Что касается изменений, внесённых в Русскую Церковь в результате никоновской реформации, то их было немало. Вот лишь некоторые, наиболее важные с точки зрения православной догматики и церковных канонов:
1. Двоеперстие, древняя, унаследованная от апостольских времён форма перстосложения при крестном знамении, было названо «арменскою ересью» и заменено на троеперстие. В качестве священнического перстосложения для благословения была введена так называемая малакса, или именословное перстосложение. В толковании двоеперстного крестного знамения два протянутых перста означают две природы Христа (Божественную и человеческую), а три (пятый, четвертый и первый), сложенных у ладони, — Троицу. Введя троеперстие (означающее только Троицу), Никон не только пренебрегал догматом о Богочеловечестве Христа, но и вводил «богострастную» ересь (то есть, по сути, утверждал, что на кресте страдала не только человеческая природа Христа, а вся Святая Троица). Это новшество, введённое в Русской Церкви Никоном, было очень серьёзным догматическим искажением, поскольку крестное знамение во все времена являлось для православных христиан видимым Символом веры. Истинность и древность двоеперстного сложения подтверждаются многими свидетельствами. К ним относятся и древние изображения, дошедшие до нашего времени (например, фреска III века из усыпальницы Святой Прискиллы в Риме, мозаика IV века с изображением Чудесного лова из церкви Святого Аполлинария в Риме, писаное изображение Благовещения из церкви Святой Марии в Риме, датируемое V веком); и многочисленные русские и греческие иконы Спасителя, Божией Матери и святых угодников, чудесно явленные и древлеписаные (все они подробно перечисляются в «Поморских ответах»); и древний чин принятия от ереси ияковитов, который, по свидетельству Константинопольского собора 1029 года, Греческая Церковь содержала ещё в XI веке: «Иже не крестит двема перстома, яко Христос, да будет проклят»; и древние книги — Иосифа, архимандрита Спасского Нового монастыря, келейный Псалтырь Кирилла Новоезерского, в греческом оригинале книги Никона Черногорца и прочие: «Аще кто не знаменуется двема персты, якоже Христос, да будет проклят»; и обычай Русской Церкви, принятый при Крещении Руси от греков и не прерывавшийся вплоть до времён патриарха Никона. Этот обычай был соборно подтверждён в Русской Церкви на Стоглавом соборе в 1551 году: «Аще кто двема персты не благословляет, якоже Христос, или не воображает двема персты крестнаго знамения; да будет проклят, якоже Святии Отцы рекоша». Кроме сказанного выше, свидетельством того, что двуперстное крестное знамение является преданием древней Вселенской Церкви (а не только Русской поместной), служит и текст греческой Кормчей, где написано следующее: «Древние христиане иначе слагали персты для изображения на себе креста, чем нынешние, то есть изображали его двумя перстами — средним и указательным, как говорит Пётр Дамаскин. Вся рука, говорит Пётр, означает единую ипостась Христа, а два перста — два естества Его». Что касается троеперстия, то ни в каких древних памятниках до сих пор не найдено ни одного свидетельства о нём.
2. Были отменены принятые в дораскольной Церкви земные поклоны, являющиеся несомненным церковным преданием, установленным Самим Христом, о чем есть свидетельство в Евангелии (Христос молился в Гефсиманском саду, «пад на лице Свое», то есть делал земные поклоны) и в святоотеческих творениях. Отмена земных поклонов была воспринята как возрождение древней ереси непоклонников, поскольку земные поклоны вообще и, в частности, совершаемые в Великий пост, являются видимым знаком почитания Бога и Его святых, а также видимым знаком глубокого покаяния. В предисловии к Псалтырю 1646 года издания говорилось: «Проклято бо есть сие, и с еретики отвержено таковое злочестие, еже не творити поклонов до земли, в молитвах наших к Богу, в церкви во уреченныя дни. Тако же о сем, и не не указахом от устава святых отец, зане во мнозех вкоренися таковое нечестие и ересь, еже коленное непрекланяние, во Святыи Великии пост, и не может убо слышати всяк благочестивый, иже соборныя церкви апостольския сын. Таковаго нечестия и ереси, ни же буди в нас таковое зло в православных, яко же глаголют святии отцы».
