7 июня к нему приехал начальник Генерального штаба Красной Армии Г.К. Жуков, которому стало известно о наветах против Смушкевича. Он настаивал на том, чтобы Яков Владимирович добивался приема у Сталина. Но было уже поздно. Маховик репрессий был запущен вновь. 8 июня 1941 года сотрудники органов НКВД арестовывают генерал-лейтенанта авиации Смушкевича: из госпиталя в тюремный «воронок» его вынесли на носилках.
Смушкевича обвиняют в связях с «врагом народа Уборевичем» и в участии в антисоветском военном заговоре. В процессе следствия широко применялись пытки и избиения для «выбивания» признаний. Во время проводимого после войны расследования фактов репрессий в отношении высшего военного командования был допрошен бывший начальник Следственной части МВД СССР генерал-лейтенант Л.Е. Влодзимирский. 10 октября 1953 года свидетель Болховитин на допросе показал: «По указанию Влодзимирского в начале июля 1941 г. была проведена очная ставка Смушкевича с Рычаговым. До очной ставки Влодзимирский прислал ко мне в кабинет начальника 1-го отдела следственной части Зименкова и его зама Никитина. Никитин по указанию Влодзимирского в порядке "подготовки" Рычагова к очной ставке зверски избил Рычагова. После этого привели в мой кабинет Смушкевича, судя по его виду, очевидно, он неоднократно избивался. На очной ставке он дал невнятные показания о принадлежности Рычагова к военному заговору»{29}.
В квартиру № 96 знаменитого Дома на набережной, где проживала семья Смушкевича, ночью пришли работники НКВД. Дверь они открыли дубликатами ключей, которые хранились на вахте. Дочь Смушкевича Роза Яковлевна вспоминает: «Среди ночи проснулась оттого, что мне в лицо светил фонарь. Мы с мамой вскочили: в комнате были люди, почему-то все в белых халатах. Нам показали ордер на обыск. Белые халаты объяснялись тем, что они только что произвели арест отца в больнице. Обыск шел 36 часов. У нас было около четырех тысяч книг. Перетряхивали каждую, а потом швыряли ее в кучу. Почему-то увезли все матрасы и подушки — мы потом спали на полу. Обыском руководил заместитель Берии — Богдан Кобулов...
Кто-то из наших друзей (по-моему, это был адмирал Кузнецов, который постоянно нам помогал) посоветовал мне написать письмо Сталину. Он сказал: есть договоренность с секретарем Сталина Поскребышевым, что это письмо прочитает Сталин.
В письме было написано и об отце, и о том, что нам не на чем спать, и о том, что у нас отобрали все деньги и жить не на что. В это время многие военные не боялись к нам приходить и помогали как могли, хотя мы ведь жили в подъезде, который строго охранялся, и за каждым посетителем следили.
Где-то в двадцатых числах июня я из квартиры адмирала Кузнецова по вертушке позвонила Поскребышеву, и он сказал мне (я хорошо помню эти слова): "Роза, товарищ Сталин занят очень важным государственным делом и не может с тобой встретиться. Но с тобой обязательно поговорят".
Через несколько дней к нам приехал незнакомый полковник и сказал маме: "Мне нужно на некоторое время забрать вашу дочь. Не волнуйтесь".
И меня везут на Лубянку, как сейчас помню, во второй подъезд. Я не очень волновалась, потому что ничего не понимала. Я думала, что мне разрешат повидаться с отцом.
Потом мне сказали: "Девочка, с тобой будет говорить товарищ Лаврентий Павлович Берия".
Мы вошли в огромную комнату. Там стоял длиннющий стол для заседаний, в конце его — маленький столик, за ним под лампой с зеленым абажуром сидел Берия.
"Ты писала письмо товарищу Сталину?" — "Да, писала". — "Вот товарищ Сталин просил меня с тобой поговорить..." И тут я вдруг прерываю Берию и спрашиваю: "Скажите, пожалуйста, мой папа арестован по-политически или не по-политически?"
Что я, девочка, понимала под этим вопросом, мне сейчас трудно сказать, но, очевидно, вопрос этот витал дома в воздухе, мелькал в разговорах шепотом и выскочил из меня.
