1706 год
Апраксин заведовал судостроением в Воронеже; управлял Оружейным, Ямским приказами и Монетным двором в Москве.
1707 год
22 февраля — Ф. М. Апраксин становится адмиралом и президентом Адмиралтейства.
1708 год
Апраксин руководил флотом. Командовал сухопутными войсками в Ингрии; одержал победы над шведскими войсками у Ракобора и в Копорском заливе. Получил чин действительного тайного советника. Возведен в графское достоинство, стал генерал-адмиралом русского флота.
1709 год
Пребывал в Воронеже. Преобразовывал Азовский флот. Вступил в должность губернатора азовского.
1710 год
Ф. М. Апраксин руководил войсками, осаждавшими Выборг. За его взятие получил орден Св. Апостола Андрея Первозванного и золотую шпагу с бриллиантами.
1711 год
Апраксин руководил Азовским флотом.
1712–1713 годы
Ф. М. Апраксин руководил сухопутными войсками в походе в Финляндию, участвовал во взятии Гельсингфорса и победе над шведскими войсками при Пелкине.
1714 год
27 июля — Апраксин руководил галерным флотом, участвуя в победном морском сражении при Гангуте.
Ходил с флотом в Ботнический залив.
1715–1716 годы
Апраксин командовал корабельным флотом, плавал по Финскому заливу, действовал против шведов.
1717 год
Апраксин крейсировал в Балтийском море. Произвел высадку на остров Готланд.
15 декабря — назначен президентом Адмиралтейств-коллегии.
1718 год
Апраксин крейсировал в Финляндии. Находился под судом за злоупотребления по подрядам, подвергся денежным взысканиям. Участвовал в розыске по делу царевича Алексея.
1719 год
Апраксин сопутствовал Петру I в поездке на Олонецкие минеральные воды.
Руководил галерным флотом, который высадил десант на берег Швеции.
1721 год
22 октября — по случаю заключения Ништадтского мира Ф. М. Апраксин награжден кайзер-флагом. Назначен эстляндским губернатором.
1722 год
Апраксин участвовал в Персидском походе, руководил морскими силами на Каспийском море.
1723–1726 годы
Ф. М. Апраксин командовал Балтийским флотом. Награжден орденом Св. Александра Невского.
1728 год
10 ноября — смерть Ф. М. Апраксина в Москве.