Когда следствие по делу дворянских революционеров стало подходить к концу, подготовка судебного процесса над ними активизировалась. К началу мая 1826 года Сперанским был написан новый проект Манифеста о Верховном уголовном суде. Тогда же Михайло Михайлович составил и проект указа Сенату о составе суда, «Дополнительные статьи обряда в заседаниях Верховного уголовного суда», приложения к последним и ряд других документов. Разрабатывая порядок деятельности Верховного уголовного суда, он тщательно изучил материалы политических процессов времен Екатерины II: по делу Мировича (1764 года), делу Пугачева (1775 года), делу о Московском бунте (1771 года). Вместе с тем целый ряд норм Сперанский разработал сам, независимо от предшествующего опыта, ориентируясь исключительно на главную цель затеянного императором судилища — строгое наказание выступивших против самодержавия дворян.

В середине мая государь ознакомился с созданными Сперанским документами и одобрил их. 30 мая следствие по делу декабристов завершилось. Составленное по его материалам «Донесение» было зачитано на специальном заседании Следственного комитета императору Николаю и приглашенным для прослушивания некоторым высшим сановникам. Среди последних был и Сперанский. Утром 1 июня в доме князя А. Б. Куракина состоялось совещание главных действующих лиц судилища над декабристами. В нем участвовали будущий председатель Верховного уголовного суда князь П. В. Лопухин, его заместитель князь А. Б. Куракин, министр юстиции Д. И. Лобанов-Ростовский и М. М. Сперанский. Михайло Михайлович ознакомил собравшихся с бумагами по Верховному суду. Сразу после совещания им был написан отчет.

Грустное впечатление производит приведенная записка Сперанского, особенно последние ее строки. Верховный уголовный суд еще не приступил к работе, а один из его членов, причем тот, кто хорошо знал обвиняемых, ценил их ум и образованность, кто разделял многие их идеи, уже предрешал вынесение смертного приговора и беспокоился о том, чтобы в состав суда не вошли те, кто попытается этот приговор смягчить.

В тот же день, то есть 1 июня 1826 года, император Николай подписал Манифест об учреждении Верховного уголовного суда над декабристами, указ Сенату о составе суда и утвердил ряд других документов, регламентировавших судебный процесс. В состав суда вошло 72 человека: 18 — члены Госсовета, 36 — члены Сената, 3 — члены Синода, 15 — высшие военные и гражданские чины. В числе членов Госсовета, вошедших в состав суда, были Мордвинов и Сперанский.

По решению императора Николая уголовному суду предавался 121 декабрист. На судебные заседания обвиняемые не допускались. Судьи ограничились чтением записок о «силе вины» подсудимых. Для удостоверения подлинности материалов, представленных следственным комитетом, была создана Ревизионная комиссия. В течение двух дней, 8–9 июня, она опросила всех декабристов на предмет того, подтверждают ли они свои показания, данные на следствии. В знак согласия каждый из спрашиваемых ставил свою подпись. 10 июня Верховный суд избрал комиссию «для установления разрядов степеней виновности государственных злоумышленников». В число членов Разрядной комиссии избран был и Сперанский. Председателем ее император Николай назначил графа П. А. Толстого, однако главным рычагом данного органа фактически стал Сперанский. Именно он проделал основную работу по классификации преступлений, распределению обвиняемых по разрядам, определению им наказаний и т. п.

Дочь Сперанского вспоминала впоследствии об июне 1826 года как самой тяжелой в душевной жизни ее отца поре. По ее словам, Михайло Михайлович испытывал во все время процесса над декабристами невообразимые муки сердца, глаза его источали беспросветную печаль, и часто можно было видеть, как в них стояли слезы. Он порывался несколько раз совсем оставить службу, но какая-то сила все останавливала его. Что же, можно назвать эту силу: в нем окончательно победил чиновник.Именно чиновникстал определять его поведение.

