В это время Шефер занимался не только подготовкой кавказской экспедиции. В целом он и его люди были ответственны за реализацию в рамках «Наследия предков» трех следующих задач. Планировалось, во-первых, завершить создание Имперского института Центральной Азии в Миттерзиле, где они должны были сосредоточиться на обработке тибетских материалов. Во-вторых, перед Шафером стояла задача — сделать институт единственным центром по организации экспедиций в Азию (подобная позиция была официально обозначена Гиммлером). В эсэсовских кругах все чаще и еще начали говорить о замке Миттерзиль как об учебном центре, где проходила подготовка участников всевозможных экспедиций. Планировалось даже выкупить земли, окружающие замок, чтобы создать на них специальный учебный лагерь. И, наконец, на Шефера была возложена функция общего контроля за ходом всех естественнонаучных исследований Аненербе, так как Вальтер Вюст был не только перегружен работой, но и мало разбирался в этой области знаний. 16 мая 1943 года было решено, что Вюст, оставаясь куратором Аненербе, будет заниматься только гуманитарной сферой, а Шефер, формально являясь подчиненным Вюста, контролировать свой сектор. Но фактически Шефер был независим и вел всю работу самостоятельно.
С определенной долей уверенности можно говорить о том, что в последние годы Третьего рейха общее задачи перед Аненербе ставил лично Гиммлер. Он исходил из того, что в борьбе за выживание немецкого народа надо придерживаться автаркической (самодостаточной) политики, а потому всеми средствами надо было преодолеть слабость сельского хозяйства и текстильной промышленности. И вновь в нем заговорил бывший фермер: Шеферу предлагалось создать отдел, который бы занимался комплексом вопросов использования животных и растительных ресурсов. Одна идея давно не давала покоя главе СС — он хотел во что бы то ни стало восстановить древнегерманский обычай медоварения. В 1941 году он поставил задачу перед Освальдом Полем — изготовить «новогерманский мед». Тот почти сразу же заметил, что медоварение в годы войны может столкнуться с рядом серьезных трудностей (мед был остро необходим для больных и раненых). Взамен он предложил идею «хрустящих хлебцев», которая была несправедливо забыта. Но Гиммлер пропустил это замечание мимо ушей (судя по тому, что говорят нынешние диетологи, совершенно зря). Его привлекла другая мысль: он решил превратить лошадь не только в транспортное средство, но и в пропитание. Увлекшись личностью Чингисхана, Гиммлер обнаружил, что монголы использовали в качестве пищи не только лошадиное молоко, которое они консервировали и возили в седельных сумках, но и употребляли в качестве провианта вяленую конину.
На этом поток «гениальных» идей рейхсфюрера СС не иссяк. Памятуя о печальных последствия русских морозов, он распорядился создать при концлагерях фермы ангорских кроликов, из шерсти которых должно было производиться теплое белье для солдат (в 1943 году таких ферм было аж 31!), Как большой поклонник здорового образа жизни, он приказал выделить в Дахау 10 гектар, где заключенные священники могли разводить разного рода пряности: тмин, базилик и т.д.
Весь этот комплекс вопросов являлся предметом исследований Эрнста Шефера. Но тогда его больше интересовало только одно — разобрать и систематизировать свои тибетские материалы. Чтобы освободить себе руки, 1 ноября 1941 года он убедил руководство Аненербе создать в Ланнахе (близ Граза) отдел, который бы занимался генетикой растений. Возглавил его Хайнц Брюхер. Здесь занимались не только растительным ассортиментом Тибета, но и выведением новых сортов злаковых, которые бы могли насытить Германию и обеспечить ей автаркию. Но, пожалуй, самым стратегическим намерением этого отдела были исследования растительного масла. В феврале 1942 года возник отдел препарирования растений, возглавляемый ботаником профессором Пфолем. В тесном контакте с медиками, которые проводили эксперименты над людьми, находился отдел ботаники. Глава этой структуры штандартенфюрер Фрайер и доктора Рашер, Бломе, Хольц совместными усилиями пытались найти лекарство от рака. Основным направлением этих работ было изучение воздействия растительных ядов на процесс роста раковых опухолей.
