Именно энергичный Бегер продвинул вперед расовые исследования, которые никак не могли начать в «Наследии предков». Свою деятельность этот исследователь начал в Главном управлении ССпо вопросам расы и поселений, где он развивал идеи, которые затем изложил в отзыве Гиммлеру. В ходе реорганизации РуСХА, которая прошла в 1937 году, он был переведен и Личный штаб рейхсфюрера. В 1938 — 1939 годах он участвовал в тибетской экспедиции Эрнста Шефера. В качестве студента-антрополога он отвечал в ходе ее за сбор и обработку этнографического материала. Подобно Шеферу, в 1940 году он окончательно перешел в Аненербе. Здесь, в отличие от многих сотрудников естественнонаучных отделов, его выгодно выделяло давнишнее знакомство с Генрихом Гиммлером. Работая в отделе Центральной Азии и экспедиций, созданном лично Шефером, он занимался обработкой тибетских находок, за что был приписан к ваффен СС и получил бронь, спасавшую его от фронта. Параллельно с этим он защитил в Берлине этнографическую диссертацию, которую написал под руководством видного ученого Людвига Фердинанда Клаусса.
Но в Аненербе реализовал себя не как этнограф, а как антрополог. Еще в 1942 году в Штабе верховного командования берлинским профессором Вольфгангом Абелем был разработан «Поступательный план нейтрализации русской расы». Согласно этому плану, население северной России было необходимо германизировать, а остальных выселить в Сибирь. В 1943 году после обследования 7 тысяч советских военнопленных по просьбе Шефера его доработкой должен был заняться Бруно Бегер. Имперский руководитель исследовательского общества Зиверс поддержал это предложение (по-видимому, он надеялся перевести в состав Аненербе исследовательский комплекс Абеля). Сам он был свято убежден, что большинство русских были результатом воздействия европейского компонента на монголоидов. Но с другой стороны, он соглашался, что отдельные из русских сохранили несомненное родство со староевропейской группой. Подобные разъяснения были нужны не только для того, чтобы придать им наукоемкость, но и для того, чтобы после победы Германии использовать часть населения России в качестве рабочей силы.
Но прежде чем приступить к реализации «русского» проекта, он нуждался во множестве исследований, прежде всего медицинских. В то время на Аненербе работал страсбургский профессор анатомии Август Хирт (именно по его просьбе с анатомическими целями в Освенциме было уничтожено 150 евреев). В мае 1943 года Зиверс писал референту Гиммлера Брандту, что, по сообщению оберштурмбанфюрера Эйхмана, в Освенциме имелся «подходящий материал, который позволял провести соответствующие антропологические исследования». 6 июня 1943 года Бруно Бегер отправился в концлагерь, чтобы осуществить антропологические замеры. Одновременно он использовал свое присутствие в лагере, чтобы заняться другим делом: изучением советских азиатов, как он назвал их, «монголов» (в Освенциме он нашел только четверых). После войны он показал, что его как одного из немногих эсэсовских специалистов «поразило антропологическое разнообразие евреев», с которыми он впервые столкнулся в Освенциме.
Бегеру удалось совершить прорыв — он стал основным экспертом Аненербе по вопросам расовых и антропологических исследований. Осенью 1943 года он пытался вновь осуществить свой старый проект — исследовать «чуждые» расы в военных условиях. Он сам предложил Гиммлеру послать своего бывшего научного руководителя Л.Ф. Клаусса на фронт, чтобы он изучил, как различные расы проявляли себя в боевых условиях. В перспективе эти выводы планировалось учитывать при планирования военных операций.
