В 1554 г. в Соловецкую тюрьму были брошены участники антицерковного движения, возглавлявшегося Матвеем Башкиным. Церковный собор 1554 г. приговорил Башкина к сожжению, а его соучастников к заточению в «молчательные кельи» с «великой крепостью». С 1701 г. в Головленковой башне того же монастыря томились единомышленники Григория Талицкого — тамбовский епископ Игнатий, поп Иванов и др. Сам же Талицкий, как отмечалось выше, был сожжён копчением. В 1744 г. в Соловецкую тюрьму попал Афанасий Белокопытов, обвинённый в «непокорстве» православной церкви. Вначале Белокопытова приговорили к смертной казни, затем смертную казнь заменили «неисходным до смерти содержанием» в «самом крепком каземате» с оковами на руках и ногах.

В тюрьму Николаевско-Корельского монастыря был посажен «под крепкое смотрение» ростовский митрополит Арсений Мациевич за осуждение им мероприятий правительства, направленных к отобранию у церкви ее имений¹⁵. В 1786 г. среди узников Соловецкой тюрьмы были Павел Федоров и перс Александр Михайлов. Вина их заключалась в том, что они оба, поддавшись на уговоры священников, приняли православие (первый был еврей, а второй мусульманин). Опасаясь, как бы новообращённые не вернулись к вере своих отцов, Синод распорядился заключить их до самой смерти в монастырскую тюрьму.

Ссылка и заключение в монастырские тюрьмы за свободомыслие и неподчинение господствующей церкви особенно часто применялись в XIX в. Так, в Соловецком монастыре в 1826 г. из 30 узников за «вины» против церкви страдали 29 человек, в 1836 г. - 36 (из 45), а в 1855 - 18 (из 19)¹⁶. Среди заключённых немало было и борцов против самодержавия, участников революционного движения.

В 1825 г. учителя Новоторжского училища Василия Воскресенского обвинили в богохульстве. Его подвергли жестокому наказанию кнутом, а затем заключили «навечно» в Соловецкую тюрьму. В 1851 г. сюда же сослали придворного певчего Александра Орловского — его обвинили в атеизме, в 1853 г. — вахтёра Ивана Буренкова — «величайшего богоотступника».

Среди узников Соловецкой тюрьмы было немало раскольников, отступивших от православной церкви, молившихся по старым книгам и придерживавшихся некоторых старых обрядов. В расколе, как отмечалось выше, выражался стихийный протест против социального гнёта и эксплуатации. Самодержавие и церковь видели в расколе и сектантстве не только отступников от православной церкви, но и государственных преступников, поэтому они расправлялись с ними с большой жестокостью. В 1821 г. в Соловецкую тюрьму на 15 лет был заключён солдат Иван Кузнецов за пропаганду раскола среди солдат. В 1857 г. за «противозаконные по расколу проступки» в тюрьму попал самарский мещанин Лазарь Шепелев. Он не выдержал сурового режима и вскоре умер. В 1860 г. в эту же тюрьму посадили основателя секты прыгунов Максима Рудометкина. Он пробыл в одиночном суровом заключении 17 лет, до смерти. В 1859 г. в Соловецкую тюрьму был заключён под строгий надзор капитан артиллерии Николай Ильин — основатель религиозной секты.

Спустя 10 лет царская охранка решила освободить Ильина из тюрьмы, но этому воспротивился Синод. Он настоял на дальнейшем заточении Ильина, «до изъявления им полного и искреннего раскаяния в своих религиозных заблуждениях». После 15 лет страданий Ильин потерял рассудок, но его продолжали держать в монастырском застенке, и лишь в 1879 г. после 20-летнего заключения он был выпущен на свободу.

В тюрьме Спасо-Евфимиева монастыря также было много узников, обвинённых в отступлении от господствующей церкви, в свободомыслии. С 1766 по 1902 г. здесь перебывало свыше 400 человек, из них 340 — в XIX в. Так, в течение 20 лет, до самой смерти в 1832 г. тут сидел основатель секты скопцов Кондратий Селиванов, присвоивший имя Петра III. Среди узников этого монастыря был молоканин Тамбовской губернии Григорий Булгаков, жаловавшийся Николаю I на притеснения молокан со стороны царских чиновников и духовенства и порицавший православие¹⁷. Примером религиозной нетерпимости со стороны церкви и царизма может служить дело архангельского мещанина Василия Ракова. Его обвинили в принадлежности к штундистам — секте, которая признавалась наиболее нетерпимой (штундисты призывали народ не посещать церковь, не почитать икон, не принимать священников с требами). Ракова заключили в Суздальскую тюрьму в 1893 г., откуда он вышел только в 1902 г.

