Митрополит Иов и его советники-епископы давно уже поняли, что нечего им ждать защиты и справедливости от польского правительства и, естественно, устремляли свои взоры к единоверной и единоплеменной Москве. Надобно допустить, что Иов еще вскоре после посвящения своего на митрополию сообщил о себе известие московскому государю Михаилу Федоровичу и патриарху Филарету Никитичу, потому что в 1622 г. прислал к тому и другому, как уже им известный, свои ходатайственные письма за митрополита Пелагонского Иеремию, проезжавшего чрез Киев в Москву для испрошения милостыни. К концу того же года отправил в Москву из своего лубенского Преображенского монастыря проживавший там епископ Исаия Копинский двух старцев с письмами к царю и патриарху (от 4 декабря), где, именуя себя "епископом и эксархою Малой Росии, земли Киевской" и горько жалуясь на притеснения от униатов, просил милостыни для себя и для 150 иноков и послушников своей обители. Царь и патриарх отвечали Исаии также письмами (от 14 сентября 1623 г.) и послали ему своего жалованья три сорока соболей. В августе 1624 г. Иов митрополит отправил в Москву три письма, одно к царю, другое к патриарху, третье к думному дьяку Грамотину, с Луцким епископом Исаакием Борисковичем, который ехал туда и по своему частному делу. В пограничном городе Путивле Исаакий заявил воеводам, что он поставлен во епископа Иерусалимским патриархом Феофаном и сначала жил в луцком Преображенском монастыре, но когда король польский в 1623 г., в Филиппов пост прислал в Луцк униатского епископа Иеремию Почаповского и там начали угнетать православных, а его, Исаакия, хотели даже убить, то он удалился в Киев, в Печерский монастырь и, купив себе в Волынской земле пустыньку, едет теперь в Москву за милостынею, чтобы устроить в той пустыне для своего местопребывания монастырек во имя Успения Пресвятой Богородицы. Заявил также, что польский король собирает много войска, чтобы побить запорожских казаков и разорить православную веру, и что он, Исаакий, везет в Москву от своего митрополита Иова Борецкого три письма и имеет еще словесные духовные дела к патриарху Филарету. Воеводы дали о всем знать государю и послали к нему письма митрополита Иова вместе с письмом самого Исаакия. Во всех своих письмах (от 24 августа) митрополит просил, чтобы Исаакия свободно пропустили в Москву, дали ему милостыни и верили ему во всем, что будет говорить, как "мужу, тайну царскую могущему сохранити". О том же просил в своем письме и Исаакий. Царь дал приказ отпустить из Путивля в Москву епископа Исаакия с его спутниками. В генваре 1625 г., 4-го числа Исаакий представлялся царю Михаилу Федоровичуи поднес ему деревянный крест с мощами от Святой горы да мощи святой великомученицы Варвары и получил государева жалованья: сребропозлащенный кубок с крышкою, 12 аршин камки, 13 аршин обьяри багровой,. 40 соболей и 35 рублей деньгами. В феврале, 10-го числа представлялся патриарху Филарету и поднес ему святое миро и греческую книгу - жития святых, а от него получил образ, обложенный серебром, сребропозлащенный кубок, 12 аршин камки, 40 соболей и 25 рублей деньгами. Да кроме того, выпросил для своего будущего монастыря богослужебные книги: напрестольное Евангелие, Апостол, Служебник, Октоих и Триоди, постную и цветную. По другому, более важному делу, о котором поручено было Исаакию доложить царю и патриарху только на словах, Исаакий имел беседу 14 генваря на Казенном дворе по указу государеву с князем Иваном Борисовичем Черкасским да с думным дьяком Грамотиным. Исаакию было поручено, как объяснял он боярам, бить челом великому государю, чтобы он принял Малороссию под свою высокую руку и защитил ее от поляков. Но бояре отвечали Исаакию: "Из твоих речей видно, что мысль эта в вас самих еще не утвердилась и не окрепла между вами и что казаков не будет столько, чтобы они одни могли стоять против поляков, да к тому ж весною казацкое войско собирается идти морем на турок, так теперь царскому величеству этого дела начать нельзя. Но если и вперед вам будет утеснение в вере от поляков, а у вас против них будет соединение и укрепление, тогда вы дайте знать царскому величеству и святейшему патриарху, и они будут о том мыслить, как бы православную веру и церкви Божии и вас всех от еретиков в избавленье видеть". Исаакий сказал: "У нас та мысль крепка; мы все царской милости рады и под государевою рукою быть хотим; об этом советоваться между собою будем, но теперь боимся, если поляки на нас наступят скоро, то нам, кроме государской милости, деться негде. Если митрополит, епископы и войско запорожское прибегнут к царской милости и поедут на государево имя, то государь их пожаловал бы отринуть не велел, а им кроме государя деться негде". Таким образом предложение, привезенное Исаакием, в Москве найдено только преждевременным, но не было отвергнуто. Исаакию дано даже обещание помощи, и он (23 февраля) отпущен был с честию. Государь пожаловал ему еще три сорока соболей ценою на сто рублей и поручил доставить митрополиту Иову пять сороков соболей на триста рублей, а патриарх послал чрез Исаакия на благословение Иову образ Пресвятой Богородицы в сребропозлащенном окладе с каменьями.
