Вместе с тем сам иерусалимский патриарх допускал крайнюю вольность в отношении церковных таинств и обрядов. Он допускал такие поступки, которые явно свидетельствовали о заражённости греческой иерархии всевозможными латинскими заблуждениями. Так, возвращаясь из Москвы, Паисий остановился в Киеве, где торжественно отслужил литургию в присутствии Богдана Хмельницкого. Когда наступило время причастия, патриарх пригласил причаститься и малороссийского гетмана. Богдан Хмельницкий отказывался, говоря, что не был на исповеди. Тогда Паисий принародно разрешил его от всех грехов — как настоящих, так и будущих — и сказал: «Иди и причащайся». Затем он совершил ещё более дикий с точки зрения православного сознания поступок: повенчал Хмельницкого с бывшей наложницей его врага Чаплинского, хотя та не присутствовала в церкви, а была в другом городе — Чигирине. Вокруг аналоя Хмельницкому пришлось ходить с подсвечником вместо невесты…

В свите патриарха Паисия в Москву прибыл рекомендованный им в качестве переводчика и учителя знаменитый авантюрист Арсений Грек — личность весьма одиозная. Арсений родился около 1610 года: согласно одним источникам, в Солуни, по его же собственным словам — в турецком городе Трикале. Когда ему исполнилось 14 лет, старший брат его, архимандрит Афанасий, отвёз его в Венецию для обучения грамматике. Далее он продолжил своё обучение в иезуитской коллегии в Риме. Впоследствии, находясь в ссылке на Соловках, Арсений признался, что во время пребывания в папской столице он переменил веру, иначе бы его не приняли в римское училище. Позднее он в течение трёх лет обучался в Падуанском университете философским и врачебным наукам. Закончив своё обучение, Арсений вернулся на родину. Однако братья заподозрили его в отступничестве от православия, и тогда он торжественно проклял католическую веру и в 23 года принял монашество.

Некоторое время он был игуменом на острове Кяфе, затем жил у валахского воеводы Матвея и молдавского Василия. Прожив у последнего два года, Арсений отправился в Киевскую академию, которая пользовалась тогда громкой славой в качестве духовно-просветительского центра Юго-Западной Руси, надеясь получить преподавательское место, но по пути узнал, что туда не принимают без разрешения польского короля. Тогда он поехал в Варшаву. Здесь он был принят королём Владиславом IV и даже будто бы излечил его от каменной болезни, за что получил грамоту к киевскому митрополиту Сильвестру Коссову. В Киеве состоялось его знакомство с патриархом Иерусалимским Паисием, которому он очень понравился своим умом и разносторонним образованием. Патриарх взял Арсения в Москву и на время своего пребывания там зачислил в штат своей патриаршей свиты в качестве «патриаршего уставщика».

После отъезда Паисия из Москвы Арсений Грек остался здесь по приглашению царя Алексея Михайловича, «яко многим языком искусный», и даже занялся учительством. Однако вскоре его педагогическая деятельность неожиданно прервалась. На обратном пути через Киев и Валахию патриарх Паисий якобы узнал от местного населения такие нелестные для репутации Арсения отзывы, что счёл своим долгом с дороги сообщить об этом в Москву. «Еще да будет ведомо тебе, благочестивый царь, про Арсения, — доносил патриарх со слов малороссов и валахов, — что он… прежде был иноком и священником и сделался басурманом; потом бежал к ляхам и у них обратился в униата, — способен на всякое злое безделие: испытайте его добре и все это найдете…»

Получив донесение патриарха, царь велел князю Н.И. Одоевскому и думному дьяку М. Волошенинову провести допрос Арсения. Тот во всём запирался: «Католического сакрамента в Риме не принимал и не только в басурманстве, но и в униатстве не был». Однако когда князь Одоевский пригрозил телесным осмотром, Арсений сознался, что он действительно был обасурманен, то есть обрезан и обращён в ислам, неволею, но впоследствии принёс покаяние янинскому митрополиту и был им помазан миром. На следствии Арсения сравнили с «волком в овечьей шкуре». Суд приговорил сослать его на Соловки. Здесь он неожиданно возлюбил «русское благочестие», в течение трёх лет всячески старался расположить в свою пользу местных иноков, расхваливая русские обычаи и истово крестясь двуперстием. В результате соловецкие иноки отозвались о нём весьма одобрительно.

