В 1942 году подводники Северного флота потопили 46 транспортов и пять боевых кораблей противника. Звания гвардейских были удостоены подводные лодки «Д-3», «М-171», «М-174» и «К-22». Орденами Красного Знамени наградили «Д-3», «М-172», «Щ-421» и «К-21». Высокое звание Героя Советского Союза было присвоено капитану 1-го ранга И. А. Колышкину, капитану 2-го ранга М. И. Гаджиеву, капитану 2-го ранга Н. А. Лунину, капитану 3-го ранга В. Г. Старикову и капитан-лейтенанту И. И. Фисановичу.

Незаменимую роль в годы войны играла авиация флота. Она вела воздушную разведку, наносила удары по базам, конвоям и одиночным судам противника.

Для бомбовых ударов в 1941 году применялись самолеты СБ и ММБР-2, а в 1942 году — Пе-2 и Ил-4. Они совершали налеты главным образом на порты Киркенес и Петсамо.

На судах первых союзных караванов прибыли английские истребители «харрикейн». Уже 12 сентября 1941 года 15 самолетов этого типа вылетели из Архангельска в Мурманск через аэродром Африканда. Затем в Советский Союз стали поступать американские истребители «киттихок», «томахок» и «аэрокобра». Почти половина прибывших истребителей была оставлена на Севере — в авиации Карельского фронта и Северного флота, где к концу года они составили соответственно 65 и 50 процентов истребительного парка соединений. В 1944 году нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов поставил перед Ставкой вопрос об обеспечении Северного флота современными гидросамолетами типа «Каталина», которые были оснащены радиолокационными приборами и благодаря этому являлись лучшими самолетами противолодочной обороны.

Авиации Северного флота, которая в начале войны была сравнительно малочисленной, предстояло прикрывать места базирования флота с воздуха, содействовать приморскому флангу войск Карельского фронта и вести борьбу на морских коммуникациях. А на третий день войны в боевых донесениях с Севера появилось имя Бориса Феоктистовича Сафонова. Он первым на Северном флоте открыл счет сбитым вражеским самолетам.

Морские летчики быстро освоили иностранную технику и успешно отражали налеты авиации противника. 15 сентября девять истребителей 72-го авиаполка под командованием капитана Б. Ф. Сафонова провели два знаменитых боя, рассеяв в первом из них 52, а во втором — 39 самолетов противника. Фашисты потеряли десять самолетов, три из которых сбил Б. Ф. Сафонов. 16 сентября 72-й авиаполк за образцовое выполнение задания командования был награжден орденом Красного Знамени, а капитану Б. Ф. Сафонову было присвоено звание Героя Советского Союза. В 1942 году, когда авиация Северного флота встречала очередной союзный конвой, на расстоянии немногим более 60 миль от входа в Кольский залив на суда напали фашистские самолеты. Сафонов с группой своего полка, осуществлявшей прикрытие, в воздушном бою сбил три Ю-88. Затем летчик передал по рации, что у него отказал мотор. Его «киттихок» упал недалеко от эскадренного миноносца «Куйбышев» и сразу затонул. Так погиб один из самых выдающихся морских летчиков Северного флота. Полк, которым он командовал, стал гвардейским, краснознаменным и носил имя Сафонова. А Б. Ф. Сафонов стал дважды Героем Советского Союза.

В 1942 году военно-морские силы флота начали получать торпедоносцы. Однако первое время они использовались неэффективно — сказывалась недостаточная боевая подготовка экипажей. Но уже летом этого года торпедоносная авиация взяла на вооружение метод «свободной охоты». 29 июля 1942 года новый метод принес первый успех. Два торпедоносца, ведомые капитаном И. Я. Гарбузом, напали на вражеский конвой. В результате молниеносной атаки был уничтожен крупный транспорт.

Только за первый год войны советские морские летчики уничтожили 325 самолетов, а к августу 1944 года ими было потоплено 228 кораблей и сбито 947 фашистских самолетов.