А что же Шефер? После провала кавказских планов он всецело посвятил себя селекции животных. Гиммлера в первую очередь интересовали тибетские псы. Он хотел, чтобы проводились эксперименты по скрещиванию старых кобелей и молодых сук и наоборот. Подобные опыты мало привлекали Шефера, и он поручил их проведение своему помощнику доктору Петерсу из Штутгарта. Сам же Шефер предпочел заняться лошадьми. Еще в 1940 году Гиммлер отзывался о Шефере как о лучшем эсэсовском специалисте в этой области. В мае 1940 года Гиммлер писал из личного поезда своему любимцу о том, что в северных сказках он читал о красном коне с белой гривой, который обладал невиданной силой. В Польше, где тогда пребывал рейхсфюрер, его поразил каурый конь с белой гривой. Он просил выяснить Шефера, могла ли существовать связь между сказками и реальностью. Шефер вряд ли мог помочь в этом своему шефу, так как во время экспедиций не видел ничего подобного.
Но Гиммлер не успокоился, впоследствии он пришел к выводу, что для военных и гражданских целей могла бы пригодиться степная лошадь. Осенью 1943 года он поручил Шеферу создать на широкой генетической базе восточных и западно-азиатских лошадей «суперконя», который был бы не только морозоустойчивым и неприхотливым, но и идеально подходил для солдат и поселенцев.
Затем он советовал скрестить лошадь Пржевальского с дикой лесной лошадью-тарпаном. Как заметил штурмабаннфюрер РСХА Вильгельм Хёттль, рейхсфюрер планировал вывести не только ездовую и вьючную лошадь, но и забойный скот. Но это дело, даже несмотря на энергичность Шефера, затянулось не на один месяц. Лошадей, которые были пригодны для селекции, нашли только в сентябре 1944 года, и то в Норвегии. Тратц и Шефер тут же начали готовиться к весьма неуместной в то время поездке в Скандинавию, чтобы получить необходимых лошадей. В то же время в Познань прибыл эшелон с восточноевропейскими лошадьми. Но селекции не было суждено совершиться — конвой транспорта был перебит партизанами, и лошади разбежались. Очередная «важная» военная задача закончилась прахом.
Гиммлер всегда проявлял интерес к политике вооружений, и это в определенный момент отразилось на деятельности Аненербе. Если говорить о военной политике Третьего рейха в целом, то складывается впечатление, что у Гитлера не было никакого четкого плана, которого бы он придерживался. На стадии «блицкрига», которая длилась с сентября 1939 года по декабрь 1942 года, сельское хозяйство и немецкая промышленность оказались не готовыми к затяжным военным действиям. Это, конечно, не значило, что экономические ресурсы были исчерпаны, но тогда в Германии жили под лозунгом «и пушки, и масло». Изменения наступили только в феврале 1942 года, когда Имперским министром вооружений стал Альберт Шпеер. Он попытался поставить немецкую промышленность на рациональную основу и создать наконец-то «военное хозяйство». Отныне вся добывающая и тяжелая промышленность работали только на военные цели: Германия готовилась к затяжной войне. Осенью 1942 года в Берлине решили воспользоваться концепцией «качественного превосходства»: если советская сторона ставила на количество, то нацисты планировали восполнить урон качественной военно-промышленной программой. Этот принцип был вновь введен, когда осенью 1944 года наметилось крушение немецкого хозяйства.
Гитлеровский лозунг о «качественном превосходстве» относился в первую очередь к производству отдельных видов оружия. Но немецкий атомный проект, который действовал в Германии с 1942 года, не привлекал рейхсфюрера СС. Принимая участие в конференции Имперского исследовательского совета, которая проходила 26 февраля 1942 года в берлинском «Доме немецкой науки», он язвительно заметил в адрес физика Эриха Шумана, что его выводы о ядерной физике как оружии являются чистой теорией, не имеющей никакого отношения к практике. Его больше привлекали самолеты. Постепенно СС оказались втянутыми в организацию производства этого вида оружия, а летом 1943 года даже получили под свой контроль разработку «тайного оружия». Здесь Гиммлер применил свою старую тактику постепенного проникновения во все сферы жизни — теперь дело дошло до военной индустрии. Но процесс средоточия власти в руках рейхсфюрера проходил не так легко, как он на то надеялся. Вермахт все еще продолжал контролировать ракетостроение, а ключевая фигура в этой области, профессор фон Браун, хотя и стал эсэсовцем, но сохранил верность армии. Окончательный контроль над ракетостроением Гиммлер смог получить лишь после провала покушения на Гитлера, которое было организовано армейскими чинами 20 июля 1944 года. В сентябре того же года техническое и военное руководство над ракетными группами «Юг» и «Север» получил обергруппенфюрер Каммлер.
