Николай I оказался в положении, когда без гласности в деле декабристов обойтись было уже невозможно. События 14 декабря 1825 года стали широко известны не только в России, но и в Европе. В результате их произведены были массовые аресты. Потому-то новому императору ничего не оставалось делать, как пойти на организацию следствия и суда в формах, хотя бы внешне соответствовавших действующему законодательству. Подавление открытого выступления дворян-революционеров в Петербурге, а позднее и восстания на юге, не означало еще полного их поражения. Победить окончательно и бесповоротно движение, имевшее свою идеологию, возможно было лишь посредством развенчания его в общественном мнении. А для этого необходимы были следствие и уголовный процесс над декабристами.
Допросы арестованных начались уже вечером 14 декабря. Спустя три дня указом от 17 декабря 1825 года император Николай учредил «Тайный комитет для изыскания соучастников злоумышленного общества, открывшегося 14 декабря 1825 года». (14 января Николай распорядился следственный комитет «тайным не называть».) В состав названного комитета были назначены одни генералы. Единственное исключение составлял А. Н. Голицын. Вошел в следственный комитет и младший брат Николая великий князь Михаил, тоже генерал. Не удивительно, что председателем комитета стал военный министр А. И. Татищев. Для всех этих людей не составляло большого труда ведение следствия, но они не могли порученное им дело подобающим образом оформить. А ведь надо было еще организовать суд, подобрать соответствующие юридические нормы, разбить обвиняемых на разряды, квалифицировать их действия и т. д. Затеяв процесс по делу декабристов, Николай I столкнулся с острой проблемой: ему оказались необходимы не просто исполнители его воли, но образованные, сведущие в законодательстве люди. Для следственного комитета такое лицо нашлось — задачу оформления следственных дел взял на себя способный чиновник А. Д. Боровков. Оставалось найти человека, который бы мог оформить судебные дела декабристов, — задача несравненно сложнее первой.
Есть основания полагать, что на эту роль император Николай с самого начала планировал Сперанского. Он поручил ему написать Манифест о событиях 14 декабря 1825 года. Спустя месяц, в январе 1826 года, его величество направил на редакцию к Сперанскому проект Манифеста об учреждении суда над декабристами. Возвращая государю отредактированный проект, Сперанский приложил к нему записку, в которой убеждал его «отложить сей проект до того времени, как дело созреет до суда».
Сперанский охотно пошел на сотрудничество с Николаем I в деле расправы над декабристами: он не просто исполнил возложенное на него императором поручение, но проявил при этом инициативу. Думается, это не случайно. С новым государем Михайло Михайлович связывал надежды на новое возвышение. Служивший при нем Г. С. Батеньков вспоминал впоследствии о том, как утром 13 декабря 1825 года вошел в кабинет Сперанского вслед за его дочерью. «Лиза, тебе надобно снять свой траур», — услышал он голос Сперанского. «Разве государь приехал?» — удивилась дочь. «Государь здесь», — сказал Сперанский. «Николай Павлович, не правда ли?» — «Точно так, надобно вас поздравить». — «Я не знаю, как господа мужчины, — прореагировала Елизавета Михайловна, — а мы, женщины, сему чрезмерно рады». — «И мы рады, — подхватил Сперанский, — это человек необыкновенный. По первому приему он обещает нового Петра». В то время Михайло Михайлович совсем не предполагал, что его отношения с императором Николаем окажутся ненамного проще тех, что были у него с императором Александром.
К допросам декабристов следственный комитет приступил 23 декабря. И именно с этого дня в показаниях подследственных замелькало имя Сперанского. Подпоручик А. Н. Андреев сказал на допросе генерал-адъютанту Левашову: «Надежда общества была основана на пособии Совета и Сената, и мне называли членов первого — господ Мордвиноваи Сперанского,готовых воспользоваться случаем, буде мы оный изыщем. Господин же Рылеевуверял меня, что сии государственные члены извещены о нашем обществе и намерении и оное одабривают». Впоследствии на очной ставке с Рылеевым Андреев откажется от этих слов, но подозрение в связях с мятежниками уже легло на Сперанского.
