Прошло уже около семнадцати лет, как Исидор бежал из России, и около десяти, как святой Иона начал управлять Русскою митрополиею. Но Исидор все еще не оставлял своих притязаний на эту митрополию. В Риме смотрели на него как на законного первосвятителя России, только незаконно изгнанного, а в Ионе видели честолюбца, который самовольно и святотатственно взошел на кафедру, еще занятую другим. Там, однако ж, понимали, что отнять у Ионы власть над теми епархиями, которые находились во владениях русского государя, решительно отвергшего Флорентийскую унию, нет возможности, а рассчитывали только на епархии русские, находившиеся во владениях польско-литовского короля Казимира, последователя римской веры. В этих видах папа Каллист III (21 июля 1458 г.) по совещании с своими кардиналами и с согласия Исидора положил разделить Русскую Церковь на две части, и ту половину ее, которая состояла в областях Литвы и Польши и заключала девять епархий, именно: Брянскую (Черниговскую), Смоленскую, Перемышльскую, Туровскую, Луцкую, Владимирскую, Полоцкую, Холмскую и Галицкую - отнять у Ионы и предоставить особому митрополиту. Исидор согласился уступить эту часть бывшему ученику своему и протодиакону Григорию, бежавшему вместе с ним из России, а теперь считавшемуся аббатом монастыря святого Димитрия в Константинополе. Бывший патриарх Цареградский Григорий Мамма, лишенный кафедры за приверженность к латинству и проживавший в Риме, рукоположил аббата Григория в епископа и возвел его на степень митрополита "Киевского, Литовского и всей нижней России". Папа Пий II, преемник Каллиста (? 8 августа 1458 г.), утвердил нового митрополита своею грамотою (от 11 сентября 1458 г.). И Григорий, снабженный грамотами от Исидора, лжепатриарха Маммы и от папы, отправился на свою паству.

Но еще прежде, нежели новый митрополит прибыл в Польшу и Литву, в Москве, едва заслышали о нем, спешили принять против него свои меры. Великий князь Василий Васильевич написал к королю Казимиру: "Григория от Рима не принимай к себе на место общего нашего отца, митрополита Ионы, новизны не делай, старины нашей не нарушай. А старина наша - еще от прародителя нашего, великого князя Владимира, крестившего Русскую землю, и по этой старине взыскание и принятие митрополитов всегда зависело от великих князей русских, а не от князей литовских. Кто будет нам люб, тот и будет у нас митрополитом на всей Руси, а от Рима митрополиту у нас не быть: мне не надобен". Святой Иона, с своей стороны, послал в Литву к епископам, князьям, боярам и всем православным христианам свои грамоты и двух игуменов: троицкого Вассиана и кирилловского Кассиана. В грамотах, из которых, впрочем, сохранилась только одна - к боярам и панам, святитель похвалял их великую веру и ревность о православии, убеждал стоять и впредь твердо за святую Церковь Божию и за православную веру, советовал сноситься для этого с тамошними князьями и со всею православною братиею; выражал сожаление, что не мог сам за болезнию посетить их, и просил верить всему тому, что будут говорить посланные им игумены. Но эти меры, принятые в Москве против Григория, оказались недостаточными. Правда, два князя киевские, Симеон и Михаил Александровичи, с своею материю да князь ольшанский Юрий Семенович прислали чрез троицкого игумена Вассиана такой ответ: "Мы в рассуждении своего православия смотрим во всем на Бога, и на Его Пречистую Матерь, и на своего господина, цветущего во благочестии православного великого князя Василия Васильевича, а отцом своим и учителем признаем господина нашего Иону, митрополита Киевского и всей России". Но сам король Казимир не последовал совету великого князя Василия Васильевича, изменил Ионе, принял Григория. Король не осмелился воспротивиться папе, который прислал ему свою буллу и наказывал не допускать к себе отщепенца Иону, отнять у него власть над духовенством и мирянами в пределах Литвы и Польши и, если он сам придет туда, то схватить его как отщепенца и противника и скованного заключить в темнице; напротив, принять со всею честию митрополита Григория, передать ему девять епархий, ему порученных, и подчинить ему все духовенство и мирян этих епархий. А литовские епископы, хотя прислали Ионе свои ответы, до нас, впрочем, не дошедшие, и, по всей вероятности, давали обещания не изменять ему, но вместе прислали и копии с тех грамот, какие принес с собою из Рима Григорий от Исидора, Григория Маммы и папы и которые были в высшей степени оскорбительны для Ионы. Кроме того, святитель получил прискорбное известие, что некоторые из этих епископов уже вошли в общение с Григорием и даже служат с ним. Тогда Иона написал к литовским епископам новое послание. Он вооружался против своих врагов - Исидора, ученика его Григория, выдававшего себя за митрополита Киевского и всей России, и Григория Маммы, величавшего себя в своих грамотах "арцибискупом" Константинопольским, и называл всех их отступниками от веры и развратителями православия. Защищал самого себя и доказывал, что он вовсе не отступник, как его называют враги его, что он поставлен в митрополита по правилам святых апостолов и святых отцов и не от трех или пяти епископов, а от всех архиепископов и епископов своей страны. Наконец, замечал литовским епископам, что некоторые из них, как доходят слухи, уже приобщаются Григорию и служат с ним, а таких православная Церковь признает за отступников от своей веры, и убеждал их внимать своему стаду, стоять за православие и, если бы пришлось, даже пострадать за него.

