В действительности было не так. Церковь в союзе с самодержавием была гонительницей просвещения народа и насаждала невежество и мракобесие. Просвещение использовалось для оправдания крепостнических порядков и эксплуатации народа. Правительство и церковь старались помешать распространению грамотности, воспитать народ в духе преданности самодержавию и религии, увести его от революционной борьбы. Православная церковь признавала только такое просвещение, которое было основано на религии. Просвещение же, не освящённое благодатным влиянием религии, говорили ее представители, скорее пагубно, чем полезно. Относясь враждебно к просвещению народа и развитию отечественной науки, церковь часто была инициатором травли наиболее талантливых учёных и прогрессивных учителей. Она тормозила развитие просвещения и науки, добивалась уничтожения книг передовых учёных.

Уже в древней Руси церковь выступала в роли гонительницы просвещения и науки. На церковных соборах XIV - XVII ее. рассматривались и утверждались индексы запрещённых книг. Древнейший церковный памятник — Кормчая книга — за чтение таких книг назначала церковное проклятие. Книги, признанные вредными, предлагалось сжигать на теле лиц, у которых они были обнаружены. Особенно ненавистны были духовным властям книги, пришедшие с Запада. Стремясь сохранить в неприкосновенности господствующую религиозную идеологию, освящавшую крепостнический строй и эксплуатацию народа, духовные власти боролись с проникновением в Москву западноевропейских идей, уничтожали привезённые оттуда книги, а распространителей этих идей и хранителей запрещённых книг подвергали жестокой казни. При Иване III за хранение и чтение иностранных книг в Москве сожгли в деревянной клетке князя Лукомского вместе с переводчиком Матиасом Ляхом, обвинив их в чародействе и злом умысле. Тогда же как колдуна, знавшегося с нечистой силой, казнили врача-иностранца Антона Эренштейна, а в 1580 г., в царствование Ивана IV, сожгли как «лютого волхва» придворного врача-иностранца Бомелия.

Нетерпимость к просвещению и науке проявлялась духовными властями и в XVII в. При царе Федоре Алексеевиче хотели сжечь голландского фельдшера Квиринуса по обвинению в волшебстве. Боярина Артамона Сергеевича Матвеева за его пристрастие к книгам в 1676 г. обвинили в чародействе и сослали в Пустозерский монастырь. При организации в 1687 г. «рассадника просвещения» — Славяно-греко-латинской академии на неё возложили обязанность наблюдать, чтобы иностранцы не производили «противностей» православной церкви. Инквизиторы академии должны были сжигать еретические, гадательные и «богохульные» книги, а лиц, виновных в их распространении, доставлять для наказания в «градский» суд.

В XVIII в., укрепляя власть помещиков-крепостников, правительство прикрывалось модным в то время лозунгом «просвещения». Но к просвещению правительство и духовное ведомство продолжали относиться с крайней враждебностью, подвергая гонениям прогрессивных мыслителей и учёных. Уже в начале XVIII в. авторов и распространителей сочинений против церкви предлагалось допросить с «очисткой» и прислать в Синод с расспросными речами. Даже Академия наук не была свободна от бдительного контроля представителей церкви. Они проверяли ее издания, выискивая в них места «сумнительные и противные христианским законам, правительству и добронравию». По их настоянию в 1743 г. был изъят изданный Академией наук астрономический календарь, в котором духовные цензоры умудрились найти сведения о планетах, «к соблазну народному склонные». Они возражали также против предпринятого Академией наук издания русских летописей — этого ценнейшего источника для изучения русской истории. По отзывам духовных цензоров, в летописях содержится «много лжи явственные».