…В поселке Роста под Мурманском перед входом в музей Северного флота установлен постамент, на котором возвышается морской катер мастера торпедной атаки, дважды Героя Советского Союза А. О. Шабалина. Александр Осипович Шабалин, уроженец Архангельского Севера, свое первое боевое крещение получил 11 сентября 1941 года. В этот день два торпедных катера пошли на перехват вражеского конвоя. В первом же бою командир торпедного катера ТКА-12 лейтенант Шабалин использовал не только тактический, но и психологический прием. Скрытую атаку он начал не со стороны моря, где их легко могли обнаружить корабли охранения, а со стороны вражеского берега. Внезапность и точный расчет решили исход короткого боя. Счет был открыт — первый вражеский транспорт с боеприпасами и снаряжением отправился на дно студеного моря.

А вот как описал одну из атак торпедных катеров адмирал Н. Г. Кузнецов: «Вражеские транспорты укрыты дымзавесой. Нам приходится стрелять, по существу, по всей площади. А при такой стрельбе трудно рассчитывать на прямое попадание в такую цель, как корабль.

Но бой на этом не кончился. В дело вступили наши торпедные катера. Противника подвела своя же дымзавеса: в дыму немцы не разглядели наши катера, а те атаковали со стороны берега, откуда их совсем не ждали. Этот метод впервые применил старший лейтенант, дважды Герой Советского Союза А. О. Шабалин. Затем его освоили командиры многих катеров…»

Торпедным катерам не раз приходилось спасать экипаж сбитых или севших на воду самолетов. Только в мае — июле 1943 года катер ТКА-13 под командованием старшего лейтенанта А. О. Шабалина спас шесть летчиков.

В 1944 году началась знаменитая Петсамо-Киркенесская операция по разгрому немецко-фашистских войск в Заполярье. Торпедные катера не только дерзко действовали на морских коммуникациях врага, но и принимали активное участие в высадке разведчиков и морских десантов на территорию, занятую противником. Особенно тяжелые бои велись за порт Лиинахамари, который считался ключом к Петсамо. В этом сражении вновь отличился экипаж торпедного катера А. О. Шабалина.

Впоследствии 12-я и 63-я части морской пехоты переправились на катерах с мыса Крестовый на западный берег Печенгского залива и оттуда, совместно с войсками 14-й армии, начали наступать на Петсамо. 15 октября советские солдаты и морские пехотинцы с ходу овладели городом Петсамо, продвинулись вперед на 60–65 километров и создали благоприятные условия для развития наступления к границам Норвегии.

В этот же день Москва двадцатью артиллерийскими залпами салютовала воинам Карельского фронта и морякам Северного флота, освободившим Печенгу от немецко-фашистских захватчиков. Верховный главнокомандующий объявил благодарность войскам и кораблям, участвовавшим в боях за освобождение города и порта.

К 1 ноября 1944 года был освобожден весь Печенгский район. Над Москвой вновь прогремел салют в честь воинов Карельского фронта и моряков-североморцев.

Приказом Верховного главнокомандующего наименования «Киркенесские» были удостоены: 63-я Краснознаменная бригада морской пехоты, бригада охотников за подводными лодками, 5-я Краснознаменная минно-торпедная авиационная дивизия, 118-й Краснознаменный авиационный полк, 9-й гвардейский Краснознаменный минно-торпедный авиационный полк, 20-й истребительный авиационный полк.

В годы Великой Отечественной войны Северный морской путь являлся важной транспортной коммуникацией, по которой осуществлялись военные и народно-хозяйственные перевозки. Здесь действовали две группы сообщений: внешние, по которым поступали грузы из США в СССР, и внутренние. Советским транспортным флотом было перевезено по внутренним коммуникациям около двух миллионов тонн грузов.

В середине июля 1942 года с Дальнего Востока на Северный флот была направлена советская экспедиция особого назначения (ЭОН-18). В ее задачу входил перегон лидера «Баку» и двух эскадренных миноносцев «Разумный» и «Разъяренный». Проводкой отряда руководил капитан 1-го ранга В. Н. Обухов, имевший опыт плаваний в Арктике. На боевые корабли в качестве консультантов были направлены полярные капитаны В. И. Воронин и Т. А. Калинич. За 61 ходовые сутки корабли экспедиции прошли свыше семи тысяч миль, из них около тысячи миль — во льдах.