В тот самый день, когда общество иноков виленского Троицкого монастыря по чину святого Василия получило от короля такую важную привилегию, оно увеличилось и в своем объеме: грамотою 31 марта 1613 г. король присоединил к виленскому Троицкому монастырю монастырь минский Вознесенский, с тем чтобы последний получал себе настоятелей от первого, оба монастыря составляли как бы один монастырь под высшею властию троицкого архимандрита и братия того и другого монастыря считались за одно братство и общество. Но Рутский этим не удовольствовался: ему хотелось большего. Все русские общежительные монастыри в литовско-польских владениях еще до унии устроялись по одному главному уставу - по уставу святого Василия Великого, но они имели также и свои частные уставы и еще более разделялись тем, что, находясь в разных епархиях, подчинялись каждый только своему настоятелю и своему епархиальному владыке. В таком виде русские православные монастыри перешли мало-помалу и в руки униатов. Рутский задумал все эти униатские монастыри соединить как бы в один общий монастырь вместе с виленским Свято-Троицким и из всех униатских иноков образовать одно общество, или братство, по образцу братства иезуитского. С этою целию он в 1617 г. созвал в имение свое Новогродовичи (Минской губернии) на съезд, или конгрегацию, всех настоятелей и других представителей униатских монастырей и пригласил по сношению с иезуитским провинциалом двух ученых иезуитов в качестве советников и руководителей. Конгрегация имела десять заседаний и постановила: все униатское монашество в Литве освобождается из-под власти епархиальных архиереев и составляет одно самостоятельное общество под именем ордена базилианского, т. е. святого Василия Великого, почему сам митрополит Рутский, председательствовавший на съезде, должен был присягнуть, что он не будет нарушать права нового ордена. Генералом, или начальником, ордена состоит протоархимандрит с четырьмя при нем советниками. Все они, как протоархимандрит, так и советники, избираются из среды самого ордена на общем съезде митрополитом, монастырскими настоятелями и послами от монастырей, причем митрополит имеет два голоса. Протоархимандрит с своими советниками управляет орденом, определяет монастырских настоятелей и отставляет их, объезжает все монастыри ордена для непосредственного наблюдения за их устройством и поведением иноков, созывает базилиан на съезды и пр. Базилианский орден (вместо общества иноков одного виленского Троицкого монастыря) принимает в свои руки все униатское образование и воспитание, церковное и народное, все униатские школы. Поэтому съезд утвердил оба училища, основанные уже виленскими иноками в Новогрудке и Минске; причислил три монастыря, существовавшие в Овруче, со всеми их имениями к виленскому Троицкому монастырю для поддержания находившейся в нем главной униатской семинарии и строго приказал настоятелям монастырей усилить образование базилианских клириков и воспользоваться 22 стипендиями, предоставленными папою униатскому духовенству по разным алюмнатам (семинариям) - в Риме, Вильне и других местах. Все униатские епископы должны быть избираемы только из членов базилианского ордена, и сам митрополит не вправе назначить себе викарного, как будущего преемника, без согласия базилианского протоархимандрита и его советников. При каждом епархиальном архиерее должен находиться один из базилиан по назначению протоархимандрита. Все это показывает, что базилианский орден основан был с целию не только служить своими собственными интересами, т. е. укреплению и возвышению униатского монашества чрез его образование и улучшение его жизни, но служить вместе интересам всей униатской Церкви, ее распространению, укреплению и возвышению, в особенности возвышению ее иерархии чрез образование и воспитание приходского духовенства и народа и чрез замещение архиерейских кафедр достойнейшими членами ордена. Это последнее средство действительно могло возвысить униатскую иерархию, потому что отселе архиерейское достоинство делалось доступным только людям, получившим богословское образование и подготовленным к такому высокому служению Церкви, между тем как прежде король раздавал русские епархии почти исключительно лицам светским, вовсе не соответствовавшим ни по умственным, ни по нравственным качествам своему новому призванию. Кстати заметим, что другого возвышения, о котором мечтали униатские владыки в самом начале унии, они никак не могли добиться. В 1615 г., генваря 20-го Рутский усильно просил членов Слонимского съезда походатайствовать на генеральном сейме пред королем и всеми панами, радами и послами, чтобы высшее униатское духовенство заседало в сенате наравне в римским, но не имел успеха. Желая утешить Рутского и показать ему свое благоволение, папа Павел V в том же году удостоил его чести иметь седалище в кругу собственных сенаторов и сделал его одним из своих ассистентов.