Ненависть Синода и духовенства вызвал и великий русский учёный М. В. Ломоносов, исследования которого подрывали основы религии. Ломоносов отвергал церковное учение о неизменности природы и создании ее богом. «Напрасно думают, — писал он, — что все, как видим, сначала творцом создано. Таковые рассуждения весьма вредны приращению наук. Легко быть философом, выучив три слова: бог так сотворил, — и сие дая в ответ вместо всех причин»³. Ломоносов высмеивал тупость и невежество духовенства, выступавшего против науки. В 1740 г. по инициативе Ломоносова была издана книга французского учёного, академика Фонтенеля «Разговор о множестве миров», в которой в популярной форме излагались научные данные астрономии, шедшие вразрез с религиозными мифами о создании мира. Синод признал книгу Фонтенеля «противной вере и нравственности»; книгу изъяли и уничтожили. Раздражённый выступлениями М. В. Ломоносова против религии и церкви, Синод хотел помешать его научной деятельности. Он требовал, чтобы произведения Ломоносова были сожжены, а сам Ломоносов был отослан в Синод «для увещания и исправления»⁴. Нападки Синода не запугали Ломоносова, он продолжал настаивать на свободе научных исследований, требовал, чтобы духовенство «не привязывалось» к науке и не ругало учёных в своих проповедях.

В 1756 г. Московский университет хотел издать философскую поэму выдающегося английского писателя Александра Попа (1688-1744) «Опыт о человеке». В этой книге автор выступал против средневековых научных взглядов о строении вселенной. Естественно, это вызвало резкие нападки духовных цензоров, которые нашли в книге «зловредные идеи Коперника о множестве миров, противные Священному писанию», и книга была запрещена. «Исправление» книги поручили московскому митрополиту Амвросию. Тот переделал поэму Попа, заменив стихи, в которых говорилось о множестве миров и коперниковской системе, своими стихами. В таком искажённом виде книга и была издана в 1757 г.

Преследованиям духовных властей подвергся прогрессивный учёный, профессор математики Московского университета Д. С. Аничков (1733-1788), издавший в 1759 г. диссертацию «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов». Аничков отвергал божественное происхождение религии и обвинял духовенство в невежестве и шарлатанстве. Отзыв о диссертации Аничкова дал московский митрополит Амвросий. Книга была признана им «вредной и соблазнительной». По его настоянию книгу Аничкова публично сожгли в Москве на Лобном месте. Другой профессор Московского университета, И. Мельман, за критику им религии и церкви по доносу московского митрополита Платона был отстранён от преподавания и отправлен в Тайную канцелярию, где его подвергли пыткам. Затем учёного выслали в Восточную Пруссию. В припадке безумия он покончил с собой.

Ненависть духовного ведомства вызвала деятельность выдающегося русского просветителя Н. И. Новикова, сумевшего за короткий срок издать много книг по всем отраслям знания. В книгах резко критиковались религиозный фанатизм и суеверия. По доносу Петра Алексеева, протоиерея московского Архангельского собора, Новикова арестовали, а изданные им книги конфисковали. За оппозиционное отношение к самодержавию, за активную просветительную деятельность и критику религии и церкви Новикова как опасного государственного преступника заключили в Шлиссельбургскую крепость, откуда он вышел только через 15 лет, после смерти ненавидевшей его Екатерины.

Не избежал цепких лап духовных инквизиторов и другой выдающийся русский писатель, А.Н. Радищев, автор знаменитого «Путешествия из Санкт-Петербурга в Москву». Радищев был материалистом, он считал, что материя и природа существуют вечно, что их нельзя ни уничтожить, ни создать. Радищев отстаивал единство души и тела и критиковал религиозные взгляды на бессмертие души, осуждал царский деспотизм, религиозные суеверия. Воззрения Радищева были найдены «противными закону божьему, десяти заповедям, Священному писанию, православию и гражданскому закону». Книгу Радищева, уничтожили, а его как «бунтовщика хуже Пугачева» приговорили к смертной казни, которая была заменена 10-летней каторгой. Прошло более ста лет, и вновь эта книга писателя-материалиста подверглась осуждению со стороны церкви. В 1903 г. духовные цензоры нашли, что книга Радищева все ещё опасна для религии и церкви, что она подрывает авторитет светской и духовной власти. По требованию церковников весь тираж книги уничтожили.