В конце марта Жуков предпринял интенсивные попытки ускорить пополнение Красной Армии. Был ускорен выпуск из школ военных пилотов, сократившийся в мирное время до 9 месяцев, в военное – до 6, а общий налет для курсанта равнялся теперь суткам. Это вызвало рост аварийности в авиации и недовольство командующего ВВС П.С.Рычагова. Авиация ПВО была сосредоточена у западной границы, в результате чего многие города Советского Союза оказались без надлежащей защиты от воздушного нападения.
Жуков попытался заставить и наркома флота адмирала Н.Г.Кузнецова перевести морские училища на двухгодичный и одногодичный срок обучения вместо пятилетнего, а также сделать всех старшин офицерами. Однако натолкнулся в этом на сопротивление наркома.
Сталину импонировал Жуков, настойчиво выдвигавший идеи скорейшей мобилизации Красной Армии, и ему с трудом удавалось сдерживать его инициативу, вредящую пока общему замыслу вождя. Фактически Жуков превращал Генеральный штаб во второй наркомат обороны, главной задачей которого являлось распределение войск и техники на различные направления. Сам же начальник Генерального штаба по-прежнему видел свою задачу в организации предстоящего наступления.
По его плану ударные группировки сосредотачивались на Львовском и Белостокском выступах. Здесь же находились аэродромы, стратегические запасы и госпитали. Главный удар наносился из Львовского выступа, поскольку именно он позволил бы вывести войска в промышленные районы Силезии и отрезать Германию от их нефтяных запасов, а также и от их союзников по «Тройственному пакту». Войскам в Прибалтике ставились ограниченные задачи.
Уверенные в предстоящем успехе наступления, Тимошенко и Жуков игнорировали сведения военной разведки о скрытом сосредоточении новых немецких войск на западной границе. Уже с февраля 1941 года началась скрытая переброска войск вермахта на линию Радом – Варшава. Соединения передвигались ночными маршами, а штабы размещались в расположении старых мест дислокации. К концу мая на границе было сосредоточено около 170 дивизий. Разведка докладывала, что войска, ранее сосредоточенные на побережье против Англии, куда-то увозят в эшелонах.
18 июня на участках границы началось разминирование линий-проходов, а затем и выдвижение войск в приграничную зону.
21 июня Жуков все же добился разрешения Политбюро развернуть в Тернополе штаб Южного фронта во главе с генералом армии И.В.Тюленевым и своего назначения координировать действия Юго-Западного и Южного фронтов. Вылететь в Тернополь Жуков должен был на следующий день. Следующим днем стало 22 июня.
В ночь на 22 июня всем сотрудникам Генерального штаба было приказано оставаться на своих рабочих местах. Сам Жуков находился в служебном кабинете наркома обороны.
Уже в 3 часа он стал получать сообщения от командующих округами и флотами о налетах вражеской авиации. Он спешно соединился со Сталиным и доложил ему о нападении противника. В ответ Сталин приказал Жукову и Тимошенко немедленно прибыть в Кремль. Там он услышал слова наркома иностранных дел В.М.Молотова о том, что «германское правительство объявило нам войну».
На следующий день после начала немецкого наступления Жуков, как это и предполагалось ранее, вылетел на Юго-Западное направление. Он должен был помочь командующему фронтом М.П.Кирпоносу организовать проведение контрудара по наступающим войскам противника. Контрудар был нанесен, но немецкие войска остановить не удалось, и Жуков вскоре вернулся в Москву, где доложил Сталину об отступлении советских войск в район Минска и Киева. Эти города ни в коем случае нельзя было сдавать, напротив, они должны были стать опорными пунктами для проведения нового контрудара.
Становилось очевидным, что танковые клинья немцев, уже зажавших в кольцо огромную массу советских войск на Львовском и Белостокском выступах, уже не станут останавливаться для их уничтожения, а будут продолжать стремительно двигаться вперед. Им уже удалось захватить огромные запасы горючего, в беспорядке складированного вдоль дорог и предназначенного для предполагавшегося ранее советского наступления. Огромная масса техники Красной Армии выходила из строя, колонны красноармейцев в пешем порядке отступали в глубь страны.