Вскоре после вступления своего на митрополитскую кафедру Рутский, вероятно, сделал попытку в видах большего сближения униатов с латинянами, чтобы униатские священники совершали службы и в костелах, а ксендзы - в униатских церквах и чтобы униаты крестили своих детей и исповедовались у ксендзов, как у своих священников. Ибо не без причины же 17 октября 1614 г. жители города Ратна вместе с своими священниками обратились к Рутскому с челобитною, в которой, называя его своим милостивым пастырем и отцом и испрашивая себе его благословения, просили вместе, чтобы им дозволено было оставаться при всех стародавних церемониях и богослужении святой Восточной Церкви, держаться старого календаря и по нему совершать свои праздники; чтобы униатские священники не отправляли служб в костелах, а только в своих церквах, униатских детей крестили только свои священники, а не ксендзы и униатов не заставляли исповедоваться у ксендзов. В заключение просители присовокупляли: "Мы признаем и таинства Римской Церкви за таинства и имеем католиков за наших братий, а не за еретиков, но усердно просим нашего милостивого пана и пастыря оставить нас при нашей стародавней церковности, при наших таинствах и обрядах". Впрочем, могло быть, что Рутский решился было на такую попытку не по доброй своей воле, а под давлением или латинских прелатов и иезуитов, или даже короля. По крайней мере в следующем году сам Рутский писал к папе Павлу V, что попытка эта многих соблазняет, и по его настоятельным просьбам папа издал бреве (10 декабря 1615 г.), которым повелевал: отнюдь не изменять и не касаться всех священных обрядов и церемоний, какими пользуются униаты в своем богослужении и при совершении таинств, если обряды те и церемонии не противны истине католической веры и общению с Римскою Церковию, как и было обещано при начале унии папою Климентом VIII и еще прежде постановлено на Флорентийском Соборе. Папа дозволил только по просьбе Рутского другою своею грамотою, данною в тот же день, чтобы в случаях нужды униатские высшие духовные лица получали посвящение при соучастии (assistentibus) двух или трех латинских епископов, а латинские такие же лица - при соучастии двух или трех униатских епископов.
Главным поприщем борьбы между униатами и православными и во дни митрополита Рутского был город Вильна. Здесь преимущественно действовали друг против друга два монастыря: Свято-Троицкий униатский с своим братством и Свято-Духовский православный с своим братством. Архимандритом Троицкого монастыря оставался сам Рутский, хотя находились в монастыре и другие архимандриты, вероятно, в качестве наместников митрополита: с 1614 г. Иоасаф Кунцевич, настоятельствовавший пред тем понемногу в монастырях Бытенском и потом в Жировицком, а с 1617 г. Лев Кревза. Средства Троицкого монастыря постоянно увеличивались. Кроме прежних имений, которые он приобрел еще до унии, кроме недавно переданных ему плаца и домов Пятницкой церкви в Вильне он владел уже имениями пяти других монастырей, к нему присоединенных: Брацлавского, минского Вознесенского и трех овручских. Теперь Рутский подарил Троицкому монастырю (1613) еще свое отцовское имение Руту, находившееся неподалеку от Новогрудка; король вновь приказал (6 августа 1614 г.) виленским медовым братствам отдавать на Троицкий монастырь половину их доходов, которые все назначил было три года тому назад на возобновление погоревших в Вильне русских церквей, а какой-то земский виленский писарь Ян Коленда подарил тому же монастырю (20 июня 1619 г.) свой дом, который с дозволения Рутского построил на плацу бывшей русской церкви Козмы и Дамиана. Казалось, довольно имел Свято-Троицкий монастырь, но ему хотелось иметь и то, что принадлежало его соседу, хотелось отнять у Свято-Духовского монастыря все, чем он владел, даже самое право на существование. Начать это дело Рутский предоставил Свято-Троицкому братству.
