По правую сторону от алтаря стоят два понтифика в митрах и парадных одеяниях: Анаклет, третий после Петра папа римский, и Иннокентий III. Между ними святой Августин с книгой в руках что-то вещает, а сидящий на ступени в светлом плаще юноша торопливо записывает его слова. Здесь же Отцы Церкви — Фома Аквинский, Амвросий и Бонавентура.
Особенно живо и выразительно написаны персонажи слева от алтаря на фоне пейзажа с воздвигаемым строением — намёк на строящийся собор Святого Петра. Считается, что смотрящий на увлечённых чтением людей благообразный старец — это живописец Беато Анджелико. А вот старику, прислонившему книгу к парапету, приданы черты Браманте. Он что-то тщится доказать окружающим его людям, заглядывающим в раскрытую книгу. С ним не согласен удаляющийся к алтарю златокудрый юноша в розовой тунике и бирюзовом плаще, написанный в мягкой леонардовской манере. Чуть выше спиной к зрителю рядом с преклонившими колена юнцами стоит учёный муж, задрапированный в голубой паллиум. Он задумчиво глядит на алтарь и указывает рукой на лежащие книги у его подножия, словно олицетворяя собой греко-римский мир, который принимает христианство.
В колоритной толпе справа от алтаря узнаваем Данте, увенчанный лавровым венком, и рядом фигура монаха, чьё лицо закрыто капюшоном. По-видимому, это отлучённый от Церкви Савонарола, о котором Рафаэль так много слышал во Флоренции. Он не побоялся изобразить опального проповедника на фреске, вероятно, потому, что уже велись разговоры о возможной его канонизации, о чём поведал папский датарий Турини, любивший посидеть у друга в мастерской, наблюдая за его работой. Небезынтересно отметить, что в мрачную эпоху Контрреформации с её угрюмой подозрительностью, когда церковные мракобесы подняли голову и ожесточились против любой формы ереси, на одной гравюре, выполненной в 1552 году, фреска «Диспут» неожиданно обрела более ортодоксальный смысл, и из неё исчезла фигура монаха в клобуке. Это неудивительно, поскольку к тому времени после решений Тридентского вселенского собора, объявившего войну протестантам и инакомыслящим, потребовавшего даже «приодеть» персонажей на фреске «Страшный суд» Микеланджело, имя и труды Савонаролы попали в пресловутый Индекс запрещённых книг.
Давление заказчика чувствуется и в росписи торцевой стены зала с оконным проёмом, посвящённой Правосудию. На своде люнета с аллегорической женской фигурой Правосудия, поднявшей одной рукой над головой меч, а в другой держащей весы. Четверо путти удерживают надпись из того же Кодекса Юстиниана, которая гласит: lus suum unicuique tribuit(«справедливость воздаётся каждому»). Чуть ниже на самой стене над окном Рафаэль поместил три аллегорические женские фигуры в окружении пяти резвящихся путти. Со шлемом на голове Сила гладит рукой приручённого льва и держит развесистую дубовую ветвь — прямой намёк на папу Юлия из рода делла Ровере. Сидящая на возвышении в центре Мудрость, как двуликий Янус, изображена с женским и мужским бородатым профилем, а написанная правее Умеренность держит обеими руками длинные вожжи для обуздания страстей. Под этой полукруглой картиной две основополагающие композиции: «Основание гражданского права», на которой император Юстиниан получает от римского юриста Трибония книгу законов, то есть Пандекты, и «Основание канонического права» с портретом Юлия II в образе папы Григория IX, утверждающего свод церковных законов или декреталий. В то время папа Юлий отпустил длинную бороду, столь несвойственную римским понтификам, и громогласно объявил, что не сбреет её, пока «не освободит Италию от варваров». Он впервые тогда назвал «варварами» чужеземных захватчиков. Рядом с папой кардиналы Медичи и Риарио.
С изображением Григория IX связана одна прелюбопытная история. Как-то перед отъездом в очередной военный поход папа вместе со свитой неожиданно нагрянул в зал, куда и ранее часто наведывался. На сей раз настроение у него было не из лучших. Его внимание привлекло изображение у окна бородатого старца в папской тиаре рядом с фреской «Диспут».
