае 1941 года британские военные корабли настигли, загнали в ловушку и, наконец, потопили гордость Германии во время признанного блестящим маневра в 620 милях от французского берега. С этого времени самые крупные военные корабли немцев видели редко, и давление на британский флот пришло со стороны немецких подводных лодок, чьи способности понятны из одних только статистических данных: с июля по декабрь 1941 года подводный флот Германии вырос с 65 до более чем 230 лодок

К этому времени немецкие подлодки рыскали стаями. Их прозвали «волчьими стаями»; немцам эта тактика была известна как «рюдельтактик»; они были созданы Деницем специально для проведения операций против конвоев союзников. Имея свору тяжело вооруженных субмарин, он считал, что конвой из 30-40 кораблей будет легкой добычей при достаточном расстоянии между ними — чтобы немецкие подлодки смогли отступить прежде, чем их атакует эскорт. В конце концов у Деница стало достаточно подводных лодок и удобных береговых баз, чтобы испробовать свой замысел, и поначалу он обошелся невероятно дорого Британии и ее союзникам. Первое нападение «волков» было произведено на конвой номер НХ72, который вышел с 21 кораблем из Галифакса, 9 сентября 1940 года. Дополнительные корабли, пришедшие из Южной Америки, присоединились днем позже, и наконец 42 корабля сформировались в 9 колонн и отправились в путь через Атлантический океан. В состав эскорта входил эсминец Канадского королевского флота «Сагени» и патрульное судно «Френч». К ним присоединился вспомогательный крейсер «Джервис Бей», который, в свою очередь, отвели, когда конвой был в 500 милях к западу от Ирландии, чтобы сопровождать конвой, идущий назад в Америку. Это создало 17-часовой временной зазор, в течение которого конвой оставался неприкрытым. Эсминцы командования Западных Подходов должны были встретить конвой примерно в 300 милях западнее Ирландии. 20 сентября 1940 года конвой был замечен командиром немецкой подводной лодки U47, Понтером Прином. Он уже был известен в Германии тем, что потопил британский линкор «Ройял-Оук» в Скапа-Флау в октябре 1939 года. Несколькими днями раньше U47 напала на конвой SC2 и с того времени сообщала данные о погодных условиях для налетов «Люфтваффе» на Британию. Прин передал, что заметил большой конвой, и адмирал Дениц лично организовал атаку, ставшую известной как первое нападение «стаи» в Битве за Атлантику.

Он дал указание U47 быть впереди конвоя и вести наблюдение, пока не прибудет подкрепление. Затем он отправил пять других подлодок, чтобы организовать наступательную линию в 30 миль шириной, которая, как рассчитал Дениц, встретит конвой на следующий день. Когда корабли союзников приблизились, Дениц приказал подлодкам подойти ближе и атаковать. 22 сентября 1940 года он записал в своем дневнике:

«Пять подлодок, которые находились за 380 миль на момент первого обнаружения, были готовы атаковать возвращающийся домой конвой в результате точных донесений отслеживания: было потоплено 13 кораблей. Успех стал возможен в результате того, что плохо охраняемый конвой был перехвачен далеко к западу благодаря верным тактическим действиям лодок, выслеживавших и действовавших в широких зонах и благоприятной погоде. Действия последних дней показали основательность разработанных до войны деталей, которые касаются конвоев и использования радиосвязи во время сражения с неприятелем».

Потери Британии от нападения на НХ72 насчитывали 11 кораблей, общим тоннажем в 72 727 тонн. Корабли перевозили более 100 000 тонн припасов и 45 000 тонн топлива. НХ72 был первым союзническим конвоем за время войны, потерявшим больше пяти кораблей. А еще военно-морские командиры, руководившие конвоем, были поражены, когда узнали, что германские подводные лодки начали действовать среди кораблей конвоя по ночам как надводные суда; из-за небольшого силуэта их было невероятно трудно заметить в темноте. При такой форме нападения АСДИК были бесполезны: подлодки уже были на поверхности.

