В том же 1656 году, когда новосоставленная «Скрижаль» была обнародована, были напечатаны и переправленные Триодь постная, Ирмологий, Часослов, Требник. Церковная реформа шла полным ходом…
24 февраля 1656 года, в Неделю Православия, во время богослужения в Успенском соборе патриарх Антиохийский Макарий, патриарх Сербский Гавриил I и митрополит Никейский Григорий провозгласили анафему приверженцам двоеперстия. В грамоте, подписанной ими, говорится: «Предание прияхом сначала веры, от святых апостол и святых отец, и святых седми соборов творити знамение Честнаго Креста треми первыми персты десныя руки. И кто от христиан православных не творит крест тако, по преданию восточныя церкви, еже держа сначала веры даже до днесь, есть еретик и подражатель арменов. И сего ради имамы его отлучена от Отца и Сына и Святаго Духа, и проклята». Кроме антиохийского патриарха Макария, сербского патриарха Гавриила и никейского митрополита Григория эту грамоту подписал также молдавский митрополит Гедеон. Таким образом, первая анафема старообрядцам была провозглашена даже не Никоном, а заезжими восточными «милостынесобирателями», готовыми за деньги плясать под чужую дудку. По окончании литургии Никон долго разглагольствовал о «правильном» крестном знамении, цитируя заранее заготовленные и вырванные из контекста поучения из святоотеческих книг.
Да, для осуществления своих целей патриарх Никон не гнушался и откровенным обманом. Так, он заявил на Соборе 1656 года, что двоеперстное крестное знамение никогда не было официально утверждено Церковью, но учение о нём лишь по невежеству вкралось в книги московской печати: «Зазираху иногда нашему смирению, мне, Никону Патриарху, приходящии к нам в царствующий град Москву, потреб своих ради, Святыя Восточныя Церкве Святейшии Вселенстии Патриарси: Константиня града Афанасий, и паки святаго града Иерусалима, и святаго града Назарета, митрополит Гавриил, и прочии; и поношаху ми много в неисправлении Божественнаго песнопения, и прочих церковных винах. От них же едина есть и сия, яко треми персты, последними, двема малыми с великим палцем соединя, да двема прочими великосредними изобразующе творим на лице нашем знамение креста, от Феодоритова писания неведением внесшееся в печатныя книги, в великия Псалтири со возследованием, и малыя, и прочия рукописныя. А не повелением коего Царя или Патриарха, ниже Собором когда сошедшихся архиерей».
Под давлением Никона Собор 1656 года не только отменил и запретил древнейшее перстосложение, заменив его новым троеперстным перстосложением, но и проклял сам обычай двоеперстного крестного знамения, как якобы содержащий в себе арианскую и несторианскую ереси, а также проклял и всех тех, кто осеняет себя двоеперстным крестным знамением: «Святая Восточная Церковь содержит, еже трема первыма великима персты всякому христианину изображати на себе крест, а еже Феодоритово и Максимово обретаемое в книзе Псалтире со возследованием московския печати, и во иных рукописанных писанно, еже два малыя последния соединити с великим пальцем, ими же неравенство Святыя Троицы показуется, и есть арианство. И еже к тому два великосредния простерты имети, и посему два Сына и два состава о единем Христе Бозе исповедовати, яко Несторию, о нем же зде напреди доволне рекохом, за кую вину неприятне есть Церкви: сия всячески отринута повелехом изрекше правило о сем сице: аще кто отселе ведый не повинится творити крестное изображение на лице своем яко же древле Святая Восточная Церковь прияла есть, и якоже ныне четыре Вселенстии Патриарси со всеми сущими под ними христианы повсюду Вселенныя обретающимися имеют; и якоже зде прежде православныи содержаша до печатания слова Феодоритова во Псалтирях со возследованием московския печати, еже трема первыма великима персты десныя руки изображати во образ Святыя и единосущныя и неразделныя и равнопокланяемыя Троицы, но имать творити сие неприятное Церкви, еже соединя два малыя персты с великим пальцем, в них же неравенство Святыя Троицы извещается, и два великосредния простерта суща, в них же заключати два Сына, и два состава по несториеве ереси, якоже прежде рекохом, или инако изображати крест: сего имамы последующу святых Отец седми Вселенских Соборов и прочих поместных правилом, и Святыя Восточныя Церкве четырем Вселенским Патриархом, всячески отлучена от Церкве вкупе и с писанием Феодоритовым, якоже и на Пятом прокляша его ложная списания на Кирилла архиепископа Александрийскаго, и на правую веру, сущая по несториеве ереси, проклинаем и мы».
