Подготовка спасательной экспедиции заняла сравнительно немного времени, и уже в мае 1903 года Колчак выступил с материка к Новосибирским островам, имея конечною целью остров Беннетта. Общая численность экспедиции составляла 17 человек, а в первом самостоятельном плавании лейтенанта в его распоряжении было шесть подчиненных и вельбот.

Оказавшись во главе экспедиции, Колчак держит себя решительно и уверенно во всем, вплоть до стиля служебной переписки, которую он ведет с Академией Наук. Тон молодого офицера вызывает даже раздражение казначея Академии, вполне естественно для своей должности заботящегося о строгой отчетности и беспокоящегося о выделенных на экспедицию ассигнованиях:

«Прекрасная фраза “Я покорно прошу не отказать так сделать и надеюсь, что отсутствие формы не является препятствием”. Не правда ли, фраза эта пахнет предписанием…

Ох уж эти лейтенанты, предписывающие Академии! С легким сердцем этот самый Колчак передерживает более 500 рублей и ограничивается тем, что в письме к академику Шмидту (Ф.Б.Шмидт был председателем «Комиссии для снаряжения Русской Полярной Экспедиции». – А.К.) просит возможно скорее “устроить” эту ассигновку, развязно заявляя, что “во всяком случае она необходима к осени”.

Одним словом, что ни фраза, то перл, только уж не распорядительности, а нахальства».

За Колчака в этой ситуации, разумеется, – высокая цель экспедиции, идея спасения человеческих жизней, долг перед бароном Толлем и его спутниками (не случайно и чиновник из Академии, несмотря на весь свой сарказм и негодование, вносил «предписанное» лейтенантом в сметы и признавал: «Надо же будет оформить все, что он нагородил»); но вряд ли следует полностью сбрасывать со счетов и субъективные факторы – впервые, наверное, проявившуюся властность молодого офицера и его уверенность в собственных силах, порой граничащую с пренебрежением формальностями, условностями, а то и просто чужим мнением. Но, как бы ни оценивались эти качества в петербургских кабинетах, в море летом 1903 года они оказывались, должно быть, как нельзя более кстати.

Любое плавание в арктических широтах осложняется тем, что близость магнитного полюса Земли искажает показания компаса, а почти постоянные летом туманы не позволяют ориентироваться по звездному небу. Сейчас кажется, что Колчак шел почти наугад, руководимый своею интуицией и звездой, которой не увидишь на небе, – счастливой звездою дерзкого путешественника, а ее влияние не менее важно, чем навигационные расчеты. Крайне тяжелыми были и будни переходов с материка на Новосибирские острова и далее – к острову Беннетта. Когда шлюпка садилась на мель, «приходилось, – рассказывает Колчак, – вылезать всем в воду и тащить, насколько хватало сил, вельбот ближе к берегу; затем мы переносили палатку и необходимые вещи на берег, разводили костер из плавника, отдыхали и затем принимались снова бродить по ледяной воде, пока не удавалось вытащить вельбот на глубокое место, где мы ставили паруса и отправлялись дальше». Переход через Благовещенский пролив (между островами Фаддеевский и Новая Сибирь) Александру Васильевичу запомнился «самой тяжелой, серьезной работой, осложняемой туманом и снегом»: трое суток мореплаватели провели, «то вытаскивая вельбот на стоячие льдины, чтобы избежать напора и не быть увлеченными стремительно несущимися массами льда, то снова спуская его на воду». Последний участок маршрута ставил их перед новыми трудностями – адмирал Смирнов, должно быть со слов Колчака, пишет: «Океан оказался в этом году чистым от льдов, не было даже плавающих льдин, на которые можно было бы вылезти из вельбота, чтобы передохнуть. Приходилось все время идти на шлюпке, ветер постоянно дул свежий». Впрочем, попытки отдыха на плавучих льдинах таили не меньшую опасность – во время одной такой ночевки льдина треснула и вельбот едва не был потерян, что для путешественников означало бы неминуемую гибель.