Начиная с этого времени стаи начали работать по четкой схеме, разделив Атлантический океан на ячейки и используя патрульные линии, чтобы выслеживать конвои. Когда патруль обнаруживали, одна лодка шла и следила за ним, докладывая его направление и скорость. На начальных стадиях Дениц лично руководил многими операциями. Все доклады передавались ему для личного командования, и он давал указания по развертыванию остальных лодок и по нападению на конвой всей стаей. Иногда Дениц обращался к стратегии расстрела отдельных отставших от конвоя кораблей, которых всегда бывало несколько. В других случаях он мог окружить определенную часть конвоя, и стая набрасывалась на нее более или менее одновременно, обычно ночью и на поверхности. Почти 140 «волчьих стай» было сформировано за период их наибольшей активности с 1940 по 1943 год Они действовали вместе около двух-трех недель. Самые маленькие группы состояли из 3-4 лодок, хотя более крупные группы — даже до 20 в одной «стае» — не были редкостью. Для конвоев это была страшная встреча — когда одна за другой эти лодки засекались АСДИК, кружа, как акулы. Для британских подводников это было то же — и более. Долгие переходы через Атлантический океан были тяжелейшим испытанием для дизельных моторов, а верхней вахте приходилось особенно тяжело во время столкновения с ужасающими погодными условиями Атлантики.

Бывший старшина Джон Монен был в феврале 1941 года на субмарине «Таку», направлявшейся в Новую Шотландию во время сильнейшего шторма, когда в центральной части Атлантического океана отказали двигатели и они потеряли мощность — в невероятных условиях, в море, которое грозило перевернуть лодку. И, как будто этого было недостаточно, вспоминал Морган:

«Когда я проходил через центральный пост, я увидел на карте один или два крестика. Потом я узнал от другого лейтенанта, которого сменил в машинном отделении, что крестики означают немецкие подлодки, ждущие только подходящей погоды, чтобы напасть на нас. Какое-то время спустя, когда я снова проходил через центральный, я бросил взгляд на карту и увидел, что добавилось еще два-три крестика. Заступая на вахту в машинном, я заглянул в каюту машинистов и заметил, как один или двое молятся. Один из старших машинистов начал тихо петь “Когда я поднимаю взор”. Казалось, что благодаря этому все наладилось. Корабли вышли на поиски “Таку”. Какое-то время все считали, что единственное решение — это затопить лодку и снять команду. На самом деле ее потом взяли на буксир и привели ее назад на базу в Шотландии, на ремонт».

Для дежурств в Атлантике требовалось очень много подводных лодок, и на службу отправляли все доступные лодки. Хотя в 1941 году предполагалось поступление 53 новых субмарин плюс еще одна, которая шла из США по ленд-лизу, и 3 были построены на британских верфях для Турции, но теперь удерживались, заданий хватало всем. Пока комплектовались новые лодки, многие из построенных до 1919 года лодок классов «Н» и «L» использовались на передовой. Они были плохо оснащены, технологически слабы и малодейственны и в высшей степени неудобны для экипажа.

И все-таки учебная флотилия лодок класса «Н», о которой коммандер Липскомб говорит, что «она никогда не действовала, не считая операций патрулирования», приняла вид соединения из 18 субмарин, стянутых отовсюду, чтобы сформировать вокруг Бреста то, что стало известно как «железное кольцо». Они дежурили круглые сутки, и их задачей было изматывать немецкие корабли, покидающие хорошо защищенную бухту, укрытую северо-западным побережьем Франции. Эта бухта была гаванью для больших военных средств неприятеля, и здесь заправлялись немецкие подводные лодки, нападавшие на атлантические конвои. Это означало долгое пребывание под водой. Липскомб описал блокаду как «исключительное событие в истории подводного флота», хотя во время Первой Мировой войны случались прецеденты, когда Британия организовала подводную блокаду вокруг Зеебрюгге.