В 1652 году Никон, приехавший за мощами митрополита Филиппа на Соловки, освободит Арсения и возьмёт его с собой в Москву, где отведёт ему келью в собственном доме, поручит заведование патриаршей библиотекой и с 1654 года назначит справщиком Печатного двора и переводчиком богослужебных книг. Но недальновидный Никон пригрел на груди змею. Когда он потеряет власть и более уже не сможет с прежней щедростью оказывать Арсению свои милости, тот предаст его и, не задумываясь, перейдёт на сторону врагов бывшего патриарха.

В народе об Арсении Греке сложилось однозначное мнение: «Волхв, еретик, звездочетец, исполнен скверны и смрада езувитских ересей». Во время мора 1654 года в Москве люди говорили: «Во всём виноват патриарх, держит он ведомого еретика, старца Арсения, дал ему волю, велел ему быть у справки книг печатных, и тот чернец много книг перепортил, ведут нас к конечной погибели; а тот чернец за многие ереси вместо смерти сослан был в Соловецкий монастырь». Деятельность Арсения Грека возбудила ненависть к нему и среди московского духовенства. Так, в 1654 году Иоанн Неронов писал о нём царю из своего заточения: «Отнюдь не дерзати святых книг таковым переводити, ниже вручити, яко же оный лукавый чернец Арсений грек, о нем же патриарх иеросалимский Паисий писал к тебе из Путивля; а ныне он, Арсений, взят к Москве и живет у патриарха Никона в келии, да и его свидетеля врага поставляет, а древних великих мужей и святых чудотворцев свидетельств отметает. Ох! увы! благочестивый царю! стани добр, вонми плачу и молению твоих государевых богомольцев, — иностранных иноков, ересей вводителей, в совет не принимай».

Неронову вторит знаменитый соловецкий инок Епифаний, будущий соузник Аввакума по Пустозёрску: «Грех ради наших попустил Бог на престол патриаршеский наскочити Никону, предотече антихристову, он же, окаянный, вскоре посадил на Печатный двор врага Божия Арьсения, жидовина и грека, еретика, бывшаго у нас в Соловецком монастыре в заточении. И той Арсен, жидовин и грек, быв у нас в Соловках, сам про себя сказал отцу своему духовному Мартирию-священноиноку, что он в трех землях был и трою отрекался Христа, ища мудрости бесовския от врагов Божиих. И с сим Арсением, отметником и со врагом Христовым, Никон, враг же Христов, начаша они, враги Божии, в печатныя книги сеяти плевелы еретическия, проклятыя, и с теми злыми плевелами те книги новыя начаша посылати во всю Русскую землю на плач и на рыдание церквам Божиим, и на погибель душам человеческим».

В ярких апокалипсических образах рисует деятельность Арсения Грека протопоп Аввакум: «И сего еретика Арсения Никон привезши к Москве с собою из Соловецкаго монастыря, царю охвалил и стал ево у себя держать, яко подпазушную змию. Егда же учинился патриархом Никон, нападе на святую церковь, подобен оному зверю, его же Богослов видя восходящ от земля и имяше два рога, подобна агнчим, и глаголаше, яко змий; и область перваго зверя всю творяше пред ним, и творяше землю и вся живущая на ней поклонитися первому зверю, иже из моря исходяща. Кожа его, яко кожа рысья; уста его, яко уста Львова; ноги его, яко ноги медвежьи; зубы его, яко зубы железны; ногти его, яко медяны, раздирая церковныя законы и истневая и попирая вся догматы. И того невернаго раба и врага Божия Арсения приставил к книжной справе на печатной двор. И почали книги казить и всякия плевелы еретическия в книги печатать».

Судя по сохранившимся документам, Арсений в 1662 году вторично окажется в ссылке на Соловках и лишь в 1666 году, видимо не без заступничества восточных патриархов, будет освобождён по царскому указу. Далее след его теряется. Неизвестна даже дата его смерти. Единственное указание на обстоятельства его смерти содержится у диакона Феодора. Рассказывая о бесславной кончине большинства реформаторов, Феодор пишет: «Грек Арсений еретик, иже Никона в вере развратил и новыя книги преводил, той при смерти разседеся, глаголют, и умре зле».