Дела у преемника пошли довольно вяло. Впрочем, в том не его вина. В задачи Франклина входило сохранить союз с Францией в противовес Англии и способствовать развитию американской торговли с ведущими европейскими странами. Европейские государства, занятые своими проблемами, мало интересовались новым торговым партнером. На первых порах договор удалось подписать только со слабенькой Пруссией. Джефферсон утешал себя тем, что в случае войны американский флот сможет найти приют в прусских гаванях. Но вскоре эта страна отвергла договор. Было отчего прийти в уныние. Однако в 1789 году американский Конгресс одобрил посольскую деятельность Джефферсона и продлил его полномочия еще на три года. Но срок этот отбыть ему не довелось. Президент Вашингтон решил назначить его государственным секретарем.
В обязанности Джефферсона входило руководство внешнеполитической службой, проведение цензов, гарантирование патентов, наблюдение за работой федеральных служб, контроль над употреблением государственной печати, публикация законов, рассмотрение трений между штатами, определение границ между штатами и другое.
С первых же дней у Джефферсона стали складываться непростые отношения с главой департамента финансов и лидером федералистов А. Гамильтоном. Тот стремился превратить США в строго централизованную индустриальную державу. Сторонника «фермерской республики» и демократа Джефферсона это не устраивало.
Госсекретарь видел опасность как в крайней централизации, грозящей республике монархической формой правления, так и в чрезмерной самостоятельности отдельных штатов.
Главный конфликт между ними разразился по поводу создания национального банка. В конце концов Гамильтон победил. Конгресс утвердил представленный им законопроект, а Вашингтон подписал Закон об учреждении Банка Соединенных Штатов. В июле 1793 года Джефферсон подал в отставку. Он понимал, что этот факт означает негативное отношение большинства в правительстве к его курсу. Вашингтон просил его задержаться, поэтому только в январе следующего года госсекретарь оставил свой пост и покинул Филадельфию.
Томас направился в Монтиселло, где ждала его красавица дочь Мэри. Марта уже успела выйти замуж, подарить ему внука и жила по соседству. Отныне все внимание бывшего государственного деятеля заняли семейные и хозяйственные хлопоты. Он решил перестроить свой дом и намеревался создать лучшее хозяйство в Соединенных Штатах. В течение нескольких лет Джефферсон занимается проблемами улучшения своих полей и ферм. Но тут на его пути встало извечное проклятие Юга – рабство.
Ненавидевший рабство Джефферсон был очень мягким хозяином. Он боролся с телесными наказаниями, стимулировал труд рабов увеличением заработка. Но все это мешало ему в полной мере воспользоваться результатами рабского труда, который эффективен только при нещадной эксплуатации. Пытался хозяин Монтиселло заниматься и развитием ремесел. Он планировал производство поташа, потом создание гвоздильни и даже делал ключи, замки, цепи, строил мельницу.
Занятый всеми этими делами, Джефферсон, казалось, совсем отошел от политики. Но шло время, и жизнь сельского помещика постепенно стала надоедать. Томас чувствовал, что «домашнее заточение» негативно отражается на его разуме.
Еще в 1792 году вместе с противником политики Гамильтона Медисоном он организовал первую оппозиционную партию в истории Америки. Чтобы предостеречь от возврата монархии, ее стали называть республиканской. Во второй половине 90-х годов партия стала набирать силу. Республиканцы понимали, что только авторитет Вашингтона поддерживает федералистов и стоит тому уйти с поста президента, как республиканцы смогут рассчитывать на победу на выборах. Они стали искать лидера, который пользовался бы не меньшим, чем у Вашингтона, авторитетом, и нашли его в Джефферсоне. Автор Декларации независимости дал согласие баллотироваться на президентских выборах 1796 года.
Пожалуй, единственный в истории Соединенных Штатов кандидат в президенты не стал проявлять никакой активности. Он спокойно жил в Монтиселло, предоставив республиканцам заниматься предвыборной кампанией. И все же для победы над Джоном Адамсом ему не хватило всего четырех голосов. Второе место давало право на пост вице-президента.
