Спустя два года после ссылки архиепископа Иосифа в Сийский монастырь, туда же сослан был и архимандрит новгородского Хутынского монастыря Феодорит. В царской грамоте (от 26 генваря 1636 г.), которая одна только и сохранила об этом известие, вовсе не сказано, в чем провинился Феодорит и за что он осужден, а велено только сийскому игумену принять Феодорита в монастырь и держать его в хлебне на цепи и в железах с большим береженьем, в хлебню же носить ему и пищу, как и прочей братии, а если он начнет скорбеть и просить отца духовного, то посылать к нему духовного отца и давать ему причастие Святых Христовых Тайн невозбранно.

Патриарху Иоасафу сделалось известным от многих, что в Москве и загородных местах по церквам соборным и приходским чинятся мятежи, соблазн и нарушение веры. Пение церковное говорят наскоро, голосов в пять, шесть и более со всякою небрежностию. А миряне стоят в церкви с бесстрашием, во время святого пения творят неподобные беседы со смехом, поучения святых отцов презирают, наставлений от священников не приемлют и самих священников поносят и укоряют. Иные же священники и сами беседуют и бесчинствуют в церкви и, угождая мирянам, не поучают их благочинию и благоговению. Обедни служат без часов, начиная только отпустом; во дни Великого поста совершают церковные службы весьма скоро, не по правилам, а по своему умышлению; на Святой неделе тотчас после обедни отпевают и вечерню для своих пьянственных нравов; в воскресные и праздничные дни заутрени поют очень поздно и с большою поспешностию, а положенных поучений и житий святых в назидание православным не читают. Пономари по церквам молодые, без жен. Дети поповские и мирских людей во время церковной службы бесчинствуют в алтаре. Нищие во время святого пения ходят по церквам с бесстрашием, человек по десятку и больше, и производят смуту и мятеж, иногда бранятся, иногда и дерутся. Иные полагают на блюдах пелены и свечи и говорят, что собирают на созидание церквей; иные притворяются малоумными, а после оказываются целоумными; иные ходят в образе пустынническом, в черных одеждах и в веригах, распустив волосы, а иные во время святого пения ползают в церквах, творят писк и производят большой соблазн в простых людях… и пр. Слыша о таком крайнем бесчинии в святых Божиих церквах, о таком нерадении духовенства, патриарх Иоасаф дал 14 августа 1636 г. на имя своего тиуна Ивана Манойлова и одного из главных поповских старост в Москве, никольского попа Панкратия, свою "Память" и приказал, чтобы они собрали всех поповских старост, прочитали им эту "Память" и велели списать ее и в списках разослать по всем московским и загородным церквам. В "Памяти" патриарх наказывал: а) чтобы священники и диаконы жили со всяким благочинием и попечением о своих церквах и церковное пение исправляли по преданию святых апостолов и святых отцов, пение церкви велели говорить голоса в два, а по нужде в три, шестопсалмие же только в один голос и в те поры ни Псалтири, ни канонов говорить не дозволяли; б) чтобы православные христиане стояли в церкви со страхом и благоговением, слушали церковное пение и поучения, неподобных бесед между собою не творили; в) чтобы заутрени в воскресные и праздничные дни пели священники по рассуждению не очень поздно и не очень скоро, читали на заутренях для народа учительные Евангелия, поучения и жития святых отцов, повести из Прологов и статьи из других учительных книг, какие есть в церкви; г) чтобы часы велели говорить перед обеднею, а не после заутрени и с усердием заботились о соблюдении всего церковного правила; д) чтобы учили своих духовных детей и прочих христиан, приходящих в церковь, страху Божию и всякому благочинию и наставляли их, как молиться Богу и Его угодникам, как по-христиански проводить праздники и воскресные дни, как вообще отсекать злые нравы и исполнять заповеди Божии; е) чтобы пономарей при церквах молодых и неженатых не держали; ж) мирянам и поповским детям входить в алтарь не позволяли; з) нищим ходить по церкви во время богослужения и просить милостыни запрещали, а велели им стоять и просить милостыни вне церкви, в притворе церковном… В заключение "Памяти" патриарх приказывал тиуну Манойлову и никольскому попу Панкратию прочитывать ее почаще поповским старостам в своей тиунской избе, куда они собираются, и напоминать им, чтобы они тщательно наблюдали за исполнением ее и соблюдением церковного благочиния "в своих сороках", а о неисправных и нерадивых священниках извещали патриарха.

