Когда соловецкие иноки узнали о том, что Иосиф — сторонник новообрядцев, то под благословение к нему не подошли. 15 сентября 1667 года в Спасо-Преображенском соборе монастыря состоялось заседание «чёрного» собора, на котором присутствовали и миряне. Теперь, после публичного, с участием «вселенских» патриархов, проклятия старых обрядов в Москве на печально знаменитом Соборе 1666–1667 годов, стало ясно, что проводить прежнюю политику игнорирования церковной реформы уже не удастся. Надо было принять определённое и прямое решение. Соловецкий «чёрный» собор категорически отверг новые книги и обряды и отказался признать Иосифа своим архимандритом.
Вдобавок вскрылись ещё кое-какие факты: прибывшие в Соловецкий монастырь архимандриты Варфоломей (бывший) и Иосиф (нынешний, не принятый «чёрным» собором) пытались тайно провезти в монастырь целую ладью вина для спаивания братии. «А как к нам приехали, ей тебе, великому государю, пишем не затевая, малых и средних и болших вина 39 бочек, да меду и пива бочек с пятнадцать. И в том твоя, великаго государя, воля, то питье мы у них пред манастырем на пристанищи, по прежнему монастырскому чину, по преданию чюдотворцев, розбили все».
В день собора Иосифу была вручена общая челобитная о вере, в которой говорилось о бесполезности присылки новых увещевателей и о готовности соловецких иноков стоять насмерть: «И вели, государь, на нас свой меч прислать царьской, и от сего мятежнаго жития преселити нас на оное безмятежное и вечное житие; а мы тебе, великому государю, не противны».
И случилось неслыханное: в ответ на смиренные просьбы соловлян 3 мая 1668 года царским указом для приведения в повиновение мятежной обители на Соловки была послана воинская команда. Началась чудовищная по своему святотатству восьмилетняя осада главной православной святыни Русского Севера.
22 июня 1668 года стрельцы под командованием стряпчего Игнатия Волохова высадились на Соловецком острове. Иноки заперлись в обители, причём на одном из общих собраний предложили всем колеблющимся братьям, а также мирянам заблаговременно удалиться из монастыря. Таких оказалось немного — около сорока человек. Остальные, числом до полутора тысяч человек, решили стоять насмерть за старую веру и «будущих святых сладости получити», нежели, приняв новоустановленные предания, временно пребывать в сладости земного жития.
Целых четыре года Волохов со стрельцами стоял под монастырём, весной и летом «разныя озлобления… творяше», обстреливая его из пушек и пищалей. Осенью же отходил к берегу, в Сумской острог, не давая выходить из монастыря, приказывая хватать служебных старцев и слуг и после различных мучений предавать смерти. Однако местное население активно помогало осаждённым инокам, поставляя в монастырь необходимые съестные припасы и уведомляя о военных приготовлениях к осаде. Да и сами стрельцы, набранные в основном из жителей северных городов, неохотно участвовали в блокаде святого места. Ладьи с солью, рыбой и хлебом, направлявшиеся из района Сумского острога в Архангельск, постоянно «сбивались с пути» и приставали к Соловецким островам. Летом 1670 года Волохов разослал во все соловецкие усолья «наказные памяти», угрожавшие смертной казнью «безо всякого милосердия и пощады» за поездки в монастырь и письма туда. Но и это не помогло. Поморы не прекращали поддерживать осаждённый монастырь. В результате Волохов, «ничтоже успев», царским указом был отозван в Москву.
Вместо нерешительного Волохова на разорение Соловецкой обители в 1672 году Тишайший послал сотника московских стрельцов Климента Иевлева, человека лютого и немилостивого. К прежним 225 стрельцам было прибавлено ешё 500. За два года Иевлев сотворил «зельнейшую тесноту» и «горчайшую нужду» святому месту: пожёг вокруг монастыря все келии, «устроенные для упокоения иноков», скотный двор вместе с животными, находившийся на острове Большая Муксалма, рыболовецкие снасти, тем самым пытаясь взять затворников измором. Но жестокий сотник принял за свои злодеяния справедливую кару от Бога: «поражён язвою согнития» и в болезненных страданиях взят в Москву.