В 1800 году Джефферсон вновь выдвинул свою кандидатуру на президентских выборах. На этот раз избирательную кампанию развернули с большим размахом. Была издана биография лидера республиканцев, а единомышленники вице-президента даже написали песню: «Джефферсон и свобода». 12 декабря 1800 года в Монтиселло прискакал гонец с запиской о победе.
С первых же дней новый президент нарушил введенные Вашингтоном традиции, согласно которым престиж президента поддерживался дистанцией между руководителем страны и народом, а также внешней пышностью церемониалов и быта. На церемонию введения в должность Джефферсон пришел пешком, в скромной одежде и без парика. Из обихода ушли вычурные обращения и остался только «мистер». Президент отказался от четверки лошадей с эскортом в ливреях. Он предпочитал выезжать верхом, но, правда, с охраной. Послания к Конгрессу перестали зачитываться им лично и просто направлялись по почте (эта традиция сохранялась вплоть до 1913 года). Частые застолья в его доме славились непринужденностью обстановки и интересными беседами. Даже свой день рождения президент хранил в тайне, чтобы избежать каких-либо церемоний, например бала по этому поводу, который давался при предыдущих правителях.
К числу достижений третьего президента следует отнести обеспечение выплаты национального долга, образовавшегося еще во время революции и предыдущего правления. Причем добиться этого удалось на фоне резкого уменьшения налогов путем строжайшей экономии федеральных расходов. В 1803 года Джефферсону удалось почти вдвое увеличить территорию Соединенных Штатов за счет покупки всего за 125 тыс. долларов Луизианы.
Успехи внешней и внутренней политики позволили автору Декларации независимости выдвинуть свою кандидатуру на выборах 1804 года и победить. В инаугурационном обращении он обещал американцам дальнейшее уменьшение налогов. Но на третий срок свою кандидатуру президент выдвигать не стал, считая это неделикатным по отношению к памяти Вашингтона. Новым президентом стал республиканец Медисон, то есть партия президента не утратила своего влияния.
Главное дело жизни Джефферсона закончилось. Он спокойно зажил в Монтиселло и почти не интересовался политикой. Соратники по партии звали его вернуться, в 1812 году предлагали вновь баллотироваться на президентских выборах. Он неизменно отказывался. Семья (у президента было одиннадцать внуков), хозяйство, обширная корреспонденция, чтение, научные изыскания – вот главные занятия последнего из «отцов-основателей» Соединенных Штатов в этот период.
В доме постоянно бывало множество посетителей. Хозяин Монтиселло имел наготове пятьдесят кроватей на случай, если гостей бывало очень много. С равным вниманием Джефферсон принимал у себя и Лафайета, и соседа-фермера, и партийного лидера. Посетителям показывалась галерея, где висела коллекция картин Рафаэля, Рубенса, Пуссена, других мастеров кисти. Постоянное общение не мешало научным занятиям. Джефферсон был известен своими работами по сравнительному анализу классификаций органического мира Линнея, Кювье и Блюменбаха, описанием и характеристикой американских и сибирских ископаемых, трудами по математике, стандартам мер и весов, языкознанию. Большую известность приобрели его критические заметки к философии Юма и Блекстона, разбор философии эпикурейцев. Не меньшим интересом пользовались коллекции американских редкостей, в том числе останки доисторических животных. В течение многих лет, вплоть до 1814 года, Джефферсон состоял президентом Американского философского общества (Академии наук). Единственный среди американцев, его современников, был избран во Французский институт (Академию наук). Среди иностранцев таких членов насчитывалось всего восемь человек.
И все же его деятельная натура требовала выхода на общественном поприще. Теперь появилось время для возобновления работы по созданию системы общественного просвещения. Главным итогом этой колоссальной работы стал созданный в 1819 году Виргинский университет. Джефферсон добился принятия закона о его основании, занимался архитектурным планированием, созданием системы обучения, изыскивал средства для строительства. В результате Виргиния, да и вся Америка, получила лучший по тем временам университет.
