В годы первой русской революции развернулось широкое демократическое движение за свободу совести, за отделение церкви от государства и школы от церкви. Царское правительство в страхе перед революцией было вынуждено отказаться от непримиримости к неправославным и нехристианским религиям и предоставило некоторые права иноверцам. Однако указами от 17 апреля и 17 октября 1905 г. переход из христианской религии в нехристианскую запрещался по-прежнему, насилие над верой и совестью граждан не прекращалось.

В западных губерниях 150 тысяч униатов числились православными; обращены они были в православие ещё в 70-х годах XIX в. при помощи драгунской нагайки и удерживались в православии суровыми полицейскими мерами и уголовными процессами. Церковь и правительство считали православными также 30 тысяч насильственно обращённых латышей. Сами же латыши считали себя протестантами⁴⁴. После опубликования указа от 17 апреля 1905 г. свыше 200 тысяч человек оставили насильственно навязанное им православие (170 тысяч в западном и юго-западном крае, 36 тысяч в Татарии и 11 тысяч в прибалтийских губерниях). Отпадение от православия продолжалось и после 1905 г., несмотря на ограничительные меры, и за период с 1905 по 1910 г. от православия отошло 316,8 тысячи человек⁴⁵. Этот процесс Синод пытался объяснить экономической зависимостью крестьян и безземельных батраков от помещиков (католиков и лютеран) и воинствующим характером католической пропаганды. На самом же деле в отпадении от православия проявлялся протест народных масс против их религиозной закабалённости. Борясь с этой формой протеста, Синод обвинял лиц, порвавших с православием, в том, что они потеряли связь с русским народом, враждебны русской национальности и русской государственности.

Татары Поволжья, насильственно обращённые в православие, также порывали связь с официальной церковью и переходили в мусульманство. Уже после издания указов о так называемой религиозной веротерпимости административные ограничения по делам о вере продолжались. «Совращение» из православия, т.е. пропаганда неправославных религиозных учений, наказывалось в уголовном порядке, а за распространение в печати материалов против господствующей церкви заключали в крепость сроком до одного года. Указом от 17 октября была объявлена религиозная амнистия, однако положение людей, сосланных на каторгу и в ссылку за выступления против казённой церкви, не было облегчено. Лицемерный характер царских указов о свободе совести был разоблачён в большевистской листовке «Царская свобода совести».

В годы реакции, наступившей после подавления революции 1905-1907 гг., были аннулированы и те немногие льготы, которые предоставлялись неправославным и нехристианским народам указами о веротерпимости. Наступление на совесть граждан усилилось. Требуя отмены этих указов, духовные власти говорили, что они вырваны у самодержавия «безрелигиозными элементами», что это ловкий подкоп крамолы под устои самодержавия. Они жаловались, что из-за этих законов православная церковь перенесла великие бедствия, что из-за них упала религиозность народа. Для разработки мероприятий против свободы совести в июле 1908 г. после длительного перерыва в Киеве был созван очередной миссионерский съезд, на котором присутствовало свыше шестисот представителей духовенства, в том числе 3 митрополита и 32 епископа. Это был съезд воинствующего духовенства, пытавшегося драконовскими мерами задушить свободомыслие в области религии и лишить гражданских прав тех, кто выступал против казённой церкви. Съезд принял меры против отпадения в католичество и лютеранство, а также против распространения социал-демократических идей. Наиболее опасным врагом религии съезд считал революционный марксизм. На следующем миссионерском съезде, собравшемся в 1911 г., присутствовало около тысячи представителей духовенства во главе с обер-прокурором Синода Извольским. Церковники требовали возврата к старым методам борьбы с религиозным индифферентизмом, с «инаковерующими». В связи с усилением национально-освободительного движения и массовым отпадением от казённой церкви особое совещание миссионеров, на котором присутствовал премьер-министр Столыпин, настояло на применении полицейских мер для укрепления христианства, для борьбы с мусульманством и стремлением народов нерусской национальности к национальной культуре и самостоятельности.

