Однако несколько дней спустя начали выявляться "крайне неприятные" обстоятельства. Среди местных жителей стали появляться "вещи с русского корабля". По рассказам допрошенных китайцев, близ одного из островов на камнях стоит "брошенный пароход". 27 мая солдаты обошли местные фанзы и обнаружили большое количество продуктов, матросскую и офицерскую форму, электрические лампочки, провода, приемный аппарат радиотелеграфа и даже Андреевский флаг! Все это было снято с "Внимательного", причем судя по тому, что крупа и мука не были подмочены, миноносец даже не затонул. Правда, найти корабль помешал разыгравшийся затем шторм. Следственная комиссия была вынуждена продолжить свою работу.

"Почему начальник отряда считал появление на горизонте проблесков электрических фонарей опасным для девяти миноносцев, посланных атаковать неприятеля? Почему требовалась такая поспешность? Почему начальник отряда не удостоверился лично в уничтожении миноносца, а отдал распоряжение выстрелить миной? Почему он выстрелил миной зная, что глубина мала?.." — вопрошал командующий эскадрой.

Ответ Е. П. Алексеева был долог и неубедителен. А из японских источников выяснилось, что замеченный "свет прожектора" в действительности принадлежал отряду под командованием капитана 2 ранга Нисияма в составе старых судов береговой обороны "Цукуба", "Хайен" и канонерок "Акаги" и "Чокай" — то есть как раз тем кораблям, которые и должен был атаковать Алексеев. Командир "Выносливого" лейтенант А. И. Непенин отвечал, что "не видел корабля" после взрыва торпед и, получив тот же ответ от своих офицеров, счел его уничтоженным и последовал в Голубиную бухту.

Но правда, как выяснилось позднее, оказалась ещё неприглядней. Торпеды взорвались на камнях, не дойдя до цели. К утру начался прилив, и корабль всплыл сам. Ветром "летучий голландец" отнесло на 10 миль к северу, и он вторично сел на мель у мыса Ридж. Здесь его и обнаружил 26 мая японский дозорный миноносец № 42. Судно к тому времени было основательно расхищено китайским населением, но повреждения корпуса и главных механизмов оказались незначительными (!). 9 июня специальная аварийная партия под командованием капитана 2 ранга Фудзимото приступила к спасательным работам. Но к этому времени удары волн разбили днище, обнаружились новые пробоины. Откачать воду из трюмов не удалось, и работы пришлось приостановить. Начался шторм, "Внимательный" вторично сам снялся с камней и затем затонул.

Дело "замяли", к ответственности никто не привлекался. История осталась совершенно непонятной и неестественной. Все "виновники" и до и после имели заслуженную репутацию храбрых и умелых командиров. "Пантелеич", как звали порт-артурцы Е.П.Елисеева, среди моряков пользовался заслуженным авторитетом; мичман (впоследствии контр-адмирал) Б.П. Дудоров называл его "всеобщим любимцем" и характеризовал как одного из самых лучших морских офицеров порт-артурской эскадры. А.И. Непенин прибыл из Шанхая с интернированной там канонерской лодки "Манджур", был назначен на "Выносливый" вместо раненого мичмана А.Н.Заева, а 10 мая стал командиром этого корабля, и поход к острову Мурчисон стал его первым плаванием в новой должности. Всего через три месяца — 31 августа 1904 года, командуя двумя катерами, Непенин атаковал и взял на абордаж большой минный катер флагманского японского броненосца "Микаса", вышедшего ночью к Порт-Артуру для проведения минной постановки. Катер был захвачен и приведен в Порт-Артур. "Катер можно исправить и приспособить для траления и нужд порта", — докладывал по этому поводу в Царское село главнокомандующий А.Е. Алексеев.

