Начав поход против сторонников старой веры, Никон подвергал пыткам наиболее активных представителей раскола. Им резали языки, руки и ноги, сжигали на кострах. При Никоне инквизиторские костры запылали во многих местах. Яркую картину кровавого террора, предпринятого Никоном и его приспешниками, даёт, в частности, раскольническая литература. «Никон, — писал в своём послании расколоучитель Аввакум, — епископа Павла Коломенского мучил и сжёг в новгородских пределах; протопопа костромского Даниила уморил в земляной тюрьме в Астрахани; священнику Гавриилу в Нижнем приказал отрубить голову; старца Иону Казанца в Кольском остроге на пять частей рассекли; в Холмогорах сожгли Ивана Юродивого, в Боровске — священника Полиевкта и с ним 14 человек. В Нижнем сожгли народу много, в Казани 30 человек, а живущих на Волге в городах и сёлах и не хотевших принять антихристовой печати клали под меч тысячами. А со мной, —продолжал далее Аввакум, — сидело 60 человек и всех нас мучил и бил и проклинал и в тюрьме держал»¹.

Расколоучитель Андрей Денисов в «Повести о жизни Никона» сравнивает участь раскольников с участью первых христиан в Римской империи. Перечисляя орудия пыток — бичи, клещи, тряски, плахи, мечи, срубы, он упоминает и о железных хомутах — типичном орудии инквизиции: «Хомуты, притягивающие главу, руки и ноги в едино место, от которого злейшего мучительства по хребту лежащие кости по суставам сокрушаются, кровь же из уст, и из ушей и ноздрей и из очей течёт»².

В другом раскольническом памятнике гонения против сторонников старой веры изображены так. «Везде бряцали цепи, везде вериги звенели, везде Никонову учению служили дыбы и хомуты. Везде в крови исповедников ежедневно омывались железо и бичи. И от такого насильственного лютого мучительства были залиты кровью все города, утопали в слезах села и города, покрывались плачем и стоном пустыни и дебри, и те, которые не могли вынести таких мук при нашествии мучителей с оружием и пушками, сжигались сами»³.

Повсеместное недовольство инквизиторской жестокостью Никона вынудило правительство (после низложения Никона в 1666 г.) расследовать деятельность этого опального патриарха. Царским указом предписывалось выяснить, кому Никон чинил наказание — «велел бить кнутом, и руки и ноги ломал, или пытал и казнями градскими казнил». Но «пытанных и казнённых» было так много, что установить число пострадавших оказалось невозможно⁴.

Тем не менее кровавый террор над раскольниками как врагами церкви и феодально-крепостнического государства продолжался и был освящён церковным собором 1666/67 г., на который собрались виднейшие представители церкви. Собор во главе с патриархом, сменившим низложенного Никона, оправдал инквизиционные действия против раскольников и подвёл под них теоретическое обоснование; противников церкви, ссылаясь на решения первых вселенских соборов, осудили на различные «томления», т.е. казни.

В соответствии с решениями этих соборов еретиков избивали воловьими жилами, им резали языки, руки, ноги, возили с позором по городу, а затем бросали в тюрьмы, где содержали до самой смерти. Ссылаясь на эти примеры, церковный собор требовал подвергнуть тяжким наказаниям и раскольников. Считая сторонников старой веры «хищными волками, на стадо Христово нападающими», и предавая их церковному проклятию, собор призывал светскую власть защищать интересы государства «крепкой десницей» и казнить раскольников смертью. «Православная церковь решила огнём да кнутом, да виселицей веру утвердить… Которые апостолы научили так? Не знаю», — писал Аввакум⁵.

Требования церковных иерархов были удовлетворены. Выработанная ещё при Иосифе Волоцком теория инквизиции при помощи светского меча на церковном соборе 1667 г. получила дальнейшее развитие. Собором было принято решение о суровом наказании противников официальной церкви не только церковным, но и гражданским судом. Это решение беспощадно применялось и при подавлении крестьянского восстания 1667-1671 гг. под предводительством Степана Разина. Крестьянская война показала, что в выступлениях против официальной церкви часто скрывался социальный протест крестьянских масс против эксплуатации и феодального гнёта. Церковные иерархи добивались, чтобы светская власть безоговорочно принимала к суду и розыску раскольников, которых ей посылали представители церкви. Они добились издания в 1672 г. указа об усилении репрессий по отношению к противникам официальной церкви.

