Под элиптическим (в плане) отвесным подзором корабль имел первый на флоте балансирный руль Стэнхуопа, который сделал ненужным тяжелый стерн-пост и облегчил ручное управление. Это нововведение весьма приветствовали, поскольку паровой рулевой привод на корабле был установлен только через 20 лет. Этот руль, с площадью пера на 25% больше, чем на «Минотавре», мог быть отклонён при такой же скорости хода, как и у «Минотравра». на угол 35°-40° за 27 секунд усилиями всего восьми матросов. Благодаря такому рулю и своему короткому корпусу корабль получился очень управляемым.
Короткая батарея (в которой, между прочим, стояло пять орудий, хотя по нормам обслуживания их должно было быть не более четырёх) позволяла значительно улучшить жилые условия экипажа, но наличие ретирадных орудий в корме заставило занять помещениями командира места офицерских кают, кают-компаний старших и младших офицеров и столовой механиков, что привело к переносу последних вниз, на нижнюю палубу, где они плохо вентилировались и освещались. Когда корабль определили в качестве флагманского, выяснилась необходимость добавления полуюта, чтобы разместить в нём апартаменты адмирала.
Вооружение
Первые 19 лет долгой службы корабля его батарея состояла из десяти 9" дульнозарядных нарезных орудий, ещё два таких же 7" орудия были установлены в носу за бронёй на главной палубе, где их невозможно было обслуживать при ходе против волны, а ещё три 7" пушки стояли в корме (из них две на главной палубе, а одна на верхней палубе). Это расположение погонных орудий на главной палубе было одной из тех ошибок проекта, которые обычно имеют место, когда оптимистичные оценки на бумаге сочетаются с недостатком мореходного опыта – к сожалению, это было общей особенностью всех ранних проектов Рида. Возможность работать у бортовых портов даже с такими большими орудиями каким была новая 9" 12-тонная модель, появилась благодаря металлическим станкам системы Скотта, которые имели различные механические привода для их обслуживания вместо прежней системы канатов и талей. Но к сожалению эти станки выпускались в модификации Управления морской артиллерии, в которой и сами станки, и направляющие их отката оказались существенно ослабленными. Установки Скотта почти произвели революцию в морской артиллерии, так что со временем 25-тонные орудия, весившие вместе со станками до 35 т, можно было обслуживать на волнении у борта с большей легкостью и безопасностью, чем 12-тонные выпуска 1865 г. Впоследствии кэптен Скотт был назначен суперинтендантом орудийных станков, но до того, как он с высот этого положения мог следить, чтобы его проекты не подвергались изменениям, различные «улучшения» со стороны всевозможных управлений, комитетов или официальных лиц, в итоге уменьшавших действенность его конструкций, были обычным делом. Пока от этих «улучшений» не отказались, исходный проект не был принят, и однажды это соревнование различных ведомств зашло так далеко, что Совет счёл необходимым употребить свой авторитет и отдал распоряжение, чтобы все новые модели орудийных станков разрабатывались на королевских верфях под наблюдением Адмиралтейства.
Станки Скотта оказались очень прочными. Приводы их механизмов не страдали от сотрясений при стрельбе, самодействующий управляющий привод почти не зависел от «человеческого фактора» при обслуживании, обеспечивая постепенное погашение (а не жестокое сопротивление) толчков и ударов при откате, распределение сотрясений по большим поверхностям независимо от искривления борта или других его повреждений; станки обеспечивали лёгкость и плавность хода во всех направлениях, безопасность обслуживания при любом состоянии моря.
В 1885 г., когда по настоянию Управления морской артиллерии Военного ведомства – в то время ответственного за выпуск морских орудий -Адмиралтейство наконец-то приняло на вооружение казнозарядные орудия, было решено, что «Беллерофон» следует перевооружить на новый манер, и он стал единственным из самых первых броненосцев, на котором полностью заменили все орудия на казнозарядные. Но это перевооружение можно считать лишь экспромтом, поскольку в то время появилась мода экономить на флоте, и возобладал взгляд, что обновление старых кораблей вместо строительства новых позволит сэкономить средства. Новые 8" орудия отобрали таким образом, чтобы их вес равнялся старым 9" дульнозарядным, но увеличенная длина ствола усложняла их установку, особенно в условиях волнения, когда порты следовало держать закрытыми. Теперь в батарее располагалось десять новых 8" казнозарядных орудий на станках Вавассера, под полубаком и полуютом вместо 7" установили четыре 6" казнозарядных пушки, которые вели огонь через специально сконструированные амбразуры. Вместо салютных пушек Армстронга установили 4" казнозарядные – вместе с четырьмя 6-фунтовыми пушками Готчкисса и 12 картечницами, размещенными на верхних надстройках, они образовали первую специальную противоминную батарею. Одновременно с этим старый корабль получил две торпедных трубы для выпуска 16" торпед Уайтхеда. Порты для них были прорезаны по главной палубе за пределами батареи.
Перевооружение «Беллерофона» было наиболее полным среди всех броненосцев, но, хотя старому кораблю придали видимость боевой силы, оно продемонстрировало, что короткие батарейные дульнозарядные орудия не могут быть эффективно заменены на более длинные казнозарядные почти такого же веса без чрезмерного загромождения пространства. С этого времени на всех старых кораблях, которые поступали на «модернизацию», батареи на главной палубе изменениям не подвергались, а новые казнозарядные орудия устанавливались только на верхней палубе.
Установки Вавассора
Этот первый удачный орудийный станок для мощных казнозарядных артиллерийских систем был разработан Дж. Вавассером, инженером фирмы Армстронга, в начале 80-х гг. XIX столетия. Его отличительной особенностью было то, что механизм отдачи состоял не из механических тормозов, как на горизонтально-скользящих станков прежнего типа, а из двух гидроцилиндров, корпуса которых крепились к станинам со стороны казённой части, а штоки поршней закреплялись на салазках спереди станин. Основание поршня было спроектировано так, чтобы обеспечивать равномерную отдачу, а салазки поднимались в тыльной части станка под углом 7,5° к горизонту, так что ствол после отдачи «съезжал» в исходное положение под действием собственной силы тяжести.
Система подъёма ствола на старых станках всё время была источником постоянных задержек и беспокойств, поскольку привод прикреплялся к откатному лафету и не мог использоваться для корректировки угла возвышения, когда орудие было готово к стрельбе, пока капсюль не был вынут из запального желоба. После извлечения капсюля и уточнения угла наводки орудие следовало снова готовить к выстрелу – но к этому времени из-за перемещения корабля и цели возникала необходимость производить все манипуляции снова. На станках Вавассера горизонтальная и вертикальная наводка осуществлялись червячными передачами с ручным приводом, которые позволяли наводить уже непосредственно готовое к стрельбе орудие. Наконец-то канатные тали, используемые для передвижения, наводки и удержания орудия в течение многих столетий, канули в прошлое.
Первый станок Вавассера был спроектирован для бортового орудия, стрелявшего через порт, и он перемещался на обычных роликах по палубным погонам вокруг штыря у борта. Станок для 6" орудия был сконструирован так, чтобы ствол орудия находился внутри борта, а длина отката равнялась всего 1067 мм. Позднее выяснилось, что подобное заглубление орудия излишне, и что его можно быстро заряжать и быстро стрелять из него и когда ствол выходит за переделы порта. Так станок на бортовом штыре, в котором при горизонтальной наводке орудия постоянно требовалось корректировать прицел ввиду его зависимости от положения орудия, в связи с погибью палубы, уступил место станку на центральном штыре.