Под деяниями Собора 1656 года стоят подписи трёх митрополитов: Макария, митрополита Великого Новгорода и Великих Лук; Корнилия, Казанского и Свияжского; Ионы, Ростовского и Ярославского; четырёх архиепископов: Маркела, Вологодского и Великопермского; Лаврентия, Тверского и Кашинского; Иосифа, Астраханского и Терского; Макария, Псковского и Изборского и епископа Александра, Коломенского и Каширского, а также двадцати двух архимандритов и девяти игуменов. Нет сомнения в том, что все вышеперечисленные участники Собора 1656 года прекрасно знали о древности двоеперстия и о признании его Стоглавым собором 1551 года в качестве несомненного апостольского предания. Однако страх перед необузданным гневом патриарха Никона и боязнь разделить участь епископа Павла Коломенского взяли верх над совестью и верой предков, от которой архиереи и видные священники Русской Церкви публично на том соборе отреклись и которую торжественно предали проклятиям.
Однако христианская совесть простых русских людей не могла примириться с проклятиями и хулами на благочестивое церковное предание и на всех, кто, следуя сонму многочисленных святых древности, осеняет себя крестным знамением двоеперстно. «Как громом поразили русский народ эти безрассудные и душеубийственные проклятия и отлучения. Для всех было ясно, что Никон и восточные иерархи прокляли всю Русскую Церковь, всех её святителей и чудотворцев, знаменовавшихся двумя перстами. По суду Никона и приезжих греков, вся Российская страна — еретическая, армянская, проклятая, ибо она вся, начиная с архиереев и знатных лиц и кончая простым нищим, крестилась двоеперстием. Русский благочестивый народ или, точнее сказать, вся Русская Церковь не могла согласиться с таким крайне беззаконным осуждением, провозглашённым Никоном и его единомышленниками — греческими владыками, тем более что они говорили явную неправду, будто бы и апостолы, и святые отцы установили триперстие» (Мельников).
Характерно, что одновременно с изречением чудовищных проклятий на двоеперстие и на другие предания древней Церкви на соборных заседаниях в 1656 году вновь обсуждался вопрос о перекрещивании католиков. 11 мая Никон отменил практику чиноприема католиков первым чином — формально из-за того, что греки в то время признавали католическое обливательное крещение. Однако, зная иезуитскую подноготную преступной реформы, нетрудно догадаться об истинных причинах этого более чем странного поступка. 18 мая вышел указ о запрете «повторного» крещения католиков. Тем самым главное препятствие на пути к будущей унии было раз и навсегда устранено.
Десятки, сотни тысяч простых христиан и десятки священнослужителей, преданных вере своих благочестивых предков, разорвали общение теперь уже не с одним патриархом Никоном, единолично издавшим «Память» 1653 года, но и со всеми иерархами, подписавшими нечестивую клятву на Соборе 1656 года. И это решение опять-таки основывалось на чётких церковных правилах — 15-м правиле Двукратного собора и 31-м правиле святых апостол: «Аще который пресвитер, презрев собственного епископа, отдельно собрания творити будет, и алтарь иной водрузит, не обличив судом епископа ни в чем противном благочестию и правде: да будет извержен, яко любоначальный. Ибо есть похититель власти. Такожде извержены да будут и прочие из клира, к нему приложившиеся. Миряне же да будут отлучены от общения церковного. И сие да будет по едином, и втором, и третием увещании от епископа». Святейший патриарх Феодор Вальсамон так толкует данное правило: «В каждом городе клирики и миряне должны подчиняться местному епископу, с ним собираться и участвовать в церковных молитвах, если не обличат его судом как нечестивого, или несправедливого. Ибо тогда, если и отделятся от него, не будут осуждены…» Наконец, 3-е правило Третьего Вселенского собора гласит: «Аще же некоторым из принадлежащих к клиру в каждом граде, или селе, Несторием и его сообщниками, возбранено священство за православное мудрствование: таковым мы дали право восприяти свою степень. Вообще повелеваем, чтобы единомудрствующие с православным и Вселенским Собором члены клира, отнюдь никаким образом, не были подчинены отступившим, или отступающим от православия епископам».