Для борьбы с расколом в 1681 г. вновь созвали церковный собор во главе с патриархом Иоакимом. Этот собор решил казнить огнём первых расколоучителей и применить самые жестокие меры к их последователям. Постановления собора стали послушно выполняться, и 1 апреля 1681 г. на площади в Пустозерске сожгли в срубе раскольнических учителей протопопа Аввакума, Лазаря, Епифания и Никифорова, томившихся в местной тюрьме. По настоянию патриарха Иоакима в 1684 г. сожгли видного расколоучителя Федора Михайлова.

Один из выдающихся раскольнических учителей Никита Пустосвят, как отмечает постановление церковного собора, был «главосечен и в блато ввержен, и псам брошен на съядение»⁶.

Царской грамотой 1682 г. «О повсеместном сыске и предании суду раскольников» епископы получили новые полномочия в борьбе с расколом⁷. В церковных застенках раскольников пытали, затем духовные власти выносили решения о суде над ними, и эти решения беспрекословно исполнялись светской властью.

Несмотря на церковные проклятия и огненные казни, число раскольников не только не уменьшалось, но быстро росло. На сторону раскольников переходили крестьяне и посадские люди, видя в новой идеологии одно из средств борьбы с социальным гнётом. В 1676 г. раскольников насчитывалось уже свыше ста тысяч. Только в Нижегородском крае при населении в 302 тысячи человек было 86 тысяч раскольников⁸. Из раскольнической литературы видно, что в расколе под религиозной оболочкой скрывался идеологический протест против феодально - крепостнической эксплуатации. Так, в одном раскольническом произведении говорится, что «закон градской вконец истреблён», вместо законов воцарилось беззаконие, что «лихоимцы» завладели всеми городами и что на местах господствуют «злые приставники»⁹.

О страшном терроре против раскола свидетельствует расправа с тремя псковскими раскольниками — Иваном Меркурьевым, Мартином Кузьминым и монастырским «бобылкой», т.е. крестьянином. Этих раскольников судил в 1683 г. псковский митрополичий приказ по распоряжению митрополита Маркелла. Их обвинили в «непристойных словах» против церкви, в «богохульном расколе» и распространении «писем», содержавших критику официальной церкви. Всех обвиняемых бросили в тюрьму Печерского монастыря, где жестоко пытали. Как сообщалось в «распросных речах», они были «на пытке распрашиваны и пытаны крепко и огнём и клещами жжёны многажды и были им многие встряски»¹⁰.

Вырвав нужные признания и дав им ещё по сто ударов плетьми, инквизиторы отправили свои жертвы в застенок псковского воеводы Бориса Шереметьева, где по настоянию митрополита Маркелла их вновь пытали. Затем Ивана Меркурьева как главного зачинщика сожгли на костре, а пепел развеяли, чтобы «отнюдь знаков и костей не было». Мартина Кузьмина и монастырского бобылку отправили в Печерский монастырь для содержания «под крепким началом». Отобранные у них противоцерковные «письма и тетради» были сожжены¹¹.

В 1684 г. по доносу дьякона Ивана Григорьева в церковном суде разбиралось дело о раскольнике, Кольском стрельце Иване Самсонове. Его трёхкратно пытали, а затем после наказания кнутом сожгли на костре. По настоянию патриарха Иоакима был издан царский указ, которым предписывалось усилить борьбу с «церковными противниками». Людей, обвинённых в «церковных противностях», предлагалось пытать и сжигать на костре, а менее виновных — после наказания кнутом содержать «с великим бережением» в монастырских тюрьмах, давая только хлеб и воду¹². Церковных противников сжигали не только на кострах, но и в раскалённых железных котлах. Так в 1669 г. были сожжены в железном котле раскольники Пётр и Евдоким.