В монастырских тюрьмах было также много заключённых за выступления против феодально-крепостнической эксплуатации, против усиления крепостного гнёта. Дела о них рассматривались в Преображенском приказе и Тайной канцелярии, в монастырские тюрьмы они попадали по согласованию с Синодом. Участники крестьянской войны под предводительством Степана Разина, сотники Исачко Воронин и Сашко Васильев были брошены в Головленскую тюрьму Соловецкого монастыря. Во время соловецкого восстания они приняли в нём активное участие. Когда же восстание было разгромлено, Васильев и Воронин оказались в оковах в Корожной земляной тюрьме, их затем зарубил царский воевода Мещеринов¹⁸.

В 1670 г. в тюрьму Тихвинского женского монастыря попала активная участница разинского восстания Степанида, стоявшая во главе повстанческого отряда Слободской Украины. В 1721 г. в произнесении «непристойных слов» против царя Петра I был обвинён Федот Костромин. Его пытали в Преображенском приказе, наказали нещадно кнутом, а затем заключили в Соловецкую земляную тюрьму, где он и умер. В 1752 г. в «важной вине» против царской власти обвинили крестьянина Василия Щербакова. Он был наказан кнутом и сослан «навечно» в Соловецкую тюрьму.

В XVIII в. в связи с усилением феодально-крепостнического гнёта возникли массовые крестьянские выступления, прикрывавшиеся часто царистскими лозунгами. Руководители отдельных выступлений также попадали в монастырские тюрьмы. Так, в 1764 г. в курский Богородицкий Знаменский монастырь заключили крепостного крестьянина Даниила Тихонова, распространявшего слухи о появлении царя Петра III. В 1765 г. после жестокого наказания в тюрьму Тобольского монастыря заключили крестьянина Евдокимова, выдававшего себя за русского царя¹⁹. Ближайшие соратники Емельяна Пугачева Чика и Губанов после разгрома крестьянского восстания были посажены в застенок при Казанском соборе в Уфе под соборной колокольней, а крепостной крестьянин Василий Журавлев, поддерживавший во время восстания связь с уральскими казаками, был заточен в тюрьму Суздальского монастыря.

После подавления крестьянского восстания под водительством Пугачева появился новый самозванец Осип Журыгин, выдававший себя за сына Екатерины II. Самозванца бросили в Суздальскую тюрьму. В Соловецкой тюрьме закончил свою жизнь другой самозванец, Тимофей Курдинов, называвший себя принцем Иоанном и пытавшийся вызвать народное возмущение²⁰.

И в XIX в. в монастырские тюрьмы попадали участники антиправительственных и революционных движений. В Соловецкую тюрьму из Красноярска был переведён декабрист Ф. П. Шаховской, после того как он заболел там психическим расстройством. Сюда же были посажены участники тайного общества, студенты московского университета Николай Попов и Михаил Критский, сочувствовавшие декабристам. В 1850 г. здесь оказался студент Георгий Андрузкий «за вредный образ мыслей и злонамеренные сочинения».

В монастырские тюрьмы попадали также крестьяне, боровшиеся против крепостного гнёта и пытавшиеся облегчить своё положение. Так, в 1837 г. в Рыльский монастырь заключили крепостного крестьянина Ефима Никитина за «сумасбродные вымыслы о преобразовании государственного управления». Несмотря на тяжкие условия заключения, он не пал духом, даже изобрёл какую-то машину. Его освободили только в 1850 г.²¹ В Соловецкой тюрьме в 1864 г. находился студент Казанской духовной академии Яхонтов. Он принимал участие в организации панихиды по крестьянине Антоне Павлове, казнённом после зверского подавления крестьянского восстания в местечке Бездна Пензенской губернии, когда было убито и умерло от ран более 90 человек.