4 апреля 1940 года Я.В. Смушкевичу было присвоено воинское звание «командарм 2-го ранга». По итогам войны с Финляндией 92 летчика получили звание Героя Советского Союза, многие были удостоены орденов и медалей. Я.В. Смушкевич принимал активное участие в планировании и проведении большинства воздушных операций советско-финляндской войны. И все же финская кампания не принесла ему ни одной награды. До этого его участие в боевых действиях всегда отмечалось. Виной тому, по всей видимости, послужил характер Смушкевича. Как исключительно порядочный человек, он не мог притворяться и лукавить, а кроме того, имел и собственную точку зрения на многие военные и политические проблемы. Столкнувшись с фашистами в Испании, Яков Владимирович усвоил один урок — с ними нельзя договариваться. Поэтому он крайне негативно отнесся к заключенному Советским Союзом и фашистской Германией в августе 1939 года Пакту о ненападении. На докладах, в присутствии И.В. Сталина, он не скрывал своего отрицательного отношения к этому договору. Кроме того, Яков Владимирович всегда отстаивал свою точку зрения, даже если она не совпадала с мнением «вождя всех времен и народов». Подобное позволяли себе только единицы.
Хотя следует признать, что И.В. Сталин относился к Смушкевичу хорошо и ценил его деловые качества. Генерал-лейтенант авиации В.И. Сталин отмечал, что от отца слышал о Смушкевиче много хорошего: «Прям, храбр, дело знает».
Ситуация особенно обострилась весной 1940 года, когда Смушкевич поддержал высказывания ряда авиаторов о новых моделях самолетов, предполагаемых к запуску в серийное производство. Некоторые из них очень понравились И.В. Сталину. Кроме того, Смушкевич возражал против одновременной реконструкции военных аэродромов в приграничных военных округах. С этого момента начинается закат его политической и военной карьеры. Немалую роль в этом сыграли представители органов НКВД, начавшие собирать компрометирующие материалы против Я.В. Смушкевича, которые в последующем предполагалось преподнести вождю как «заговор Героев».
Выявленные войной недостатки в деятельности ВВС надо было срочно исправлять. Яков Владимирович понимал это, как никто другой. Он с головой уходит в работу. Его часто видели на заводах, в конструкторских бюро, на испытательных полигонах и аэродромах. Он засиживается в штабе ночами. В те дни из кабинета командующего ВВС не выходили инженеры, конструкторы, летчики-испытатели. Без них не решался ни один вопрос, касающийся оснащения ВВС новой техникой.
Чтобы форсировать выпуск новой техники, Смушкевич предложил военным летчикам испытывать самолеты на заводах. После удачного исхода испытаний сразу же начиналось их серийное производство. Раньше это делалось лишь после государственных испытаний и принятия самолета комиссией. Так удавалось существенно сократить путь от конструкторского бюро до аэродрома. Такой метод испытаний широко использовался в годы Великой Отечественной войны. И во всем этом была немалая заслуга Смушкевича.
Постановлением Совета Народных Комиссаров СССР от 4 июня 1940 года Я.В. Смушкевичу было присвоено воинское звание «генерал-лейтенант авиации». Этому предшествовало одно событие, которое в полной мере характеризует скромность и порядочность Якова Владимировича. По своей должности он входил в комиссию по присвоению в РККА генеральских званий. После того как единогласно было принято решение присвоить ему воинское звание «генерал-полковник», он решительно возразил: «Я не хочу, чтобы у кого-нибудь даже возникла мысль, что вот сидел Смушкевич в комиссии и себе одному высшее звание выбил»{27}.
20 июля 1940 года Приказом НКО № 03321 генерал-лейтенант Смушкевич Я.В. был назначен начальником Главного управления Военно-воздушных сил Красной Армии. Но пробыл на этом посту он совсем недолго. 15 августа 1940 года он был освобожден от должности и назначен генерал-инспектором инспекции ВВС. В том же месяце он отправляется с проверкой в только что сформированный Прибалтийский особый военный округ. ВВС округа командовал дважды Герой Советского Союза генерал-лейтенант Г.П. Кравченко, давний знакомый и боевой друг.