— Неужели я выгляжу таким дряхлым? — недовольно обратился он к растерявшейся свите, а та не знала, что на это сказать.
Наступило тягостное молчание — вопрос папы остался без ответа. Тогда, появившись из-за спин кардиналов и придворных, Рафаэль скромно вышел вперёд и взял слово, чтобы нарушить затянувшуюся паузу.
— Ваше Святейшество, перед вами воображаемый образ Григория IX. Немудрено, что своим недюжинным умом и великими деяниями он так напоминает вас. Не правда ли?
В его голосе прозвучала такая подкупающая искренность, что все разом оживились и заулыбались. Слова художника вполне удовлетворили присутствующих, но не Юлия II, несколько опешившего от такого ответа. Однако его раздражительность как рукой сняло.
— И всё же, — сказал он, покидая зал, — хочу иметь портрет, на котором буду походить только на самого себя и ни на кого более.
О находчивости Рафаэля ещё долго рассказывали в кулуарах дворца и римских салонах, а Браманте окончательно убедился, что ещё недавно робко представший перед ним молодой земляк больше не нуждается в его опеке и способен выкрутиться из любого затруднительного положения благодаря природной смекалке, чему мог бы позавидовать даже его друг Кастильоне, преуспевший в таких делах.
Несмотря на неожиданный казус, Юлий II остался доволен всем увиденным, ибо это отвечало его идеологическим и политическим интересам, о чём Рафаэль, по правде говоря, не особо задумывался, хотя обстоятельства вынуждали порой подчиняться диктату. От монсеньора де Грассиса ему стало известно, что, посетив остальные залы, где группа художников вовсю трудилась над росписями, папа остался недоволен их работой и приказал замазать написанное, чтобы освободить место для приглашённого молодого мастера, к которому он проникся отцовской симпатией. Перечить ему никто из художников, чьи труды пошли насмарку, не посмел. Беда только в том, что услужливые исполнители папской воли под шумок замазали даже одну из фресок Пьеро делла Франческа и росписи других мастеров Кватроченто.
Распоряжение папы особенно огорчило старого Перуджино, для которого это была последняя попытка повторить свой прежний римский успех, но опять дорогу ему перебежал молодой урбинец, которого многие считали его учеником, хотя сам он пока не уяснил для себя, считать ли Рафаэля своим воспитанником и гордиться ли этим. Не успев объявиться здесь, урбинец стал любимчиком папского двора, а в римских салонах о нём давно велись разговоры как о новой восходящей звезде на итальянском небосклоне. Осознав, что ему не одолеть Браманте, всесильного покровителя прыткого Рафаэля, Перуджино вернулся во Флоренцию. Работавший с ним загадочный Лоренцо Лотто молча покинул Рим и поначалу обосновался в Бергамо, а затем осел в глухой провинции неподалёку от Лорето в области Марке. Задетый за живое завистливый Пинтуриккьо вернулся в Сиену, где успокоился наконец и обзавёлся семьёй. Исчезли миланец Брамантино и немец Руйш, работавшие в одном из залов, чьё искусство также оказалось невостребованным.
Так получилось, что помимо Станцы делла Сеньятура перед Рафаэлем встала нелёгкая задача расписать освобождённые для него по приказу папы ещё три зала. Объём работы намного возрос, равно как и возросла ответственность. Но это его не обескуражило. Им владела только одна мысль: как всем выделенным залам придать парадность и торжественную монументальность в абсолютной гармонии живописи с архитектурой, подчинив росписи единому замыслу. Это было для него самым главным. В конце концов с этой задачей он успешно справился. Забегая вперёд можно с полным правом утверждать, что ему удалось три сравнительно небольших и плохо освещённых зала (в четвёртом, самом большом, работали ученики по его эскизам) превратить в просторное парадное пространство, полное света и населённое величественными образами умных, красивых и в большинстве своём добрых людей как отражение всего мироздания.
У любого, кто оказывается там, создаётся впечатление, что на фресках Рафаэля потолки, стены и обволакивающий их воздух — всё насыщено величием духа человека, а это достигается благодаря безупречному чувству ритма и пропорций, которое у него было сильно развито. Начало римского периода ознаменовалось появлением поистине впечатляющих своими размерами и многофигурной яркой композицией фресок в Ватиканском дворце.