В сентябре Никон отправился в своей Иверский монастырь и прожил там до половины декабря, если не далее. А оттуда, взяв с собою несколько серебряных сосудов и других вещей, переехал в Крестный монастырь, где и оставался до половины сентября следующего 1660 г. В обоих монастырях занимался монастырскими делами и в Крестном окончил главную каменную церковь во имя Воздвижения Честного Креста, которую и освятил 2 сентября (1660), устроил большой колодезь, обложил его диким камнем и соорудил над ним каменную церковь во имя Происхождения Честных Древ и 8 сентября освятил деревянную церковь во имя всех святых, которую построил в монастырской роще. Известно несколько писем, какие писал Никон из Иверского и Крестного монастырей к преданному ему боярину Никите Зюзину, находившемуся тогда в Новгороде на государевой службе. Два письма из Крестного монастыря особенно ясно отражают в себе тогдашнее состояние духа их автора. От 3 февраля Никон писал Зюзину: "Из писания твоего, которое мы получили 30 генваря, мы узнали, что Вы печалитесь о нас, но мы милостию Божиею не скорбим, а радуемся о покое своем. Добро архиерейство во всезаконии и чести своей, и надобно поскорбеть о последнем всенародном событии. Когда вера евангельская начала сеяться и архиерейство чтилось в христианских царствах, тогда и самые эти царства были в чести, а когда злоба гордости распространилась и архиерейская честь изменилась, тогда, увы, и царства начали падать и пришли в бесчестие, как известно о греках. То же было и у нас… Довольно указать один случай: безвинного патриарха (Иова) отставили, и еще при жизни его как бы благозаконно возвели Гермогена - и сколько зла произошло от того!.. Твоему благородию небезызвестно, что все архиереи - нашего рукоположения, но не многие из них по благословению нашему служат государю, а кто не благословен, тот ничем не разнится от отлученного… Нам первообразных много, вот реестр их: Иоанн Златоуст, Афанасий Великий, Василий Великий и здешний Филипп митрополит". Т. е. Никон, самовольно оставивший свою кафедру и по оставлении ее имевший все средства к безбедной жизни, не стыдился приравнивать себя по страданиям Златоусту и другим великим страдальцам за истину и правду. В письме от 28 июня Никон говорил: "Вы снова пишете ко мне и по-прежнему скорбите о мне и о моих скорбях, но меня, плачущего, утешит Господь в будущем веке, как обещал любящим Его. А ныне о себе писать нечего, кроме болезней и скорбей многих: едва жив в болезнях своих. Крутицкий митрополит да чудовский архимандрит прислали дьякона Феодосия, жившего у Крутицкого, с многим чаровством меня отравить. И он было отравил, да едва Господь помиловал: бесцем камнем и индроговым песком отпился. Да и иных со мною четырех старцев испортил… Лежал немало без памяти, едва не умер, а старцы по три дня лежали и тем же, чем я, отпилися. И ныне животом скорбен, и впредь не знаю, что будет. О всем этом писано государю к Москве" . Этот черный дьякон Феодосий прибыл к Никону еще в Воскресенский монастырь, в то время как Никон возвратился из Москвы, порассказал ему много худого про Крутицкого митрополита Питирима, у которого прежде жил, и понравился Никону, так что последний взял его с собою в монастыри Иверский и Крестный, велел пребывать в его крестовой службе и иметь пищу с его келейными старцами. Находясь уже в Крестовом монастыре, Феодосий будто бы составил тайно в монастырской бане вместе с портным мастером Тимошкою Гавриловым какую-то отраву, которою и отравил было патриарха Никона. Их, однако ж, в бане видели, когда они приготовляли состав отравы, служилые люди и донесли о том Никону. Никон велел приказному своему дворянину Василию Поскочину расспросить обоих подозреваемых, и Феодосии во всем сознался, подписал вместе с Тимошкою расспросные речи и подал патриарху собственноручную повинную челобитную, в которой поведал, что его послали отравить Никона Крутицкий митрополит Питирим и чудовский архимандрит Павел и посулили ему за то Новгородскую митрополию. Никон отправил 7 июня отписку по этому делу к государю. Царь приказал 5 сентября боярину князю Алексею Трубецкому, думному дворянину Елизарову да думному дьяку Алмазу Иванову вновь расспросить дьякона Феодосия и портного Тимошку против расспросных речей их обоих и повинной челобитной дьяконовой, что присланы были от Никона. Тимошка сначала сказал было, что Феодосий учил его делать какой-то состав, показывал ему какой-то корень, сам повинился при расспросе и подал повинную челобитную. Но Феодосий на очной ставке с Тимошкою совершенно заперся во всем и говорил, что писал повинную челобитную по научению и поневоле за пристрастьем поляка Николая Ольшевского, который бил его плетьми девять раз, и также поневоле по тому же пристрастью подписал и расспросные речи, которые прочитали ему уже после того, как он к ним руку приложил. Затем государь приказал расспросить Тимошку и Феодосия под пыткою. И Тимошка, когда его подымали на дыбы, жгли огнем, били плетьми, повторял одно, что прежде клеветал на Феодосия, что последний не учил его делать никакого состава и не показывал ему никакого корня, что так говорить на Феодосия принудили его, Тимошку, пытками поляк Ольшевский по велению патриарха да находившийся при патриархе стрелецкий сотник Осип Михайлов. А дьякон Феодосий во время таких же страшных пыток утверждал по-прежнему, что Крутицкий митрополит и чудовский архимандрит вовсе не посылали его для отравления Никона, что повинную челобитную подал и к расспросным речам приложил руку поневоле, не стерпя побоев от поляка Ольшевского и сотника Михайлова, и повинную ту принудил его писать Ольшевский по патриархову велению с готового образца - челобитной, которую составил подьячий Васька Ларионов. Таким образом, показания обвиняемых, данные ими в Москве под пыткою, нимало не подтвердили показаний, данных ими в Крестном монастыре. Могло быть, что Никон с своими келейными старцами совершенно случайно принял в пище или питии что-либо ядовитое и, предполагая тут отраву, заподозрил в покушении на нее из числа своих приближенных диакона Феодосия лишь потому, что он пришел от Крутицкого митрополита, а побои при допросе заставили Феодосия наговорить на себя то, в чем он был невинен.

