Гнев Потея, естественно, обратился и на все виленское Троицкое братство. А надобно заметить, что братство это было еще тогда очень многочисленно и в числе членов своих имело "княжат, панят, сенаторов, рыцарство и иных людей вшелякой кондиции", живших в разных местах Литовского края. Потей начал действовать против братства и сам непосредственно, и чрез виленских бурмистров, радцев и лавников русской веры, которые, к прискорбию, были на ту пору из числа лиц, склонных к унии, и, руководимые Потеем, старались принудить к унии и членов Троицкого братства. Братство имело у себя при церкви Святого Духа двух священников: Карпа Лазаревича и Григория Ждановича, которые рукоположены были экзархом Цареградского патриарха Гедеоном Балабаном. Потей захотел отнять у братства этих священников и к 20 июля 1601 г. потребовал их к себе на суд за то, что они помимо его, митрополита, приняли священство от Львовского епископа и священствуют в митрополичьей епархии. Требование Потея встревожило братство и особенно ктиторов Свято-Духовской церкви. И вот 20 июля отправились в митрополичий дом у Пречистенского собора воевода смоленский Ян Абрамович, подкоморий троцкий князь Богдан Матвеевич Огинский и подстолий троцкий князь Богдан Федорович Огинский вместе с двумя священниками братства, имея при себе трех возных Виленского повета и с ними семь шляхтичей. Как только Потей принял пришедших, тотчас воевода смоленский и подкоморий троцкий сказали ему, первый - от имени своей жены, урожденной Волович, строительницы Свято-Духовской церкви, и сам от себя как ее опекун, а последний - от себя и от имени воеводы брестского Зеновича и его жены, урожденной Волович, другой строительницы той же церкви, и вместе от имени всех сенаторов, рыцарства и прочих братий и сестер Свято-Духовского братства как основателей и властных опекунов и патронов братской церкви, на шляхетских грунтах построенной: "Господине отче! Узнав, что на нынешний день ваша милость своими позвами потребовал пред себя священников Виленского церковного братства, мы по поручению всего братства явились дать тебе объяснение. Не только священники, но и все православные обитатели Вильны всегда покорялись Киевским митрополитам, доколе они сами находились в послушании Константинопольским патриархам. Но когда ты и покойный митрополит Михаил Рагоза с некоторыми владыками отреклись от патриарха и поддались папе, желая увлечь за собою мирян, то едва не все христианство греческой веры во владениях нашего короля, равно и Виленское церковное братство, в котором немало есть князей, панов, сенаторов и всяких шляхтичей, протестовали против вас и отказались повиноваться еще митрополиту Рагозе. Эти протестации они повторяли потом на всех сеймиках и генеральных сеймах, прося короля дозволить им оставаться при стародавних вольностях, под благословением Цареградского патриарха. И король, желая успокоить волнение, дозволил нам своею грамотою спокойно оставаться при нашем исповедании, пока дело не будет рассмотрено на сейме. Но оно и доселе еще окончательно не решено на сейме, и мы, оставаясь при наших прежних протестациях против вас и при наших прежних вольностях, совершенно вправе иметь у себя своих православных священников при нашей братской церкви, построенной на нашем властном шляхетском грунте. А как они не признают тебя за своего пастыря, то и не обязаны становиться пред тобою и слушаться тебя. Если кому до них есть дело, мы их господа и готовы всегда и везде взыскивать с них и заступаться за них". Потей отвечал: "До ваших грунтов и до вашей церкви я не имею ничего и не хочу в то мешаться; я имею дело только до ваших попов, которые, живя в моей епархии, не могут быть изъяты из-под моей власти". Присутствовавший при этом наместник виленский Станислав Пукшта счел нужным от имени воеводы виленского Радзивилла, находившегося тогда на войне, напомнить Потею, чтобы он не нарушал ничьих прав в Вильне и не посягал на братских священников, которые, оставаясь православными, по силе своих протестаций вовсе не подлежат его власти и живут здесь под обороною воеводы. Наконец, начали было и сами священники говорить Потею, почему они не признают его своим пастырем, но он не захотел их слушать и велел им явиться на следующий день. Тогда священники положили на столе пред Потеем свое письменное объяснение, наперед приготовленное, и, призывая как свидетелей бывших тут возных и шляхтичей, заявили, что они не признают Потея своим пастырем и не обязаны слушаться его и являться к нему. Несмотря на это, Потей потребовал к себе священников в другой раз к 27 и в третий к 31 июля. И как они лично к нему не явились, то судил их заочно и присудил к низвержению, а король, по доносу Потея, осудил их как непокорных и бунтовщиков на баницию. Виленское церковное братство осталось без священников.
