В конце 1665-го — начале 1666 года были арестованы все находившиеся на свободе вожди старообрядческой оппозиции, а в феврале 1666 года в Москву по царским грамотам съехались все русские архиереи и видные представители духовенства. Однако ещё до открытия большого собора с участием вселенских патриархов царь хотел заручиться поддержкой русских архиереев. Для этого он устроил у себя предварительное заседание всех высших русских иерархов и заставил каждого письменно ответить на три вопроса, обеспечивающих признание начатых им церковных реформ: 1) являются ли греческие патриархи — Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский — православными? 2) достоверны ли используемые в греческих церквах рукописные и печатные богослужебные книги? 3) является ли правильным Московский собор, бывший в 1654 году в царских палатах при патриархе Никоне?
К концу февраля царь уже имел на руках подписанные всеми русскими архиереями ответы, в которых в один голос говорилось, что греческие патриархи, греческие книги и церковные чины православны и священны, а Московский собор 1654 года — законен и, следовательно, его постановления обязательны для всех православных русских людей.
Такому единодушию русских церковных иерархов не следует удивляться. Достаточно поверхностного взгляда на «послужной список» участников злополучного Собора 1666 года, чтобы понять, что все эти люди оказались во главе Русской Церкви далеко не случайно. Фактически это была уже в прямом смысле слова созданная царём Алексеем Михайловичем «карманная» церковь, беспрекословно выполнявшая все его «затейки» и указания. Олицетворением этой новой церкви стал архимандрит кремлёвского Чудовского монастыря Иоаким — по меткой характеристике диакона Феодора, «человекоугодник и блюдолиз», впоследствии выслужившийся до патриаршего сана. «Аз-де, государь, — говорил он царю, — не знаю ни старыя веры, ни новыя, но что велят начальницы, то и готов творити и слушати их во всем». К тому же за поддержку царских реформ, как свидетельствует диакон Феодор, каждому архиерею было «дарствовано» Алексеем Михайловичем по 100 рублей «милостыни» (сумма по тем временам весьма значительная). Причём с каждым царь проводил накануне собора предварительную беседу с глазу на глаз о том, как нужно себя вести и что говорить.
Естественно, никто не посмел возражать царю. Как отмечает историк В. О. Ключевский, новые владыки испугались за свои кафедры: «Все поняли, что дело не в древнем или новом благочестии, а в том, остаться ли на епископской кафедре без паствы, или пойти с паствой без кафедры».
За несколько лет, прошедших с начала реформ, царь полностью сменил всё высшее руководство Русской Церкви, весь епископат и руководителей крупнейших монастырей. Даже Никон теперь обвинял Алексея Михайловича в том, что тот без всякого стеснения вмешивается в церковные дела: «Когда повелит царь быть собору, то бывает, и кого велит избрать и поставить архиереями, избирают и поставляют, велит судить и осуждать — судят, осуждают и отлучают». Из прежних архиереев, участников Собора 1654 года, имевших ещё старое поставление, митрополита Корнилия Казанского, рукополагавшего Никона в патриархи, уже не было в живых (скончался в 1656 году), сторонников церковной старины Макария, митрополита Великого Новгорода и Великих Лук, и Маркела, архиепископа Вологодского и Великопермского, — тоже (оба умерли в 1663 году), архиепископа Симеона Сибирского отправили в 1664 году на покой, в том же году — и архиепископа Макария Псковского (скончался в следующем году).
Остальные архиереи были уже или поставлены лично Никоном или по «исправленным» при нём книгам. Так, митрополит Ростовский и Ярославский Иона (Сысоевич) был поставлен Никоном в 1652 году из архимандритов ростовского Богоявленского монастыря и почти один в один повторил его путь «наверх». Со 2 сентября 1664 года он являлся местоблюстителем патриаршего престола, однако не мог «соблюсти» его должным образом, когда 18 декабря 1664 года в Успенском соборе неожиданно появился Никон, пытавшийся вернуться на патриаршество. Иона принял у бывшего патриарха благословение, подав тем самым дурной пример церковному причту. Созванный 10 февраля 1665 года собор постановил, что митрополит Иона недостоин впредь оставаться местоблюстителем.
