"Лютцов" как раз завершал отворот, который Тиле предпринял — на всякий случай — после донесения из радиолокационного поста, когда торпеда взорвалась в кормовой части, в рулевом отсеке. Руль заклинило в положении 20 градусов на правый борт. Все три задних отсека (с 1 по 3), немедленно заполнились водой. 15 моряков из кормовых отсеков погибли. Лишенная какой-либо конструктивной подводной защиты корма надломилась как раз ниже «ступеньки» полубака и повисла под заметным углом к остальному корпусу. К счастью для немцев, валы и винты остались неповрежденными, но об использовании рулей не могло быть и речи. Хотя все дизели вынесли удар и находились в работоспособном состоянии, дать ход с полуоторванной кормой означало риск ее окончательной потери. "Карманный линкор" застыл в 10 милях к северо-востоку от Скагена, постепенно заполняясь водой. Через 2 часа он принял ее свыше 1300 т, а осадка кормой составила 12 м.
Быстро оценив обстановку, Тиле послал краткую радиограмму: "Немедленно требуется помощь буксиров. «Лютцов». Действия команды свелись к подкреплению передней переборки отсека IV, который оказался затопленным через 15 минут после атаки. Кроме того, последовал приказ выбрасывать за борт снаряды и заряды из кормового погреба главного калибра, что, конечно, не могло быть быстро исполнено даже днем. Остальные матросы и офицеры заняли боевые посты в ожидании повторных действий английских подводников.
Близость "своих стен" несомненно спасла «Лютцов». Командование группы «Ост» (в зоне ответственности которой в данный момент находился корабль), выслало целый флот: 5 миноносцев и по флотилии охотников за ПЛ и торпедных катеров, не говоря уже о буксирах и тральщиках. Около 5.00 первые суда этой армады начали подходить к поврежденному «карманнику», положение которого несколько улучшилось после перекачки остатков нефти в расположенные в передней части корпуса цистерны. Три тральщика «присосались» к «Лютцову», но засвежевшее волнение позволило развить скорость всего в 4,5 узла. Подошедший в середине следующего дня датский буксир «Гарм» с немецкой командой позволил сменить неприспособленные к «делу» тральщики. Утром 12 апреля к нему присоединились еще два «скандинава» — «Нордер» и «Тор». Спасательная операция продолжалась почти двое суток; только поздно вечером 14 апреля буксирам удалось дотащить "карманный линкор" до причала "Дойче Верке" в Киле. При буксировке «Лютцов» неоднократно садился на мель, но, в отличие от его «однофамильца» времен Первой мировой войны, все-таки уцелел.
При подробном исследовании повреждения оправдали самые худшие опасения. Корма фактически полностью оторвалась, броневая палуба изогнулась, все помещения ниже ватерлинии представляли собой груду искореженного металла. 8 августа корабль даже временно вывели из состава действующего флота, оставив на нем только расчеты зенитной артиллерии и небольшое число ключевого персонала. Длительный ремонт, занявший более полугода, завершился лишь 31 мая 1941 года. В ходе работ «Лютцов» получил новую корму, винты, валы, руль, а также дополнительную платформу для радиолокационного оборудования на передней мачте. Он опять сменил командира, которым стал теперь капитан цур зее Лео Крайш. В это время из своего очень успешного рейда вернулся "Адмирал Шеер", и командование предполагало использовать оба «карманника» для повторной операции. Однако гибель «Бисмарка» в конце мая поставила на проекте жирный вопрос. Главные силы Кригсмарине оказались рассеченными надвое: в Бресте остались «Шарнхорст», "Гнейзенау" и напарник «Бисмарка» "Принц Ойген", тогда как к «броненосцам» и «Хипперу», находившимся в Германии, вскоре мог присоединиться линкор «Тирпиц». Такая ситуация заметно затрудняла выбор следующего хода на океанской "шахматной доске".
Тем не менее, 12 июня стартовала операция «Зоммеррайзе»: "Лютцов" в сопровождении 5 эсминцев покинул Киль и двинулся в датские проливы. Однако англичане оказались бдительными, и радиослужба немцев вскоре перехватила сообщения о своем обнаружении. Хотя авиация прикрывала отряд, координация между командованиями Люфтваффе и Кригсмарине оставляла желать лучшего.