Значительную миссионерскую деятельность развивали и монастыри, особенно в Казанской губернии и юго-западном и западном краях, где борьба велась преимущественно против католического влияния. В 1914 г. намечено было открыть высшее миссионерское духовное заведение по примеру таких же заведений при Ватикане. Но ватиканские миссионерские школы готовили миссионеров для распространения католичества за границей, православные же миссионеры должны были бороться с сектантством в пределах царской России.

Против свободы совести ополчились не только миссионеры, но и рядовые священники. В деревнях и рабочих посёлках организовывались церковно-приходские попечительства, приходские советы, кружки ревнителей православия, где подвизались черносотенные элементы.

Уход от казённой церкви рассматривался как «натиск» на православие, как попытка его расшатать, а заодно разрушить и самодержавие⁴⁶. Опасаясь отхода масс от религии и роста революционного движения, царское правительство пыталось пойти на некоторые уступки неправославным религиям и с этой целью подготовило проект закона о свободе совести. Царские чиновники доказывали духовным властям, что евангелисты лучше социалистов, духовные гимны лучше революционных песен, Евангелие лучше «Капитала» К. Маркса⁴⁷.

Но духовные власти настаивали на сохранении жестоких законов о вероисповедании. Выступая в ноябре 1911 г. в Государственном совете против законопроекта о свободе совести, варшавский архиепископ Николай и новгородский архиепископ Арсений заявили, что задача православной церкви - обрусить и опровославить все нерусское и неправославное. Они говорили, что закон о свободе совести разрушит союз между самодержавием и церковью. Под влиянием Синода законопроект был отклонён. Через два года законопроект вновь обсуждался в Государственной думе. И на этот раз Синод протестовал против смягчения религиозной нетерпимости, считая, что эта мера вызовет возмущение народной совести и потрясение государственных основ. Он настаивал на предоставлении казённой церкви исключительных прав и на сохранении карательных мер против тех, кто пытался выйти из этой религиозной кабалы.

Церковники проповедовали, что свобода совести повлечёт за собой нравственную распущенность народа, неповиновение властям, рост революционного движения⁴⁸. Человека нельзя предоставить собственной совести, говорили они, так как человек — существо падшее, растленное. Ему необходима религиозная узда, которую может дать только православная церковь. Особенно нетерпимы были для правительства и церкви атеисты, т.е. лица, не исповедовавшие никакой религии. «Подданные без религии» объявлялись нежелательными элементами, вызывавшими «смуты и беззакония». «Вневероисповедное состояние», т.е. атеизм, решительно осуждалось.

Большевистская партия боролась за осуществление неограниченной свободы совести, за полное равноправие всех граждан независимо от исповедуемой ими религии, за отделение церкви от государства и школы от церкви. В статье «Проект программы российской социал-демократической партии», напечатанной в январе — феврале 1902 г., В. И. Ленин писал, что РСДРП ставит своей ближайшей политической задачей низвержение царского самодержавия и замену его республикой на основе демократической конституции, которая, в частности, должна обеспечить неограниченную свободу совести, полное равноправие всех граждан независимо от пола, религии и расы, отделение церкви от государства и школы от церкви⁴⁹. Ленин разъяснял, что каждый гражданин имеет право исповедовать какую угодно веру совершенно свободно, а также распространять ее или менять. «Не должно быть никакой «господствующей» веры или церкви», — писал Ленин⁵⁰. Ленин разоблачал также «иезуитские речи» царя в связи с изданием 26 февраля 1903 г. манифеста о веротерпимости и раскрывал классовую сущность православной церкви и всякой религии. В статье «Самодержавие колеблется…» (1903) мы читаем: «Пока не объявлена свобода сходок, слова и печати, — до тех пор не исчезнет позорная русская инквизиция, травящая исповедание неказённой веры, неказённых мнений, неказённых учений. Долой цензуру! Долой полицейскую и жандармскую охрану «господствующей» церкви! За эти требования русский сознательный пролетариат будет биться до последней капли крови»⁵¹.