Вскоре скорбь святителя Ионы должна была еще увеличиться. Король Казимир мало того что принял сам Григория, прислал и к великому князю Василию Васильевичу просить о принятии Григория на место Ионы, как уже престарелого. Это значило, что Казимир желал сделать для Григория даже более, нежели сколько требовал папа: папа предоставил ему только девять епархий в Литве и Польше, а Казимир старался распространить власть его и на все епархии, находившиеся в России. Само собою разумеется, что Василий Васильевич и слышать не хотел о таком предложении и решительно отказал королю. А святитель Иона пригласил в Москву всех епископов своей, собственно Русской митрополии. Эти епископы, собравшись (к концу 1459 г.) в соборной церкви Успения Пресвятой Богородицы у гроба святого чудотворца Петра, где каждый из них принял рукоположение от митрополита Ионы, постановили: "Видя на самом деле, что по грехам нашим и по еретичеству отступника от православной веры Исидорова ученика Григория, называющего себя митрополитом Киевским, совершилось разделение Божиих Церквей Московской и Киевской и от этого разделения произошла великая пагуба для православия, мы как при нашем поставлении дали отцу нашему Ионе, так и теперь повторяем обещание - быть нам неотступными от святой Церкви Московской и от него и во всем повиноваться ему, а по отшествии его к Богу повиноваться нам тому митрополиту, который по правилам святых апостолов и отцов будет поставлен в соборной церкви на Москве у гроба святого чудотворца Петра. К отступнику же от православной веры Исидорову ученику Григорию, отлученному от святой соборной Церкви, нам, архиепископам и епископам Русской митрополии, не приступать, грамот от него никаких не принимать и совещаний с ним не иметь ни о чем". На этом Соборе не было только двух владык: Новгородского Ионы и Тверского Моисея. Но первый лишь незадолго пред тем был поставлен в сан архиепископа и при самом поставлении своем дал обет и грамоту за своею подписью и печатью, чтобы быть верным рукоположившему его святителю и не принимать пришельца из Рима Григория. Потому, может быть, митрополит и не счел нужным звать этого владыку на Собор, а только по окончании Собора послал ему известие о соборных совещаниях и убеждал его, чтобы он помнил данное им при поставлении своем обещание, стоял твердо в православной вере, укреплял в ней свою паству и пребывал в единодушии с своею братиею - русскими епископами. Что же касается до Тверского епископа, который, несмотря уже на двукратное приглашение митрополита, не ехал в Москву на Собор, то первосвятитель написал к нему в третий раз и наказывал ему непременно явиться к назначенному сроку, угрожая в противном случае своею строгостию. Вероятно, этому-то епископу и принадлежит та повольная грамота, которую дал или прислал неизвестный епископ Собору русских епископов и в которой он один повторяет то же самое, что они соборне постановили, именно: что он вместе с ними признает своим отцом и настоятелем во всем рукоположившего его митрополита Иону, а по отшествии его к Богу обещается признавать того митрополита, который будет поставлен у гроба святого чудотворца Петра в доме Пречистой Богородицы, и что с лжемитрополитом Григорием не будет иметь никакого общания и единения. Русские святители, собравшиеся на Собор с прочим духовенством, не ограничились тем, что торжественно заявили свой обет оставаться верными святому Ионе и не признавать Григория, но вместе от лица всего своего Собора послали (13 декабря 1459 г.) воззвание к литовским епископам и прочим пастырям и писали: "Мы слышим, что к вам пришел из Рима ученик Исидоров Григорий, который называет себя митрополитом Киевским и всей России и, по словам его, принял поставление от патриарха Григория, прежде бывшего в Царьграде и обличенного там в латинской ереси. Этот лжемитрополит Григорий носит с собою листы от папы и от того ложного патриарха, в которых они именуют господина нашего Иону отщепенцем и отступником, тогда как сами они отступники от закона нашей православной веры. А наш митрополит Иона поставлен в митрополита по правилам святых апостолов и святых отцов Собором своих архиепископов и епископов. И вы бы, наши духовные братья, помнили свое исповедание и обещание, которое дали господину нашему Ионе, что вам не отступать от него и не принимать иного митрополита от латинян; вы бы не принимали того отступника, ученика Исидорова Григория, и не имели с ним общения, а братства с нами и единения во Христе не отлучались".