Не удалась также и попытка Никона очернить черного дьякона Мелетия грека, которого царь намеревался послать с своими грамотами к Восточным патриархам. Никон писал царю, что Мелетий на все руки подписывается и печати подделывает, и сослался на Арсения Грека и его знакомых. Немедленно (26 декабря) позван был Арсений Грек, который был уже теперь строителем Спасского монастыря, и спрошен: какое дело он знает за Мелетием? Арсений указал на черного попа Иосифа грека, жившего в том же монастыре. Позвали Иосифа, и он сказал, что Мелетий с архимандритом Дионисием святогорцем написали на него, Иосифа, подложную грамоту от имени Антиохийского патриарха Макария; Мелетий подписал ее за Макария, а Дионисий подал патриарху Никону, который и отдал ее на хранение Арсению Греку. Позвали на очную ставку с Иосифом самого Мелетия, и он отвечал, что грамота та вовсе не подложная, а писал ее архимандрит Иаков грек в марте 1656 г. по приказанию патриарха Макария. Позвали Иакова грека, и он удостоверил, что действительно писал ее он, Иаков, по приказу Макария, как он был в Москве, а руку к ней приложил сам Макарий по-арабски, да на той же грамоте подписался и митрополит Никейский Григорий. Мелетий оказался оправданным, царь не поколебался в доверии к нему, и 1 генваря 1663 г., щедро снабженный деньгами на дорогу и для раздачи милостыни на Востоке, Мелетий отправился в путь с царскими грамотами к Восточным патриархам. А 2 генваря царь разослал ко всем своим архиереям грамоту, чтобы они, избрав архимандритов, игуменов и других искусных иноков из своих епархиальных монастырей, явились в Москву на Собор к 9-му числу мая. Вероятно, рассчитывали, что Мелетий успеет к маю или июню пригласить в Москву патриархов или по крайней мере привезет от них ответные грамоты. Но путешествие его продолжилось почти полтора года, и мы пока расстанемся с Мелетием и возложенным на него поручением.
В начале 1663 г. сосед Воскресенского монастыря по имениям Иван Сытин, уже имевший дело с патриархом Никоном, подал на него новую челобитную, в которой жаловался, что Никон пытал пыткою его крестьян, а иных и перевешал. Царь прислал челобитную к Никону, и Никон отвечал государю: "Свидетельствуюсь св. Евангелием, что я того дела совсем не ведаю. То сделал малый, иноземец, который, застав крестьян Сытина на озере в воровстве рыбы, побил их без моего ведома батогами. Этого малого посылаю к тебе, государю, для расспросов; сотвори суд праведный, как имеешь сам судиться в день Судный… Попомни свое обещание, данное при нашем избрании в великой церкви, чтобы тебе не вступаться ни во что священное, как творишь ты ныне над нами великие неправды, слушаешь клеветников - врагов Божиих… Писал бы еще о многом, но скудость возбраняет: не имею и бумаги". Иноземец, однако ж, посланный Никоном, его боярский сын Александр Лускин, показал (22 февраля), что на озере он действительно сам, без ведома патриарха побил батогами пойманных в воровстве крестьян, но потом, когда крестьяне начали грозиться поджогом и он, схватив их, привел в Воскресенский монастырь, то Никон велел побить их за ту похвальбу в другой раз батогами. Тогда царь послал (25 февраля) сказать об этом Никону и спросить его, во что священное царь вступается, каких клеветников слушает, какие великие обиды творит ему. Никон отвечал: "Я свидетельствовался Евангелием в том только, что без моего ведома крестьяне побиты на озере иноземцем за воровство, а не в том, что они в монастыре биты, здесь действительно я велел побить их слегка батогами за их невежество предо мною. А в священное как государь не вступается? У меня все отнято: митрополитами и всем духовным чином государь владеет… Кто клеветники? Да вот такие, как Роман Боборыкин и Иван Сытин. Их челобитные на меня государь принимает, творит о тех делах сыски, а о чем я государю челом бью, указов о том не получаю… Какие обиды государь мне творит? Разослал грамоты по всем монастырям, и "про посулы и про взятки, что я, будучи на патриаршестве, у кого взял, сыскивают". Лживых свидетелей, которым быть на Соборе, - а Собору я и сам рад, только бы был праведный, подкуплено против меня с пятьсот человек, а чтоб подкупить еще других в Палестине, туда послано 30000 рублей. Газский митрополит по указу государеву на меня пишет и путает, да у меня есть его тетради, и я дам ему ответ во всем не только правилами, но и Евангелием… Ваши духовные власти грамоте умеют немногие, а Питирим митрополит и того-де не знает, почему он человек…" Тогда царские посланные заметили Никону: "Напрасно он говорит, будто он один грамоте умеет; из всяких чинов найдутся люди, готовые говорить с ним книжным учением и правилами, а говорить есть что; только все удержано государскою милостию до Собора, а на Соборе будут Вселенские патриархи".