"Я не знаю. Не могу тебе этого сказать. А ты веришь, что твой папа хороший, честный человек?" — "Да, верю". — "Ну вот и верь. Все проверится, и все будет хорошо. А вопросов на эту тему больше мне не задавай".
После этого он нажимает кнопку, и появляется Кобулов — я его узнала, он производил у нас обыск. Берия стал резко выговаривать ему, что он оставил семью без денег, все забрал, даже матрасы — людям не на чем спать. Кобулов стоял навытяжку и молчал. Видимо, все это разыгрывалось передо мной, чтобы я потом рассказывала, какой Берия хороший.
Дома меня встретила мама, на которой не было лица. Но диваны и матрасы были уже на месте. Нам вернули отобранные деньги»{30}.
С большим трудом семье Смушкевича удалось эвакуироваться из Москвы. 16 октября 1941 года, когда в столице начинался хаос и неразбериха, к ним пришли несколько рабочих Московского 31 -го авиационного завода. Они хорошо знали Якова Владимировича: «До отправки эшелона — два часа. Собирайтесь!»
Однако злоключения семьи на этом не закончились. Самое страшное было впереди. 26 июня 1943 года ОСО при НКВД СССР приговорило Р.Я. Смушкевич как ЧСИР (член семьи изменника Родины) к 5 годам исправительно-трудовых лагерей. Дочь Смушкевича Роза Яковлевна вспоминает: «Полтора года эвакуации нас не трогали. А когда мне исполнилось 18 лет, Лубянка о нас вспомнила. За нами пришли... Интересная деталь: в деле, которое ходило за нами по лагерям и тюрьмам, было записано: "Мать с дочерью не разлучать". И подпись — Берия.
Как это можно объяснить? Родственников в тюрьме сразу разлучали. Но когда на Петропавловской пересылке в Казахстане нас хотели разъединить, мама сказал: "Только попробуйте! Посмотрите, что написано в нашем деле и чьей рукой!" И — все»{31}.
28 октября 1941 года в районе поселка Барбыш под городом Куйбышевом (ныне Самара), остановилась автоколонна из нескольких «черных воронков». Сотрудники НКВД стали вытаскивать из них изможденных и избитых мужчин. На многих была форма высшего командного состава Красной Армии. На разорванных и залитых кровью кителях виднелись дыры от сорванных наград. Поочередно их отводили к яме, где следовал выстрел в затылок. Один из приговоренных не мог выйти сам. Его вынесли из машины на носилках, на них же его и расстреляли. Так оборвалась жизнь прекрасного советского летчика, известного врагам под именем «генерал Дуглас», дважды Героя Советского Союза, генерал-лейтенанта авиации Якова Владимировича Смушкевича...
О проведенном «мероприятии» был составлен следующий документ: «Акт. Куйбышев, 1941 год, октября 28 дня, мы, нижеподписавшиеся, согласно предписанию народного комиссара внутренних дел СССР, генерального комиссара государственной безопасности тов. Берия Л.П. от 18 октября 1941 г. за № 2756/Б, привели в исполнение приговор о ВМН (высшая мера наказания) — расстрел в отношении следующих 20 осужденных». Дальше приводился список. Третьим в нем значился Я.В. Смушкевич — дважды Герой Советского Союза № 3...
Так без всякого суда и приговора страна лишилась одного из своих Героев. «Авиационный Чапаев» — так называл Смушкевича известный полярный летчик, участник Великой Отечественной войны, Герой Советского Союза Михаил Водопьянов. Он писал: «Советские летчики помнят и любят Смушкевича. Они знают, что в каждой воздушной победе, одержанной в годы Великой Отечественной войны, была доля и его неутомимого труда, его пытливой мысли и страстного сердца».
Бывший нарком авиационной промышленности А.И. Шахурин говорил, что самый большой подвиг Смушкевич совершил в Великую Отечественную войну, хотя в ней и не участвовал. В том, что наша авиация предстала перед гитлеровцами грозной, есть заслуга и «крылатого комиссара», воспитавшего плеяду летчиков-героев.
Маршал Жуков, назначенный после смерти Сталина заместителем министра обороны, помог семье репрессированного генерала вернуться из сибирской ссылки. С его помощью они получили в Москве приличную квартиру. Уже в 1954 году Г.К. Жуков добился пересмотра дела, посмертной реабилитации Я.В. Смушкевича и назначения пенсии для его семьи.