Британские торпедоносцы «Бофорт» атаковали его с дистанции всего в 600 м и добились попадания в середину корпуса «Лютцова» в районе 82-го шпангоута. Затопленными оказались два моторных отсека и один из отсеков с соединительными муфтами. Корабль принял 1000 т воды, вышли из строя все моторы и электростанции. Он полностью потерял ход и получил на продолжительное время угрожающий крен около 20 градусов, беспомощно дрейфуя по поверхности моря. К счастью для немцев, густое облако дыма окутало корабли и помешало второй волне англичан прикончить "карманный линкор". Предпринятые меры позволили к утру частично спрямить «Лютцов» и дать 12-узловый ход на одном валу. Неудачливый корабль благополучно добрался до Киля, где вновь встал на ремонт.
В июле на стоявший у стенки "Дойче Верке" «Лютцов» прибыл седьмой командир, капитан цур зее Рудольф Штанге. «Карманник» благополучно пережил несколько массированных рейдов британской авиации на Киль и в январе 1942 года вновь был готов к действиям. Однако последовало очередное (уже традиционное!) повреждение винта на ледовом поле у Свинемюнде, и он опять отправился а завод. Следующая попытка «активации» состоялась только в апреле. К тому времени "идея фикс" Гитлера уже состояла в сосредоточении тяжелых кораблей флота на севере Норвегии, с тем, чтобы пресечь поставки союзников в СССР. 15 мая «Лютцов» вышел в путь в эскорте 3 эсминцев и нескольких тральщиков и вспомогательных судов. Он благополучно миновал британские подводные дозоры и рано утром 19 мая достиг Лофьорда около Тронхейма. 24-го он взял курс на Нарвик и за 15 минут до полуночи бросил якорь в заливе Боген, где его дожидался систершип "Адмирал Шеер", эсминцы и миноносцы.
4 июня эти корабли составили 2-ю боевую группу, флаг командующего которой, вице-адмирала Кюммеца, был поднят на «Лютцове», Последовали учения, размах которых оказался очень скромным: сказывался хронический недостаток горючего. Так, на неделю упражнений выделялось всего 80 т дизельного топлива! Тем не менее, немцам удалось сколотить мощные силы, которым в начале июля предстояло осуществить операцию «Россельшпрунг» — выход для разгрома конвоя РQ-17.
Участие в ней «Лютцова» оказалось коротким. 2 июля 2-я боевая группа снялась с якоря и двинулась по фьорду для соединения с «Тирпицем» и другими кораблями. Но уже рано утром (в 2.40) следующего дня неудачник наткнулся на не обозначенную на карте скалу. Повреждения не выглядели слишком серьезными: затопленными оказались только резервные помещения для спрямления крена в 8-м и 13-м отсеках и топливные танки в отсеках 10 и 11. Однако Кюммец перенес свой флаг на «Шеер» и приказал своему бывшему флагману вернуться на стоянку. Водолазы обнаружили многочисленные течи во внешней обшивке на протяжении примерно 70–80 м; около 300 т воды плескалось за внутренним днищем прямо под дизелями, кораблю предстоял очередной поход домой, на ремонт.
9 июля он в сопровождении 2 эсминцев, 2 миноносцев и вспомогательных эскортных судов начал свой грустный путь. На следующий день он прибыл в Тронхейм на одном валу, поскольку дизеля второго пришлось остановить ввиду загрязнения топлива забортной водой, все же просочившейся из-под второго дна. Прошел целый месяц, пока 9 августа «Лютцов» покинул Ло-фьорд. В отступлении и сохранении собственной жизни у него опять все оказалось в порядке: совершенно незамеченным он прошел до самого Свинемюнде, куда благополучно прибыл спустя 3 суток. Выгрузив боезапас, 31 августа он проследовал в Киль для очередного ремонта, в ходе которого на днище заменили около 250 кв. м обшивки и множество шпангоутов между 3-м и 4-м стрингерами. Работы сопровождались рядом мелких, но досадных инцидентов, от нескольких пожаров до удара плавучим краном по левому стволу кормовой башни. Все это замедляло ремонт, завершенный лишь в конце октября. После очередных учений по восстановлению боеспособности «Лютцов» 8 ноября покинул Готенхафен, взяв курс на север, в Норвегию.