Лаврентий Тверской был рукоположен Никоном в 1654 году из патриарших иеродиаконов и ризничих в тверские епископы, через год уже был возведён в сан архиепископа, а после Собора 1666–1667 годов назначен казанским митрополитом.
Александр Вятский, хотя и не одобрявший реформы, поставлен был в своё время Никоном в 1655 году — вместо низверженного и впоследствии убиенного Павла Коломенского на коломенскую кафедру, правда, вскоре, в 1657 году, переведён на менее богатую кафедру — вятскую.
Питирим посвящён в 1656 году в митрополиты Сарские и Подонские, или Крутицкие, из архимандритов Новоспасского монастыря (родного и для Алексея Михайловича, и для Никона), затем (с 1664-го) стал митрополитом Новгородским, а впоследствии — патриархом Московским и всея Руси.
Иосиф — тоже «свой», в 1656 году поставлен в епископа с возведением в сан архиепископа Астраханского и Терского, в 1667 году возведён в сан митрополита. Впоследствии, в 1671 году, был убит в Астрахани участниками Разинского восстания.
Филарет поставлен Никоном в 1656 году из ризничих Саввино-Сторожевского монастыря в архиепископы Суздальские, с 1658 года — архиепископ Смоленский и Черниговский (после присоединения этих земель к России в ходе русско-польской войны).
Иоасаф поставлен Никоном в 1657 году в архиепископы Тверские и Кашинские, Иларион в том же году — в архиепископы Рязанские и Муромские.
Стефан в 1658 году из архимандритов Воскресенского Новоиерусалимского монастыря поставлен Никоном в архиепископы Суздальские и Тарусские. Единственный из никоновских клевретов выступил на Соборе 1666 года в защиту Никона. Впоследствии, в 1679 году, был лишен сана и заточён в монастырь.
Трое остальных — Павел, Симон и Арсений — были рукоположены в архиереи не Никоном, но по прямому указанию царя. Павел поставлен в 1664 году в митрополиты Сарские и Подонские из архимандритов кремлёвского Чудовского монастыря (где находился с 1659 года). Никон не желал признавать его архиерейской хиротонии: «Тебя я знал в попах, а в митрополитах не знаю, кто тебя в митрополиты поставил — не ведаю!» — и отказался отдавать ему патриарший посох, когда тот явился к нему по царскому указу.
Симон был рукоположен в 1664 году из игуменов Александро-Свирского монастыря в архиепископы Вологодские и Белоезерские. Характерен эпизод, произошедший при архиерейской хиротонии Симона. При поставлении его на вологодскую кафедру по рекомендации митрополита Крутицкого Павла Симон случайно обмолвился и прочёл Символ веры по-старому («рожденна, а не сотворенна»), что привело царя Алексея Михайловича в бешенство. «Не хоте ево царь поставити во архиепископы; озрелся, стоя, на Павла митрополита оного, и с яростию пыхнул, рек: “Ты мне хвалил его; не хощу его аз”. И поиде с места своего…» Павлу еле удалось уверить царя, что игумен обмолвился, и того заставили ещё раз прочесть Символ веры, уже по-новому, без «аза». Только после этого царь согласился поставить Симона в архиереи.
Арсений был поставлен в архиепископы Псковские, Изборские и Нарвские за год до собора, в 1665 году (до того, с 1661 года был игуменом московского Воздвиженского монастыря). В 1666 году по поручению участников собора ездил за Никоном в Воскресенский монастырь.
Наконец, ещё одним участником Собора 1666 года был иностранец — сербский митрополит Феодосий. Впервые он приехал в Россию за милостыней в 1663 году в сане епископа. В 1665 году прибыл уже в сане митрополита Венчатского и навсегда остался в России, пользуясь особым расположением царя Алексея Михайловича. Он жил при Архангельском соборе Кремля, именуясь митрополитом Сербским и Архангельским, и отправлял богослужение в этом соборе «по родителях царских у царских гробов». На Большом Московском соборе 1666–1667 годов был переводчиком у восточных патриархов. Впоследствии за эту службу был назначен митрополитом на вновь открытую Белгородскую митрополию (1667).