В 1674 году «пришёл под киновию» новый воевода Иван Мещеринов «и с ним воинов тысяща триста… со многими стенобитными хитростьми». При этом Мещеринову от царя был дан строгий указ: «И как к тебе ся наша великого государя грамота придет, и ты б по прежнему и по сему нашему великого государя указом, над соловецкими мятежники чинил промысл с великим радением, а с Двины ратные люди к тебе посланы; и как к тебе, против сего нашего великого государя указу, ратные люди соберутся, и ты б потому же чинил над мятежниками радетелной промысл и был на Соловецком острове безотступно, чтоб их мятеж искоренить вскоре; и ты б работных людей, которых ты взял с собою для малолюдства, отпустил в Сумской острог, а оставил бы у себя кормщиков сколько надобно; и буде ты учнеш над мятежниками чинить нерадетелной промысл, и тебе за то быть от нас великого государя в смертной казни без всякия пощады».
При этом «неблагонадёжные» стрелецкие начальники были заменены «новокрещёными иноземцами» рейтарского строя (майор Келин, ротмистр Буш, поручики В. Гутковский и Ф. Стахорский). Царь прекрасно понимал, что сердце пришлых наёмников, с трудом изъяснявшихся по-русски и крестившихся, как правило, в корыстных целях, не дрогнет перед осквернением православной святыни. «Обитель неблагодарно восхоте разорити и собра рать… богоборну и злочестиву, немца и поляков».
Теперь, когда прибыли настоящие специалисты военного дела, осада монастыря стала вестись по всем правилам военного искусства того времени. Близ неприступных крепостных стен построили городки и шанцы, и обстрел монастыря стал постоянным и целенаправленным. Одновременно под три монастырские башни велись подкопы.
Но, несмотря на жестокую осаду, соловецкие иноки продолжали богослужения. Отчаявшись в помощи и милости человеческой, «с горькими слезами и воплем» просили они помощи и заступления у Бога, Пречистой Владычицы Богородицы и преподобных Зосимы и Савватия. Молитвами и слезами и «дненощенными богостоянии противу ратных вооружахуся». В обители пелось по два молебна каждый день, чтобы солдаты не поимели «дерзновения внити во ограду монастыря».
И тогда произошло настоящее чудо: «премилостивый Господь, близ всем призывающим И (Его. — К.К.) воистину, посла на ня (них. — К.К.) мор великий, знамениями язв являемый». За три-четыре дня умерло около семисот человек. Испуганные этим знамением, многие из оставшихся в живых стрельцов постригались в иночество и покаянием очищали свои души. Незримое заступничество преподобных отцов Зосимы, Савватия и Германа ограждало обитель от многих приступов и пушечных выстрелов.
Веру соловецких иноков укрепляли и иные многие чудеса, происходившие в то время в богоспасаемой обители. Об одном из них пишет протопоп Аввакум:
«И ныне явился новой святой, Илинарх в Соловецком монастыре, — вместо же праха взыдет мирсина. Зрите и разумейте: не прах ли был Илинарх-от, в земле лежал, кто ево знал, земля ино земля, а ныне яко мирсина взошел, зело завонял во всю Русскую землю. Мирсина бо есть древо райское, обретается к восточным странам, посреде кедров и кипарисов, и зело древо уханно, еже есть вони исполненно благой, издалеча приходящаго обвеселит. Тако и Иринарх во всей земли верных возвеселил, а никониян взбесил своим и скорбь им наведе явлением. Понеже старыя нашея изгнанныя православныя веры крин процвете, на обличение никонияном новолюбцам, врагом и отступником от Христа и от Пречистой Богородицы и от соловетцких чудотворцов. Как вы, никонияне, скрыть чудо сие умыслите? Али сице рцете, яко вашего ради достояния земля Иринарха отца изведе из недр своих ради ваших новых блядивых молитв? Гордоусы! — обмишулились, — не так, не так! не лгите на истину: пение в Соловках церковное и келейное по старому православию и книги имеют старопечатные, вашим блядям противятся, того ради от вас в осаде сидят седмь годов милые, алчни и жадни, наги и боси, терпят всякую нужду ради веры православныя. Того ради, утешая их, Бог изведе из земля стараго игумна Иринарха, бывшаго древле в православной вере при благочестивом царе Михаиле Федоровиче всея Руси. И будет Имя Господне во знамение вечно, рече Господь: еще же и не оскудеет, по словеси Божию, старое наше православие молитвами святых отец».