То, что ученик собирался послать своего учителя на Восточный фронт, было следствием одной щекотливой ситуации, из которой пытался выкрутиться Бегер. Участь Клаусса была уготовлена всем общественным деятелям, которые наивно полагали, что в одиночку, без поддержки и согласования с партией, могли бы подправить господствующую идеологию. Клаусс, затравленный догматиком Розенбергом за свои неортодоксальные взгляды в вопросах антропологии, был вынужден покинуть Берлинский университет; его сочинения больше не издавались — более того, он даже был исключен из НСДАП. Не надо забывать, что он при этом оставался весьма известным человеком, который продолжал придерживаться расовой идеологии. В 1921 году, в возрасте 29 лет, он опубликовал перевод Эдды, который затем часто цитировался в многочисленных националистических нацистских произведениях. В 1932 году он обратил на себя внимание, издав книгу «Северная душа. Введение в расовую психологию».
Внешне казалось, что эта книга тиражировала общепринятые для нацистов воззрения о «нордическом превосходстве». Действительно, в этой книге можно было прочитать о «северном сверхчеловеке», но идеи, изложенные в ней, оказались несколько иными, нежели те, которые были заложены в основу идеологии национал-социализма. Во-первых, автор приписывал малопонятному термину «душа» гораздо большее биологическое значение, чем это позволяли себе нацисты. Во-вторых, он трактовал понятие «нордическое» весьма фигурально. «Нордическое» было для него синонимом прекрасного, возвышенного и благородного: он даже не исключал возможности встречи «нордического типа» на южных широтах. В своей книге он делал еретический для нацистов вывод — он причислил к «нордическому типу» не только арабов, но и вообще всю семитскую группу. В следующей книге «Раса и душа», увидевшей свет в 1934 году, он исследовал национальную и интернациональную психологию. Клаусс повторял свою манихейскую игру тени и света. Он вновь не распространял пресловутый нордизм исключительно на германский мир. Проживший долгое время на Востоке среди бедуинов, Клаусс описывал свою встречу с марокканскими евреями, которые, по его мнению, «путешествуя квечности, приобрели нордический стиль». Позволю себе привести небольшой отрывок из этой книги: «Есть три заблуждения, с помощью которых каждый раз пытаются вбить клин между нами и нашими соседями. Во-первых, создается впечатление, будто немецкая расовая теория дает оценку каждой расе, как учитель ученикам, т. е. выстраивает расы по ранжиру, отводя первое место нордической расе... Второе заблуждение: с точки зрения немецкой науки одна раса якобы отличается от другой тем, что одна раса имеет одни качества, а другая — другие... Третье заблуждение — в отождествлении немецкого народа с нордической расой. Но немецкий народ — результат смешения нескольких рас».
Не удивительно, что подобные взгляды были наотрез отвергнуты руководством НСДАП и «нордическими пророками». За несоответствие его личных взглядов партийной доктрине Клаусс был исключен из НСДАП. Произошло это 28 марта 1941 года во время диспута с Розенбергом во Франкфурте. С этого времени жизнь Клаусса была в опасности, обычно Розенберг не прощал подобных вольностей в сфере идеологии. У Клаусса был только один видимый выход: раскаяться и перейти на сторону рейхсляйтера-догматика.
В этой ситуации Гиммлер пошел на рискованный шаг. Он написал письмо Мартину Борману, в котором встал на сторону Клаусса и обрушился с критикой на партийных плебеев. Его основной аргумент заключался в том, что, несмотря на некие расхождения воззрений Клаусса с доктриной НСДАП, его, как научно состоявшегося человека, никак нельзя зачислять в стан врагов партии. Оказавшемуся между молотом и наковальней Клауссу было лучше отправиться на фронт, где Бегер предлагал ему заняться изучением боевых качеств различных рас. В начале 1944 года оба — и учитель и ученик — поступили в распоряжение штандартенфюрера СС Курта Эггера. Но оказалось, что в условиях, когда Красная Армия развивала победоносное наступление на Запад, изучение русских солдат более чем проблематично и небезопасно. Поэтому было принято решение отправить исследователей на Юго-Восточный фронт, чтобы на Балканах изучать партизан Тито. Итогом этих разработок должны были стать «Правила эксплуатации чуждых народов». В них планировалось ответить на несколько принципиальных вопросов: как видят чужеземцы немцев и что они думают о них? Как видят сами немцы чужеземцев?