Но не в одной Москве были такие священники и допускались тогда подобные бесчиния. Архимандрит нижегородского Печерского монастыря Макарий, на которого, как видно, возложено было главное наблюдение за всем нижегородским духовенством, доносил вскоре по вступлении в свою должность патриарху Иоасафу: "Спасский протопоп Владимир с братнею упивается и на Собор в соборную церковь для молебных пений по воскресеньям… мало ходят; протопоп архангельский Иосиф с братиею на Собор также мало ходят, а оправдывается тем, что он сидит у твоих государевых святительских духовных дел на десятинничьем дворе. Равно и от посадских церквей попы и дьяконы на Собор многие не ходят, а если когда и придут некоторые в соборную церковь, то или войдут в алтарь, или станут в самой церкви, но за столпами да тут и простоят, не облачаясь в священные ризы, все считаются между собою о местах, и никто не соглашается стать после другого. Архимандрит твоего домового Благовещенского монастыря Ферапонт на Собор не ездит, потому что протопопы в соборной церкви места ему не дают, также Духова монастыря игумену Владимиру и Самсоновского монастыря игумену Варсанофию протопопы мест не дают. Исстари из тех монастырей и из Зачатиевского девичьего игумены, попы и дьяконы прихаживали на Собор в соборную церковь с образами, ныне же совсем не ходят. А на посаде у приходских церквей живут с образами по два и по три попа, но на Собор также не приходят. Я много раз говорил на Соборе нижегородским протопопам и попам соборных и приходских церквей, что они на Собор к молебному пению не приходят, но они меня не слушают". Случались нарушения благочиния и между церковными властями, когда они съезжались в Москву на Соборы, и участвовали здесь в соборных богослужениях, и приглашались к царю для трапезы или к патриарху для совещаний. Тут проявлялось своего рода местничество: иные хотели стоять и сидеть выше других, и оттого происходили столкновения. Для устранения этого патриарх Иоасаф составил "Лествицу властем", в которой ясно указал каждому из архиереев и монастырских настоятелей свое место. Архиереи поставлены в "Лествице" в следующем нисходящем порядке: митрополиты: Новгородский, Казанский, Ростовский, Сарский; архиепископы: Вологодский, Суздальский, Рязанский, Тверской, Астраханский, Сибирский, Псковский; епископ Коломенский. Настоятели монастырей - в таком: архимандриты: Троице-Сергиева монастыря. Рождественского владимирского, Чудова, Новоспасского, Юрьевского новгородского, Симоновского, Свияжского, Андрониевского, Преображенского казанского, Ипатского костромского, Печерского нижегородского, Хутынского новгородского; игумен Кирилло-Белозерского монастыря; архимандриты: Горицкого переславского, Лужецкого можайского, Богоявленского ростовского; игумены: Богоявленского костромского, Богоявленского из-за ветошного ряду; архимандрит Спасского ярославского монастыря; игумены: Пафнутиевского боровского, Иосифо-Волоколамского; архимандрит Спасского суздальского; игумен Антониевского новгородского; архимандрит Печерского псковского; игумены: Соловецкого, Желтоводского Унженского; архимандриты: Спасского рязанского, Каменного вологодского, Отроча тверского, Возмицкого волоколамского, Даниловского переяславского; игумены: Ферапонтовского белозерского, Борисоглебского ростовского; архимандрит Солотчинского рязанского; игумены: Прилуцкого вологодского, Болдина дорогобужского, Вяжицкого новгородского, Духовского новгородского, Сторожевского звенигородского, Павлова вологодского, Глушицкого вологодского, Колязинского, Корнилиевского вологодского, Никитского переяславского, Колоцкого можайского и Угрешского. Перечислены здесь настоятели только 46 главнейших монастырей, обыкновенно призывавшиеся на Соборы в Москву, и, замечательно, некоторые игумены поставлены выше архимандритов, конечно, по относительной важности самих монастырей.