Виленские бурмистры, радцы и лавники еще в 1596 г. жаловались королю, что Свято-Троицкое братство без их ведома испросило себе у него грамоту (от 9 декабря 1592 г.), которою братские дома в Вильне освобождены от постоя и других городских повинностей и которою нарушаются право и интересы всего города. Король тогда же (24 января) приказал братству прислать своих уполномоченных на королевский суд для ответа. Но разбирательство этой жалобы по разным причинам отлагалось с году на год. Братство, не надеясь найти правосудия у короля, явно не благоприятствовавшего православным, желало только одного, чтобы дело это разбиралось не задворным королевским судом, где все решал канцлер с несколькими находившимися при короле сенаторами или коронными чиновниками, а на генеральном, или вальном, сейме. Об этом не раз просило братство короля, на это согласились было и уполномоченные виленского городского управления во время сейма 1600 г. и дали даже письменное обязательство, что они перенесут свой спор с братством из задворного королевского суда на решение следующего генерального сейма. Но когда король прибыл в Вильну, бурмистры и радцы вопреки данному обязательству упросили короля порешить их спор с братством задворным королевским судом, воспользовавшись отсутствием из Вильны знатнейших членов братства, и успели получить королевский декрет, которым уничтожались привилегии братства. Не довольствуясь этим, бурмистры начали домогаться, чтобы отнять у братства и самые домы, где помещались братское училище и братская богадельня. Когда открылся сейм 1603 г., братство выслало туда своего уполномоченного, горько жаловалось на притеснения и обиды со стороны Потея и бурмистров и умоляло членов сейма походатайствовать пред королем, чтобы претензии виленских бурмистров против братства были рассмотрены на сейме, чтобы отменен был декрет королевского суда, уничтожавший привилегии братства, и чтобы снята была баниция с двух братских священников, несправедливо осужденных Потеем. Жалобы братства приняты были многими на сейме с большим сочувствием, но сейм этот разошелся преждевременно и в пользу братства не успел ничего сделать.
Таким образом, Потей уже одержал над братством и вообще над православными в Вильне немалые успехи. Он оттеснил братство от Троицкого монастыря, запечатав придел Троицкой церкви, в котором проповедовал Зизаний и который один только и принадлежал братству; отнял у братства обоих священников, которых оно имело у своей церкви Святого Духа, и если еще не совсем отнял при помощи бурмистров самые привилегии братства, то сделал их спорными и сомнительными. Оттеснив братство от Троицкого монастыря. Потей основал при нем еще в 1601 г. свой униатский митрополичий коллегиум, или семинарию и 15 августа "иеромонах и презвитер надворный" митрополита Потея по его приказанию "подал в моц и в держане честному Петрови Федоровичу Сурометниковичу, старшому на тот час того семинариум", фольварк Печерск с двумя селами, принадлежавшими митрополиту. Этот Петр Федорович был первым ректором основанной в Троицком монастыре униатской семинарии и в 1604 г., конечно по поручению Потея, издал книгу под заглавием: "Оборона Собору Флорентийского Осмаго против фальшивому, недавно от противников згоды выданному" (т. е. против "Истории о листрийском, разбойническом… Соборе", изданной в 1598 г. в Остроге; а какой-то виленский архимандрит Геласий Русовский перевел названную книгу и на польский язык и издал тогда же.
