Изволь, самодержавне, с Москвы отпустить двух сынов моих к матери их на Мезень, да тут, живучи вместе, за ваше спасение Бога молят; и не умори их с голоду, Господа ради. А обо мне, якож Богу и тебе годе: достоин я, окаянный, грехов ради своих, темнице пустозерской. Умилися, святая душа, о жене моей и о детех».

4 июля 1669 года из приказа Сыскных дел в Пустозёрск пришла грамота о немедленной постройке тюрьмы. Вскоре приказание было исполнено. «Тюрьмы нам зделали, — сообщает диакон Феодор в письме к семье Аввакума на Мезень, — по сажени, а от полу до потологу головой достать». Но и в темницах общение единомышленников продолжалось. «К старцу пойду посидеть в ево темницу», «у старца сижу», — писал Аввакум. Инок Епифаний становится в эти годы духовным отцом Аввакума.

Продолжалось общение с соузниками по «темничному заточению», продолжалось и общение с единомышленниками, остававшимися пока на свободе. Аввакум и его соузники поддерживали связи с внешним миром благодаря «верным людям», через которых им удавалось посылать на Русь свои «грамотки». «Грамотки» передавались сперва на Мезень, в Окладникову слободу, где в то время находилась в ссылке семья Аввакума, а затем — в Москву, в Соловецкий монастырь, в Поволжье и Сибирь. Они многократно переписывались от руки и рассылались во все отдаленные уголки Руси великой, где ещё продолжали верить и молиться по-старому.

В пустозёрской ссылке узникам суждено будет протомиться 14 лет, терпя голод, холод, наготу, мрак землянок, тяжёлый труд, унижения и оскорбления. Но такие суровые, нечеловеческие условия не смогли сломить духа Христовых воинов, вставших на защиту отеческой веры. В тюремных земляных ямах у полярного круга была создана настоящая литературная школа. Пустозёрскими «сидельцами» составлялись послания, апологетические трактаты, целые книги, обличавшие никоновские новины и защищавшие древлее благочестие. За годы пустозёрского заключения одним только Аввакумом было написано свыше сорока сочинений, в которых он то обращался к властям с увещанием вернуться к старой вере, то писал к своим единомышленникам и духовным чадам, ободряя их, возбуждая их ревность, увещевая их к страданиям за истинную веру, наставляя, как устроить свою жизнь, разрешая различные их недоумения. «Старообрядческие руководители как до, так и во время пустозёрской ссылки вели непрекращавшуюся оживлённую полемику с организаторами церковной реформы, критикуя издания Московского печатного двора, — пишет Н.Ю. Бубнов. — Взявшись за перо, пустозёрские “сидельцы” с успехом противопоставили себя и свои писания мощной корпорации господствующей православной церкви, в ведении которой находились сотни людей — писатели, справщики, переводчики, библиотекари, а самое главное — мощные государственные типографии. В подобных условиях соперничать с идеологическим противником в борьбе за читателя можно было лишь обратившись к испытанным дедовским методам, а именно — использовать традиционную на Руси переписку книг от руки. При этом основную работу по тиражированию книг и их распространению должен был взять на себя сам читатель».

Писали и сподвижники Аввакума — инок Епифаний, священник Лазарь и диакон Феодор. «За 14 лет совместного заключения в непомерно суровых условиях, лишённые книг, бумаги и чернил, вынужденные общаться тайно по ночам, пустозёрские узники создали около ста оригинальных публицистических сочинений, в том числе послания, “беседы”, челобитные, “толкования” на различные священные тексты, автобиографические повести и жития. Эта эмоциональная, насыщенная художественными образами литература оказала огромное влияние на русскую читательскую аудиторию, и прежде всего на многомиллионное крестьянство» (Бубнов). Но и это ещё не всё. «За период ссылки пустозёрскими узниками были не только созданы эмоциональные публицистические сочинения для народа, но и организовано своеобразное подпольное “издательство”. Тематические сборники сочинений пустозёрской четвёрки, составлявшиеся чаще всего коллективно, редактировались самими авторами и передавались ими для переписки искусным писцам, жившим как в самом Пустозёрске, так и в Окладниковой слободе на Мезени. Переписанные “добрым письмом” рукописные сборники часто вновь возвращались к авторам, где вычитывались и заверялись собственноручными подписями, а затем переправлялись “верным” в Москву, Поморье, и в другие места для последующей переписки и распространения» (Бубнов).