Если бы в судилище над декабристами Сперанский был просто творцом юридических документов судебного процесса, его поведение не вызывало бы слишком больших нареканий. Сановники, вошедшие в состав Разрядной комиссии, не отличались умом и были на редкость жестокосердны. При таких условиях, не будь Сперанского, судебный приговор оказался бы наверняка бестолковым и жестоким. Сперанский придал приговору над декабристами более утонченный вид. А для взошедшего на эшафот и положившего голову на плаху тот, кто заточил острее топор, безусловно, великий благодетель! Но Сперанский являлся в процессе над декабристами не просто «точильщиком топора» — творцом юридических форм. Он был в этом чрезвычайно важном для императора Николая деле проводником воли его величества, причем необыкновенно умелым. Вряд ли кто другой из сановников мог бы выполнить данную роль искуснее Сперанского. Его образованность и ум позволили императору Николаю руководить действиями суда, почти целиком оставаясь в тени. Общие указания государя Сперанский умело переводил на язык конкретных инструкций. Так, он расписывал председателю суда князю Лопухину вопросы, которые тот должен был предлагать в судебных заседаниях, составлял тексты тех распоряжений, которые председатель обязан был сделать. Вся деятельность суда проходила в строгом соответствии с программой, составленной опять-таки Сперанским. В ней предусмотрено было все, вплоть до самых мелких деталей судебных заседаний. Конкретно указывалось, что, в какой день и даже какой час должен был делать суд. Когда в ходе процесса возникали ситуации, не предусмотренные предварительными инструкциями, Сперанский немедленно брался составлять для председателя суда указания по их разрешению.

С 28 июня в работе Верховного уголовного суда начинался новый этап, на котором предстояло определить обвиняемым конкретные наказания и составить приговоры. И на этом этапе, когда уж все, казалось, было ясно, когда в распоряжении членов суда имелось донесение Разрядной комиссии и тому подобное, председатель суда не остался без дополнительных инструкций. 27 июня князь П. В. Лопухин получил от Сперанского следующую записку: «Завтра начнутся заседания суда. Дозвольте мне завтра утром в 8 часов быть у вас, чтобы представить вам словесно все нужные по сему предмету объяснения».

Как известно, по приговорам Верховного суда 36 декабристам была назначена смертная казнь, 19 — пожизненная каторга, 40 — каторжные работы от 4 до 20 лет с последующим пожизненным поселением в Сибири, 18 — пожизненная ссылка в Сибирь и 9 — разжалование в солдаты. Император Николай смягчил приговоры, оставив смертную казнь лишь для пяти подсудимых, не вошедших в разряды (П. Пестеля, К. Рылеева, С. Муравьева-Апостола, М. Бестужева-Рюмина и П. Каховского).

Надлежало определить род казни. 10 июля 1826 года к председателю Верховного суда князю Лопухину поступила записка от начальника Главного штаба И. И. Дибича: «Милостивый государь, князь Петр Васильевич. В Высочайшем указе о государственных преступниках на доклад Верховного уголовного суда, в сей день состоявшемся, между прочим, в статье 13-й, сказано, что преступники, кои по особенной тяжести их злодеяний не включены в разряды и стоят вне сравнения, предаются решению Верховного уголовного суда и тому окончательному постановлению, какое о них в сем суде состоится. На случай сомнения о виде их казни, какая сим судом преступникам определена быть может, Государь Император повелеть мне соизволил предварить вашу светлость, что Его Величество никак не соизволяет не токмо на четвертование, яко казнь мучительную, но и на расстреляние, как казнь, одним воинским преступлениям свойственную, ни даже на простое отсечение головы и, словом, ни на какую смертную казнь, с пролитием крови сопряженную». Как видим, записка прямо намекает на тот род казни, который хотел для декабристов император Николай, — это было повешение. В архиве сохранился черновик приведенной записки за подписью Дибича — он писан рукою… Сперанского!