28 июня пал Минск, в районе которого была окружена значительная группа советских войск. Прибегать к репрессиям в отношении наркома обороны и начальника Генерального штаба Сталин не стал, но уже на следующий день (30 июня) Тимошенко был послан командовать Западным фронтом вместо арестованного за поражение генерала Павлова. Верховное командование Красной Армии перешло к Сталину, который стал Верховным главнокомандующим.
10 июля началось Смоленское сражение, разгоревшееся на фронте в 650 километров. Еще раньше, 7 июля, началась битва за Киев, куда устремились германские войска группы армий «Юг». И на западе и на юге удалось замедлить продвижение войск противника, а затем заставить его перейти к обороне. Советским войскам было приказано не отступать ни шагу назад и в плен не сдаваться. Как начальник Генерального штаба Жуков подписал приказ № 270, который говорил о расстрелах за сдачу в плен или за самовольный уход с позиций. Но и сам он понимал необходимость более гибкого руководства войсками и в конце августа доложил Сталину о необходимости отвести большую часть войск Юго-Западного фронта за Днепр. Жуков говорил об опасности ее полного окружения немецкими танковыми группами, а также о необходимости организовать контрудар на ельнинском направлении, где в ходе Смоленского сражения образовался выступ, который командование группы армий «Центр» могло использовать для наступления на Москву. На вопрос Сталина, что же будет с Киевом в случае отвода войск, Жуков определенно ответил – придется оставить. Сталин вспылил, обругал Жукова, тот потребовал своей отставки с поста начальника Генерального штаба. Верховный объявил, что может обойтись и без него, и пусть теперь Жуков сам едет под Ельню и решает там вопрос, который сам поставил.
На следующий день Жуков отбыл в район Ельни, где вступил в командование войсками Резервного фронта. Их основу составляла 24-я армия генерала К.И.Ракутина, но фактическое командование стал осуществлять сам Жуков. 30 августа он начал операцию по ликвидации выступа. Одновременно в районе Смоленска и Рославля были нанесены мощные контрудары по войскам группы армий «Центр». Все это вынудило немецкое командование начать постепенный отвод своих войск с ельнинского выступа, и 3 сентября советские войска вступили в город. Нескольким отличившимся дивизиям было присвоено звание гвардейских, впервые в истории Красной Армии.
Сразу же после окончания операции Жуков был вызван к Сталину, который объявил ему, что назначенный командующим Ленинградским фронтом маршал Ворошилов не справляется со своими обязанностями и потому Жукову необходимо вылететь в Ленинград и принять срочные меры по предотвращению его сдачи немцам. Жуков не мог знать, что почти одновременно с его прилетом в Ленинград Гитлер подписал директиву о блокаде города, но не о его штурме. Этого требовала изменившаяся обстановка на Центральном направлении, где войска группы армий «Центр» начинали новое наступление на Москву. Часть войск группы армий «Север», прежде всего танковые и моторизованные, поворачивали с севера на запад для участия в новом наступлении.
15 сентября командование группы «Север» предприняло последнюю попытку взять Ленинград и ударом на стыке двух армий захватило город Пушкин. Жуков пошел на крайние меры – снял войска с Карельского перешейка, действовавшие против финнов, поставил в тылу своих частей заградительные отряды из войск НКВД, которым приказал расстреливать любого, кто посмеет оставить позиции, стал формировать бригады из заводских рабочих. Таким образом ему удалось остановить продвижение немецких войск. 5 октября Сталин вызвал его в Москву. Жуков прибыл к больному гриппом Сталину, и тот сообщил ему об окруженных советских войсках в районе Вязьмы и о том, что все подходы к Москве открыты. Особенно тревожная обстановка сложилась на Можайском направлении. Сталин не был уверен, что Москву удастся удержать, и теперь предлагал Жукову возглавить оборону города в качестве командующего войсками Западного фронта.