Уже осенью 1669 года из Пустозёрска с неким Поликарпом была отправлена на Русь книга диакона Феодора «Ответ православных» — от имени всей пустозёрской «четверицы». «Еже от меня и от братии дьяконово снискание послано в Москву, правоверным гостинца, книга “Ответ православных” и обличение на отступническую блудню. Писано в ней правда о догматах церковных», — говорит протопоп Аввакум, который приложил к книге подробную одобрительную «рецензию» — «Припись ведения ради сему». Это своё сочинение диакон Феодор начал писать ещё в 1667 году в Москве. В «Ответе православных» диакон Феодор выступил не только как яркий полемист, убеждённый в своей правоте, но и как глубоко начитанный в святоотеческой литературе богослов:

«И егда убо исполнися Писание, и настоящее время откры тайну во Откровении Богословле. По числу зверя 600, исполнися по римском отступлении, тогда Малая Русь отступила веры, иже глаголются униаты. И посем, егда преиде 60 лет, тогда Богу попустившу сатане свое дело совершити и великое Российское наше царство, увы, отторже сатана хоботом своим, Никоном. Тои бо волк подкраде Христово стадо, во овчей коже пришед, исперва и показася ревнуя по истинне, и тем пронырством своим добре возделанную ниву сердца Алексия Михайловича злым тернием насея, плевелами и окраде святопомазанную душу его. Не дверию бо вниде лстивый во двор овчий, но прелез ограду священных правил: поп бяше в мире и пострижеся, не вем где и от кого, и таковых священная правила отсекают и священнику быти возбраняют, не токмо архиерею, еще же и не по жребию Святаго Духа избран, но царем понужен незаконне. И тако неверный строитель приставлен бысть к дому Владычню, нача церковь Христову разоряти, и церковныя догматы превращати, и святыя непорочныя книги, и уставы, и чины вся церковныя святых отец опрометати, и все по своему прелагати, и начинающих ему о сих возбраняти, тех церковных чад бия, и умучая, и в далних странах заточая, а иных и без вести сотворяя, якоже преосвященнаго епископа Павла Коломенскаго, добраго пастыря, полагающаго душу свою за Христово стадо, разбойнически ободра, и никто же весть, како его оконча, и прочих».

Тогда же Аввакумом была послана царю Алексею Михайловичу челобитная — пятая и последняя. Обращаясь к царю, Аввакум призывает его примириться с Богом и с Церковью Христовой и оставить раскол: «И ныне последнее тебе плачевное моление приношу, из темницы, яко из гроба, тебе глаголю: помилуй единородную душу свою и вниди паки в первое свое благочестие, в нем же ты порожден еси с преже бывшими тебе благочестивыми цари, родители твоими и прародители; и с нами, богомольцы своими, во единой святой купели ты освящен еси; единыя же Сионския Церкви святых сосец ея нелесным млеком воспитен еси с нами, сиречь единой православной вере и здравым догматом с нами от юности научен еси».

Совершенно напрасно, пишет Аввакум, назвали его и его сподвижников еретиками и предали анафемам, ибо в таком случае подобной участи заслуживают и все прежде бывшие русские иерархи и государи, придерживавшиеся старых обрядов:

«Что есть ересь наша или кий раскол внесохом мы во Церковь, якож блядословят о нас никонияня, нарицают раскольниками и еретиками в лукавом и богомерском Жезле, а инде и предотечами антихристовыми? Не постави им, Господь, греха сего, не ведят бо беднии, что творят. Ты, самодержче, суд подымеши о сих всех, иже таково им дерзновение подавый на ны. Не вемы в себе ни следу ересей, коих пощади нас Сын Божий от такова нечестия и впредь, ниж раскольства: Бог сведетель и Пречистая Богородица и вси святии! Аще мы раскольники и еретики, то и вси святии отцы наши и прежнии цари благочестивии, и святейшия патриархи такови суть. О, небо и земле, слыши глаголы сия потопныя и языки велеречивыя! Воистинну, царь-государь, глаголем ти: смело дерзаете, но не на пользу себе. Кто бы смел рещи таковыя хульныя глаголы на святых, аще бы не твоя держава попустила тому быти? Вонми, государь, с коею правдою хощеши стати на Страшном Суде Христове пред т[мы] анг[ельскими и пред всеми племены] язык верных и зловерных. Аще во православии нашем, отеческих святых книгах и в догматех их хотя едина ересь и хула на Христа Бога и Церковь Его обрящется, ей, ради мы за них прощаться пред всеми православными, паче же за то, аще мы что от себя внесохом — соблазны или раскол — во Церковь. Но несть, несть! Вся церковная права суть разумевающим истинну и здрава обретающим разум по Христе Исусе, а не по стихиям сего мира, за ню же мы страждем и умираем и крови своя проливаем».