Месяца через два возобновилось дело Боборыкина с Никоном, начавшееся и продолжавшееся в 1660 - 1661 гг., но тогда не оконченное, - дело о спорной земле, с которой Никон, не дождавшись царского указа, приказал своим людям снять сено и хлеб и свезти в пользу монастыря. Дело остановилось на том, что Никон отказался выслать монастырских крестьян для расспросов в Москву и написал к царю резкое письмо. И как после этого не последовало из Москвы никакого указа о свезенном сене и хлебе, то Никон приказал хлеб обмолотить - в умолоте вышло зерна, по монастырским записям, будто бы 67 четвертей. Боборыкин в течение 1662 г. много раз приезжал в монастырь и настаивал, чтобы ему хлеб тот отдали. Но хлеб был уже издержан, и Никон говорил Боборыкину, чтобы он подождал, что купит столько же хлеба и отдаст. Не дождавшись исполнения этого обещания, Боборыкин с наступлением 1663 г. подал опять челобитную на Никона, и из Москвы присланы были в Воскресенский монастырь окольничий Сукин да дьяк Брехов с царским указом, чтобы Никон учинил с Боборыкиным сделку во всем.
Никон согласился, велел казначею принести шестьсот рублей, сколько нашлось в монастырской казне, и предложил Боборыкину взять из этих денег за 67 четвертей обмолоченной ржи по той цене, по какой тогда рожь в Москве продавалась. Боборыкин отвечал: пожато и обмолочено с той земли 600 четвертей с лишком - и, взяв со стола все шестьсот рублей, примолвил: это-де мне за половину. Ввиду такой неправды Никон прекратил сделку и объявил окольничему и дьяку, что с Боборыкиным никакой сделки совершить нельзя: для него не напастись денег и от его ложного челобитья не откупиться и всем монастырем. Чрез несколько времени, а именно 16 июля, прибыли к Никону думный дворянин Баклановский да тот же дьяк Брехов с многими людьми - подьячими и стрельцами и принесли царскую грамоту. Выслушав эту грамоту, Никон подробно рассказал пришедшим весь ход тяжбы своей с Романом Боборыкиным и предъявил на него много других жалоб. Но Никону вновь предложили, чтобы он добровольно "сделался" с Романом, а когда Никон отвечал, что "он Романовою землею не владеет, а владеет своею купленною и Роман напрасно вклепывается", то Баклановский и Брехов объявили, что в таком случае им приказано отмежевать спорную землю Роману Боборыкину по его сказке, и поехали отводить ту землю. Раздраженный Никон как только узнал, что отмежевание действительно началось, созвал всю братию в церковь, велел принесть и прочитать жалованную грамоту царя на имения Воскресенского монастыря и, положив ее под крест и образ Богородицы на аналое посреди церкви, совершил молебен св. Животворящему Кресту, а по окончании молебна начал возглашать громким голосом во всеуслышание следующие и иные клятвенные слова, выбирая их из 108-го псалма: Да будут дние его мали, и епископство (надзор, власть) его да приимет ин: да будут сынове его сиры, и жена его вдова… да будут чада его в погубление… И да потребится от земли память их, занеже не помяну сотворити милость, и погна человека нища и убога… Возлюби клятву, и приидет ему и пр. На другой день Никон вновь совершил с братиею тот же молебен и с теми же возглашениями. В монастыре случайно находился тогда Боборыкин и даже присутствовал на самом молебне, но ничего не сказал. А после донес в Москву, что Никон проклинал государя царя со всем его домом.