Сам по себе факт по меньшей мере трёхкратного, в ходе войны, уничтожения собственных кораблей в отсутствие какой бы то ни было угрозы со стороны противника (крейсер "Боярин", эсминец "Внимательный" и, наконец крейсер "Изумруд" из состава эскадры Рожественского) невероятен настолько, что мог бы быть сочтен, в наши дни, применением некоего "психотропного оружия". Эти таинственные случаи, безусловно, ждут своего тщательного изучения.

Во второй половине мая обстановка у Порт-Артура обострилась — с падением Кинчжоуской позиции японские войска начали блокаду крепости. Сухопутная связь с ней прервалась. Теперь к боевым задачам эсминцев добавились прорывы сквозь вражескую блокаду с депешами и донесениями, так как планируемая к установке в Чифу на территории русского консульства радиостанция для прямой связи с Порт-Артуром так и не была введена в действие. Другой задачей порт-артурской эскадры, стала артиллерийская поддержка сухопутных войск и борьба с вражескими канонерскими лодками. При этом наши корабли нередко вступали в перестрелку со своими соперниками, выполняющими аналогичные задачи.

Такими были бои 1 и 10 июня. И если в первом из них стороны вели огонь без потерь с обоих сторон, то во втором случае флагманский эсминец "Боевой" под брейд-вымпелом капитана 2 ранга Е.П. Елисеева почти сразу же получил два серьёзных попадания 76-мм снарядов, начальника отряда ранило, и русские корабли отошли вглубь бухты. В этом же бою незначительное, но "экзотическое" повреждение получил "Выносливый" — трехдюймовый японский снаряд поразил кормовой гальюн и остался там, не взорвавшись.

Днем того же 10 июня состоялся первый выход в море всей русской эскадры, закончившей наконец ремонт поврежденных в первый день войны кораблей. Но Витгефт, встретив противника, повернул назад, не решившись на задуманный прорыв во Владивосток. Миноносцы сопровождали эскадру, но в бой не вступали. Опасным моментом для них было начало операции, когда по шедшим с тралами истребителям открыли огонь японские крейсера. Рядом с "Властным" взорвался 203-мм снаряд, повредивший лопасть одного из гребных винтов.

В этот период войны корабли 1-го отряда и "форели", в частности, использовались очень интенсивно. При этом корабли продолжали нести сторожевую службу в пределах внешнего рейда. Но "небоевые" потери продолжали преследовать русские корабли. После ночного боя в бухте Тахэ "Грозовой" при буксировке к берегу тяжело поврежденного "Лейтенанта Буракова" зацепил винтами за грунт, погнул гребные валы и потерял ход. Ремонт его оказался не слишком долгим, и все три "форели" приняли участие в выходе эскадры 28 июля и последовавшем за ним сражении в Желтом море. Одинаково ожесточенное для обеих сторон сражение закончилось с наступлением ночи. Его результат остался неопределенным, но русские корабли не только не пробились во Владивосток, но и потеряли часть кораблей при возвращении в Порт-Артур. Большая часть их прорвалась в нейтральные порты, где они были интернированы до конца войны.

Японский флот получил решающее превосходство над Порт-Артурской эскадрой. К этому добавилось тяжелое поражение русских крейсеров в Японском море 1 августа 1904 года, выведшее из строя Владивостокский крейсерский отряд до конца войны.

Определив, что основные силы эскадры возвращаются в Порт-Артур, туда же направились "Властный" и "Выносливый". Но "Грозовой" же ушел за прорвавшимся на юг крейсером "Диана". Утром на "Грозовом" потекли холодильники, упал ход, и командир "Дианы" приказал ему следовать в Киао-Чао (Циндао). Уйдя от преследования японского крейсера, миноносец с трудом добрался до Шанхая. Там уже стоял прибывший ранее крейсер "Аскольд" под флагом командира крейсерского отряда Н.К. Рейценштейна.

Верный своему характеру Николай Карлович Рейценштейн рвался в бой, но Верховное командование, поколебавшись, отдало приказ разоружиться. Выполняя его, "Грозовой" разоружился первым.