3. Трисоставный восьмиконечный крест, который издревле на Руси был главным символом православия, заменён двусоставным четырёхконечным, ассоциировавшимся в сознании православных людей с католическим учением и называвшимся «латинским (или ляцким) крыжом». После начала реформы восьмиконечный крест изгонялся из церкви. О ненависти к нему реформаторов говорит тот факт, что один из видных деятелей новой церкви — митрополит Димитрий Ростовский — называл его в своих сочинениях «брынским», или «раскольническим». Только с конца XIX века восьмиконечный крест начал постепенно возвращаться в новообрядческие церкви.
4. Молитвенный возглас — ангельская песнь «аллилуйя» — стал четвериться у никониан, поскольку они поют трижды «аллилуйя» и четвертое, равнозначное, «Слава Тебе, Боже». Тем самым нарушается священная троичность. При этом древняя «сугубая (то есть двойная) аллилуйя» была объявлена реформаторами «богомерзкою македониевой ересью».
5. В исповедании православной веры — Символе веры, молитве, перечисляющей основные догматы христианства, из слов «в Духа Святаго Господа истиннаго и животворящаго» изъято слово «истиннаго» и тем поставлена под сомнение истинность Третьего Лица Святой Троицы. Перевод слова «το Κύριον», стоящего в греческом оригинале Символа веры, может быть двояким: и «Господа», и «истиннаго». Старый перевод Символа включал в себя оба варианта, подчеркивая равночестность Святаго Духа с другими лицами Святой Троицы. И это нисколько не противоречит православному учению. Неоправданное же изъятие слова «истиннаго» разрушало симметрию, жертвуя смыслом ради буквального калькирования греческого текста. И это у многих вызвало справедливое возмущение. Из сочетания «рожденна, а не сотворенна» выброшен союз «а» — тот самый «аз», за который многие готовы были идти на костёр. Исключение «а» могло мыслиться как выражение сомнения в нетварной природе Христа. Вместо прежнего утверждения «Его же царствию несть (то есть нет) конца» введено «не будет конца», то есть бесконечность Царствия Божия оказывается отнесённой к будущему и тем самым ограниченной во времени. Изменения в Символе веры, освящённом многовековой историей, воспринимались особенно болезненно. И так было не только в России с её пресловутым «обрядоверием», «буквализмом» и «богословским невежеством». Здесь можно вспомнить классический пример из византийского богословия — историю с одной только изменённой «йотой», внесённой арианами в термин «единосущный» (греческое «омоусиос») и превратившей его в «подобосущный» (греческое «омиусиос»). Это искажало учение святого Афанасия Александрийского, закреплённое авторитетом Первого Никейского собора, о соотношении сущности Отца и Сына. Именно поэтому Вселенские соборы запретили под страхом анафемы любые, даже самые незначительные перемены в Символе веры.
6. В никоновских книгах было изменено само написание имени Христа: вместо прежнего Исус, встречающегося и у других славянских народов, было введено Иисус, причём единственно правильной была объявлена исключительно вторая форма, что возводилось новообрядческими богословами в догмат. Так, по кощунственному толкованию митрополита Димитрия Ростовского, дореформенное написание имени «Исус» в переводе якобы означает «равноухий», «чудовищное и ничего не значащее».
7. Была изменена форма Исусовой молитвы, имеющей по православному учению особую мистическую силу. Вместо слов «Господи, Исусе Христе, Сыне Божии, помилуй мя грешнаго» реформаторы постановили читать «Господи, Иисусе Христе, Боже наш, помилуй мя грешнаго». Исусова молитва в её дониконовском варианте считалась молитвой вселенской (универсальной) и вечной как основанная на евангельских текстах, как первое апостольское исповедание, на котором Исус Христос создал Свою Церковь. Она постепенно вошла во всеобщее употребление и даже в Устав церковный. Указания на неё есть у святого Ефрема, святого Исаака Сирина, святого Исихия, святых Варсонофия и Иоанна, святого Иоанна Лествичника. Святой Иоанн Златоуст говорит о ней так: «Умоляю вас, братие, никогда не нарушайте и не презирайте молитвы сей». Однако реформаторы выбросили эту молитву из всех богослужебных книг и под угрозой анафем воспретили её произносить «в церковном пении и в общих собраниях». Её стали называть потом «раскольнической».