После инспекторской проверки в г. Паневежис Смушкевич решил побывать на родине — в литовском городе Рокишкис. Прошло более 20 лет, как он покинул родные края. Там продолжали жить его родители, два брата и сестра. Прихватив с собой Кравченко, на автомашине отправились в путь.
В сумерках прибыли в Рокишкис. Подъехали к маленькому деревянному домику, окна которого были чуть выше уровня земли. Оконные рамы от ветхости покосились, домик наклонился набок и, казалось, вот-вот упадет. Яков Владимирович тихо постучал щеколдой. Прошло некоторое время, прежде чем дверь открылась. На пороге показалась небольшого роста, худенькая женщина. Она некоторое время пристально вглядывалась в обоих приезжих, а потом прошептала: «Сынок!» и повисла на шее Смушкевича. На крыльце появились отец, оба брата и сестра, им тоже не терпелось скорее обнять и расцеловать дорогого гостя. У дома сразу же собралось много людей. Яков Владимирович здоровался с соседями, обещал завтра со всеми встретиться. На следующий день в здании школы он выступил перед земляками. В честь его приезда был дан самодеятельный концерт.
3 декабря 1940 года генерал-лейтенант Смушкевич был назначен помощником начальника Генерального штаба РККА по авиации. Генерал-инспектором ВВС он пробыл всего четыре месяца. На этом посту он мог лишь проверять и выявлять недостатки. И Смушкевич использует эту возможность, чтобы улучшить положение дел в ВВС. Он все время в разъездах, постоянно бывает в летных частях и на аэродромах. После каждой проверки обязательно дает исчерпывающий анализ действиям авиации. Выводы его нравились не всем.
21—29 декабря 1940 года в Москве проходило совещание высшего генералитета. Обсуждался опыт, полученный в локальных конфликтах, с целью решить, как воевать в дальнейшем, чтобы избежать тех недостатков и потерь, которые вскрыла советско-финляндская война. Среди прочих было предоставлено слово и помощнику начальника Генерального штаба РККА по авиации генерал-лейтенанту Я.В. Смушкевичу. В своем выступлении он особо подчеркнул вопросы о недостатках в боевой подготовке, о недопустимом сокращении полетов в сложных условиях, о нехватке бензина, о «боязни аварийности» у многих командиров, о слабой работе наших бомбардировщиков по радионавигации.
Роль «свадебного генерала» была не для Смушкевича. Его кипучая натура искала выход и пути для того, чтобы убедить Сталина в необходимости срочного устранения недостатков в развитии советских ВВС, выявившихся в ходе советско-финляндской войны.
Вспоминает Главный маршал авиации А.Е. Голованов: «Шумно и празднично было 31 декабря 1940 года в Доме летчиков (теперь здесь гостиница "Советская"). Пилоты со своими женами, товарищами, родственникам и милыми сердцу девушками встречали новый, 1941 год.
За плечами многих — Халхин-Гол, освобождение Западной Белоруссии и Западной Украины, война с белофиннами. Было о чем поговорить: большинство друг друга давно не видели...
Больше других за нашим столом был мне знаком Я.В. Смушкевич. Своей простотой он как-то удивительно быстро располагал к себе людей. С ним можно было заводить разговор на любые темы, не боясь, что будешь неправильно понят...
В ту новогоднюю ночь, хватив под различные тосты изрядную дозу шампанского, я увидел мир в радужном свете и в конечном итоге решил, что называется, с ходу изложить замыслы нашего экипажа Якову Владимировичу Смушкевичу...
Извинившись перед женой, я сел рядом с Я.В. Смушкевичем и, набравшись храбрости, безо всяких обиняков начал излагать суть дела, прося, чтобы Яков Владимирович оказал нам содействие, похлопотал за нас. Я даже принялся доказывать ему, что мы его не подведем, — он наш экипаж знает, — что мы способны и на более трудные дела и так далее, и тому подобное. Видимо, шампанское свое дело сделало. Но поглядев на задумчивого и молчаливого Смушкевича, я спохватился: уж не наговорил ли чего лишнего?...