После этого сношения западнорусского духовенства с Москвою не только не прекращались, но еще усиливались. В начале 1625 г. (30 генваря) присылал сюда за милостынею Перемышльский епископ Исаия Копинский старцев из своих монастырей, Ладинского, Прилуцкого и Лубенского, и письмами своими благодарил царя и патриарха за пожалованные ему прежде три сорока соболей. В октябре того же года прибыл в Москву Владимирский епископ Иосиф Курцевич, оставшийся здесь навсегда, и к нему вскоре прибыли в качестве его послушников несколько иноков из разных западных монастырей. К концу того же октября присылал к царю Михаилу Федоровичу из города Галича строителя Спиридона Львовский епископ Иеремия Тиссаровский с жалобою на притеснения от поляков и с просьбою о милостыне. Примеру своих владык подражали и западнорусские монастыри. Из некоторых монастырей приходили в Москву иноки, с тем чтобы навсегда остаться в каком-либо великороссийском монастыре, и с дозволения государя оставались. Такие пришельцы были: в ноябре 1624 г. иеромонах и три монаха из прилуцкого Густынского монастыря; в ноябре следующего года - старец из Киево-Печерского монастыря; в июле 1626 г. шесть старцев из Лубенского Мгарского монастыря. Большею частию западные монастыри присылали в Москву за милостынею. С этою целию приходили старцы: в генваре 1626 г. - из Спасского Бежецкого монастыря; в мае того же года из Почаевского монастыря; в генваре 1627 г. - из Чигиринского монастыря, а в феврале - из монастырей Трехтемиров-ского и Каневского; в марте 1628 г. из монастырей виленского Свято-Духовского и галичского Скитского. Таким образом мало-помалу устроялось и утверждалось сближение православных Западнорусского края с православными Московского государства.
Не напрасно епископ Исаакий Борискович выражал в Москве опасение, как бы поляки не наступили скоро на Украйну. В сентябре того же 1625 г. польский гетман Станислав Конецпольский действительно вступил в нее с 30000 своего войска и с 3000 немцев, и между русскими пронеслась весть, что гетман пришел уменьшить запорожское войско и ввести в Киеве и других городах латинскую веру вместо православной. Разорив несколько казацких поселений, Конецпольский 26 октября нанес казакам сильное поражение, так что они увидели себя в необходимости, избрав себе нового гетмана Михаила Дорошенку, вступить с поляками в переговоры. Составилась комиссия, которая в числе других обвинений против казаков выставляла и то, что они принимают к себе из Турции духовных и разных обманщиков, каков был патриарх Феофан, и вопреки королевской власти посадили себе новых владык и митрополита при жизни старых; еще и то, что они недавно в Киеве схватили войта, человека доброго, и мещан, заключили их в тюрьму, умертвили попа (униатского), отняли землю у монастыря (униатского). Казаки на это отвечали: "О патриархе и духовных наших король давно знает; мы и духовные наши пред ним оправдались… Что же касается войта киевского, и попа, и других, то, видя, какие притеснения терпят церкви наши старой греческой религии в княжестве Литовском, на Белой Руси, на Волыни и Подоле, как не позволяют духовным нашим отправлять в них богослужение, выгоняют их из приходов, отдают во власть униатов, остерегаясь, чтобы и нам того же не было, видя, что по поводу этого попа войт в Киеве не только церкви печатает, доходы отнимает, но и митрополита и нас ругает, видя все это, могли ли мы терпеть? Отдаем на рассуждение ваших милостей. А земля, взятая у монастыря киевского, принадлежала церкви св. Василия, а не ему". Переговоры кончились тем, что число реестровых казаков было крайне уменьшено и ограничено только 6000, и казаки обязались не сами избирать себе старшего, или гетмана, а повиноваться тому старшине, которого будет назначать им из их же среды король или по воле короля гетман коронный, хотя все это выполнялось недолго (Соловьев. 10. 96 - 101). Надежда православных на защиту от казачества должна была сильно поколебаться.