21.11.1940 – закончила работу вторая комиссия по расследованию деятельности А.Г. Костикова. Она полностью подтвердила результаты работы первой комиссии (Протокол № 0165 от 21.11.1940). Решением этой комиссии главному инженеру НИИ3 А.Г. Костикову «за недостаточное техническое руководство отделами инта – объявить выговор и предупредить т. Костикова, что, если им до конца этого года не будет принято надлежащих мер к улучшению работы отделов, к нему будут применены суровые меры взыскания…».

29.11.1940 – назначен и.о. директора НИИ3. В этот день актив НИИ3 потребовал снятия А.Г. Костикова с занимаемой должности. Но вместо этого он был повышен.

26.12.1940 – А.Г. Костиков собирает ученый совет НИИ3 для представления пяти работ на соискание Сталинской премии, среди этих работ и наземная ПУ (БМ13), и реактивное оружие залповой стрельбы для авиации, которое уже было применено в борьбе с японцами. Через несколько дней нарком боеприпасов И.П. Сергеев вычеркнул эту работу из списка соискателей, т. к. разгадал замысел А.Г. Костикова в нужный момент (когда его выгоняли с работы) стать лауреатом Сталинской премии.

1941 – в качестве и.о. директора НИИ3 «проспал разработку» снаряда М13 в Институте. Снаряд разрабатывался без его ведома и без его указания. Принимал участие в работах по усовершенствованию снаряда РБС82; усовершенствованию снаряда РБС132 (разработка обоих видов снарядов была начата под руководством Г.Э. Лангемака и продолжена под руководством Ю.А. Победоносцева и Л.Э. Шварца); созданию снаряда М14 конструкции

В.А. Артемьева и Л.Э. Шварца; созданию наземной пусковой установки с поперечными направляющими для снарядов РХС132 (на вооружение принята не была); созданию наземной пусковой установки с продольными направляющими для снарядов М13 (конструкции обеих установок разрабатывали И.И. Гвай, Попов, В.Н. Галковский, Павленко и др.).

07.01.1941 – нарком боеприпасов И.П. Сергеев подписал приказ об увольнении А.Г. Костикова из Института.

11.04.1941 – присвоена ученая степень «кандидат технических наук» без защиты диссертации (за ряд теоретических и экспериментальных исследований и работ конструкции специального назначения, якобы разработанных под его руководством) (Приказ ВАК № 1/14 от 11 апреля 1941). В тот же день присвоено ученое звание «старший научный сотрудник» по реактивной технике (за ряд теоретических и экспериментальных исследований и работ конструкции специального назначения, якобы разработанных под его руководством) (Приказ ВАК № 1/14 от 11 апреля 1941).

04.1941 – новый директор НИИ3 Н.А. Монаков хотел обнародовать приказ и выгнать А.Г. Костикова с работы, однако присвоение ученых степеней и поспешное увольнение Н.А. Монакова из Института остановили это увольнение.

17.06.1941 – на одном из подмосковных полигонов (Нахабино) были проведены стрельбы реактивными снарядами из семи пусковых установок, изготовленных мастерскими НИИ3 в конце 1940 г. На стрельбах присутствовали: С.К. Тимошенко, Д.Ф. Устинов, Г.К. Жуков, Б.Л. Ванников; из сотрудников НИИ3 – А.Г. Костиков, Л.Э. Шварц, А.П. Павленко, А.С. Попов. Руководила стрельбами инженериспытатель полигона А.М. Чувашева. По результатам стрельб оружию была дана высокая оценка.

21.07.1941 – правительство приняло решение о развертывании серийного производства реактивных снарядов М13 и машин БМ13, а также о начале формирования частей реактивной артиллерии.

07.1941 – новый нарком боеприпасов П.Н. Горемыкин считал нужным наказать А.Г. Костикова в соответствии с резолюцией, выказанной партийным собранием НИИ3. Исходя из этого, он заготовил приказ о снятии А.Г. Костикова с должности главного инженера НИИ3 и решил получить на нем визу Маленкова. Однако Указ о присвоении звания Героя Социалистического Труда спутал все планы наркома.

28.07.1941 – встреча с Генеральным секретарем ЦК ВКП(б) И.В. Сталиным.

28.07.1941 – Указом Президиума Верховного Совета СССР «за выдающиеся заслуги в деле изобретения и конструирования одного из видов вооружения, поднимающего боевую мощь Красной Армии» (за реактивный миномет «катюша»), присвоено звание Героя Социалистического Труда. С вручением ордена Ленина и Золотой медали «Серп и Молот» № 13.

08.1941 – сдает в фонд обороны денежную премию в размере 25 000 рублей, полученную им за звание Героя Социалистического Труда.

10.1941 – А.Г. Костиков решил «прославиться», подготовив двигатель от ракеты РДД604 (конструкции Л.С. Душкина) к испытанию. Такой опытный двигатель сначала должен был работать как твердотопливный, а затем на азотной кислоте и керосине. Он был изготовлен в мастерских НИИ3 без консультаций со специалистами по твердотопливным ракетам. Результатом испытаний двигателя был взрыв огромной силы, уничтоживший испытательный стенд на полигоне. После аварии состоялось партийное собрание, где Н.С. Буторин, Л.Э. Шварц и другие сотрудники обвинили А.Г. Костикова в технической безграмотности и неумении руководить. Была принята резолюция обратиться в наркомат боеприпасов с предложением об освобождении А.Г. Костикова от занимаемой должности.

1941 – до получения указания из райкома партии Тимирязевского района об эвакуации НИИ3 первым эвакуировался Костиков. Недалеко от Москвы, ввиду сильной бомбежки, шофер, везший Костикова с супругой, отказался вести машину. Однако А.Г. Костиков приказал продолжить путь, пригрозив тем, что иначе его расстреляет. Не испугавшись угрозы, водитель ответил, что А.Г. Костиков сам умеет водить машину, вот пусть садится и едет дальше, а он пешком вернется к своей семье. Вернувшись в Институт, шофер рассказал эту историю. Ввиду поспешного бегства А.Г. Костикова, его соратники А.С. Душкин и бывшая руководительница светокопии Н. Сидорова утверждали, что А.Г. Костикову было дано срочное указание отправиться в Куйбышев.

15.10.1941 – согласно Постановлению СНК СССР в числе других главный конструкторов вооружения и военной техники был эвакуирован в Свердловск.

10.04.1942 – «за выдающиеся изобретения» присуждена Сталинская премия 1й степени.

04.1942 – принимал участие в конференции по модернизации станков, проходившей под бомбежками в г. Горьком.

16.06.1942 – А.Г. Костиков пишет И.В. Сталину письмо с предложением о начале разработки перехватчика «302», обещая его сделать в нереально короткие сроки.

15.07.1942 – НИИ3 НКБ преобразован в Государственный институт реактивной техники и был подчинен непосредственно СНК СССР. Директором и главным конструктором института назначен А.Г. Костиков (Постановление № ГОКО22046 от 15.07.1942).

25.07.1942 – Постановлением СНК СССР присвоено персональное воинское звание «генералмайор инженерноавиационной службы».

1943–1944 – был одним из редакторов трудов Научноисследовательского ордена Красной Звезды института при Совнаркоме СССР.