Между тем как Никон проживал в своем Крестном монастыре, царь Алексей Михайлович решился наконец рассмотреть и решить дело об оставлении Никоном патриаршей кафедры и избрании ему преемника, столько уже времени тяготившее всех. С этою целию в феврале 1660 г. царь созвал в Москве Собор и в то же время отправил стольника своего Матвея Степановича Пушкина в Крестный монастырь к Никону спросить его мнения по этому предмету. В 16-й день февраля все собравшиеся на Собор митрополиты, архиепископы, епископы и прочие духовные лица по приказанию государя предстали пред лицо его в Золотой палате, где находились уже бояре, окольничие и думные люди. В своей речи к духовенству государь говорил: "Мать наша, св. соборная Церковь, вот уже год и семь месяцев не имеет жениха и пастыря, с тех пор как бывший ее пастырь самовольно оставил свой престол и отрекся от него. Это видели митрополиты Сарский и Подонский Питирим и Сербский Михаил, Тверской архиепископ Иоасаф, архимандриты, игумены и другие, которые были в тот день с Никоном в службе. От них взяты сказки за их руками, и те сказки мы пришлем к вам на Собор. И вам бы о Св. Духе рассудить о сем крепко, единодушно и праведно, без всякой ненависти и тщетной любви, по правилам св. апостолов и св. отцов, памятуя Страшный суд и воздаяние". На другой день, 17 февраля, Собор открылся в патриаршей крестовой палате. По указу государя боярин Петр Михайлович Салтыков принес на Собор сказки множества лиц, духовных и светских, которые были свидетелями отречения Никона от кафедры или которых посылал тогда царь для переговоров с Никоном, писанные 14 - 15 февраля, следовательно, еще пред открытием Собора. В последующие дни представлены были Собору еще другие сказки, писанные уже 20~22 февраля, следовательно, по открытии Собора. Все эти сказки Собор внимательно выслушивал, сличал, в чем они сходны и в чем несходны, требовал словесных объяснений от свидетелей, писавших сказки и находившихся тут же, которые то подтверждали свои показания, то исправляли или даже давали новые сказки, и пришел к заключению, что "святейший патриарх Никон оставил свой патриаршеский престол своею волею". Об этом послал Собор боярина Петра Михайловича Салтыкова доложить государю. Государь чрез того же Салтыкова указал Собору сделать выписку из правил святых апостолов и святых отцов и на основании ее рассудить "об отшествии бывшего патриарха Никона", а у выписки этой быть архиепископам: Маркеллу Вологодскому, Илариону Рязанскому, Макарию Псковскому, архимандриту чудовскому Павлу и игумену Александрова монастыря Симону. Выписка была сделана не только правил, но и толкований на них. И Собор 27 февраля, выслушав все эти правила и толкования, рассуждал: а) бывший патриарх Никон презрел прошение великого государя чрез князя Алексея Трубецкого не оставлять кафедры; презрел такое же моление архиереев и прочих людей, находившихся при отречении его; не поведал причины своего отречения ни государю, ни архиереям; не оставил о том писания даже всему священному Собору; б) со времени отречения его, Никона, от кафедры прошло уже год и 7 месяцев; в) все свидетели, которые допрашиваны были на Соборе, с евангельскою клятвою подтвердили истинность своих сказок и в этих сказках согласно показали, что Никон отрекся от своего патриаршества и обещался потом не быть на кафедре; г) да и сам Никон в своей отписке государю, которую государь прислал на Собор с боярином Петром Салтыковым, своею рукою написал: "Бывший патриарх Никон". Принимая во внимание все эти обстоятельства и прилагая к ним священные правила, прочитанные на Соборе, Собор выразил свое решение так: "Правила св. отцов все согласно и невозбранно повелевают на место епископа, отрекшегося своей епископии или оставившего ее без благословной причины более шести месяцев, поставить иного епископа".