24 декабря имя Сперанского фигурировало в показаниях Рылеева. На следующий день о нем говорил Каховский, затем — Трубецкой. 30 декабря состоялось 14-е заседание «Тайного комитета». Журнал этого заседания среди разного рода сведений отразил следующее: «Допрашиваем был лейб-гвардии Гренадерского полка поручик Сутгоф, который, между прочим, показал, будто Каховский сказал ему, что Батеньков связывает общество с Сперанским и что генерал Ермолов знает об обществе». 2 января Батенькова спросили, что он может сказать по поводу данных показаний Сутгофа. Гавриил Степанович ответил: «Чтобы я связывал общество с господином Сперанским и чтоб оно было с ним чрез меня в сношении — сие есть такая клевета, к которой ни малейшего повода и придумать я не могу… С г. Сперанским, как с начальником моим и благодетелем, я никогда не осмеливался рассуждать ни о чем, выходящем из круга служебных или семейных дел».
В течение трех дней — 2, 3, 4 января — «Тайный комитет» стремился выяснить подробности пребывания у Сперанского в ночь с 13 на 14 декабря Батенькова, Краснокутского и Корниловича. Батеньков заявил, что не был тогда у Сперанского, и это подтвердили его товарищи. И Красно-кутский, и Корнилович согласились, что были у Сперанского, но не в ночь с 13-е на 14-е, а с шести до семи часов вечера 13 декабря. По их словам, приходили они «просто с визитом», провели все время в гостиной, где находились зять Сперанского, его дочь, какой-то офицер артиллерии и еще кое-кто. Сам Сперанский «вышел из своего кабинета на четверть часа» и вскоре ушел.
Во время допросов арестованных следственному комитету удалось установить, что Сперанский планировался декабристами, наряду с Мордвиновым, в состав Временного правительства. 4 января Рылеев прямо заявил следователям: «Признаюсь, я думал, что Сперанский не откажется занять место во временном правительстве. Это основывал я на его любви к отечеству и на словах Батенькова, который мне однажды сказал: "Во временное правительство надо назначить людей известных". И когда я ему на это сказал, что мы думаем назначить Мордвинова и Сперанского, то он сказал: "Хорошо"». Декабрист М. Ф. Митьков также показал на допросе, что «неоднократно слышал, что общество считало на подпору г-на Мордвинова и Сперанского».
Более всего оснований для предположения о причастности Сперанского к делу декабристов давали его тесные взаимоотношения с Г. С. Батеньковым. Гавриил Степанович повстречался Михаиле Михайловичу в Сибири, где был управляющим десятым округом путей сообщения, и с первого же знакомства произвел на него чрезвычайно благоприятное впечатление как умом своим, так и познаниями. Михайло Михайлович не преминул воспользоваться его помощью в разработке различных проектов по переустройству управления Сибирью и в последующем взял его с собой в Петербург для работы в Сибирском комитете. Батеньков даже поселился в доме Сперанского. Еще в сентябре 1819 года он писал своим друзьям, что Сперанский с первого свидания полюбил его и привык ежедневно с ним работать. «Я в таких теперь к нему отношениях, — сообщал будущий декабрист, — что могу говорить все как бы другу и не помнить о великом различии наших достоинств». Вряд ли можно сомневаться в том, что и свое вступление в тайное революционное общество Батеньков не скрыл от своего старшего, умудренного опытом друга.
Все эти факты вызывали у императора Николая серьезную тревогу. Он был заинтересован поэтому в том, чтобы следствие по ним продолжалось. Но, с другой стороны, новый государь не желал здесь гласности, поскольку не только участие в заговоре, но уже одно присутствие известных своим умом сановников — членов Государственного совета — в планах восставших дворян подрывало навязывавшуюся им русскому обществу и загранице версию о том, что эти люди были всего лишь кучкой отщепенцев, безнравственных по своим устремлениям, одиноких и не пользовавшихся никакой поддержкой в обществе. Выход из данного противоречия император легко нашел: он распорядился придать дальнейшему следствию по делу Сперанского и Мордвинова секретный характер. Дело это было выведено за рамки следственного комитета и сосредоточено в руках доверенного лица императора Николая А. X. Бенкендорфа. Делопроизводителем же секретного следствия оставлен был Боровков. Позднее в своих автобиографических записках он особо отмечал, что изыскание по делам членов Государственного совета Мордвинова, Сперанского, а также генерала Киселева и сенатора Баранова «было произведено с такою тайною, что даже чиновники Комитета не знали; я сам собственноручно писал производство и хранил у себя отдельно, не вводя в общее дело».