Наконец, 4 августа вельбот Колчака подошел к острову Беннетта. При обследовании острова лейтенант чуть не погиб, провалившись в трещину ледника (его спас боцманмат Н.А.Бегичев); нервы Александра Васильевича, очевидно, были напряжены до предела, и, когда спасатели наткнулись на небольшую избушку, заглянувшему в дверь Колчаку в первый момент померещились в сумраке мертвые тела Толля и его спутников. Однако найдены были лишь следы пребывания на острове исследовательской партии – часть коллекций, план местности, сломанные инструменты и записки, последняя из которых, датированная 26 октября 1902 года, гласила: «Отправляемся сегодня на юг. Провизии имеем на 14–20 дней. Все здоровы. Э.Толль». По заключению Колчака, не заготовив за летние месяцы провианта в необходимом количестве, партия Толля оказалась перед неизбежной перспективой голодной смерти в случае зимовки на острове Беннетта; впрочем, и плавание на имевшихся у барона лодках в условиях начинавшейся полярной ночи, и переходы по зыбкому льду давали шанс хотя и отличный от нулевого, но крайне, пренебрежимо малый, – и осенью 1905 года в одной из записок, подводящих итоги спасательной экспедиции, Александр Васильевич сделает вывод: «Три года уже прошло с того времени, как барон Толль оставил остров Беннетта, и факт его гибели со всей партией уже не подлежит сомнению, внеся еще одно прибавление к длинной записи смелых людей, положивших свою жизнь в борьбе с природой арктической области во имя научных достижений». Насколько он сам был близок к тому, чтобы стать одним из таких «прибавлений», Колчак, естественно, умалчивает…

Но заслуги лейтенанта-полярника не остались неотмеченными. «… Тяжелая и ответственная экспедиция была поручена лейтенанту Колчаку, который выполнил свою миссию самым блистательным образом, пройдя на вельботе пространство океана, отделяющее Новосибирский архипелаг от острова Беннетта, вполне благополучно, и добыл с последнего в высшей степени важные документы, оставленные там партией барона Толля», – отмечал Великий Князь Константин Константинович. По представлению Академии лейтенант был 6 декабря 1903 года удостоен ордена Святого Владимира IV-й степени («который впоследствии начальство испортило, прибавив к кресту Академии наук еще мечи за Порт-Артур», – писал впоследствии адмирал Пилкин, быть может, вспоминая точку зрения самого Колчака; рядовые участники экспедиции получили золотые медали «За усердие»). А 30 января 1906 года Совет Императорского Русского Географического Общества присудил ему «за участие в экспедиции барона Э.В.Толля и за путешествие на остров Беннетта, составляющее важный географический подвиг, совершение которого было сопряжено с большими трудностями и опасностью для жизни», высшую награду Общества – Большую Константиновскую золотую медаль (этой медали, в частности, были удостоены в свое время Норденшельд и Нансен). А между экспедицией и «научной» наградой за нее пролегла первая в жизни Колчака война…

О нападении японцев на русские корабли лейтенант узнает в Якутске; 26 февраля он прибывает в Иркутск, а уже 28-го, в день объявления Японией войны, отправляет оттуда в Академию телеграмму, выдержанную в том категорическом тоне, который, должно быть, многим в Петербурге не нравился: «Еду на войну из Иркутска документы и отчеты высылаю из Иркутска если есть распоряжения телеграфируйте срочно…» – и другую, с официальною просьбой к Великому Князю о разрешении «ехать из Иркутска на эскадру Тихого океана». Александр Васильевич говорил позже, что на его решение повлияли и известия о предстоящем вступлении в командование на Дальнем Востоке адмирала Макарова: «Получив сведения, что командующим флота на Тихом океане назначен Макаров, я по телеграфу просил Академию наук отчислить меня от Академии и одновременно просил морское ведомство о назначении меня в Порт-Артур в распоряжение Макарова», – хотя здесь, безусловно, имело место и уже известное нам стремление Колчака к непосредственной боевой работе, которая ожидалась прежде всего в русском дальневосточном форпосте – Порт-Артуре. Не проведя в Иркутске и двух недель, буквально на ходу обвенчавшись, наконец, с приехавшей к нему из Петербурга Софией Омировой, Колчак отправился на Дальний Восток. Софии Федоровне, ждавшей жениха из полярных странствий, теперь предстояло ждать супруга с войны…