Не могло быть угодным духовенству Уложение царя Алексея Михайловича и своим решением вопроса о церковных имениях. Еще в 1580 г. Собором и синклитом с утверждения государя было постановлено, чтобы владыки и монастыри довольствовались только теми имениями, какими уже владели, и не покупали себе новых земель и вотчин, не принимали их в заклад и чтобы вотчинники своих вотчин по душам в монастыри не отдавали, а давали бы деньгами, сколько будет стоить жертвуемая вотчина, и только бедным монастырям, которым нечем жить, дозволено было бить челом государю о пожаловании их землею. Потому-то при первых наших патриархах, Иове и Гермогене, как мы видели, наши государи лишь подтверждали владыкам и монастырям прежние жалованные им грамоты на земли и вотчины, а вновь жаловали земельные владения только новым архиерейским кафедрам и новым монастырям. То же продолжалось и при патриархе Филарете и двух его преемниках. Царь Михаил Федорович дал подтвердительные грамоты, например, патриарху Филарету на Ржевскую десятину (1619), митрополиту Новгородскому Макарию (1623) и Коломенскому епископу Рафаилу (1627) на все их владения, также монастырям: Николаевскому корельскому, Васильевскому ладожскому, Вяжицкому, Кирилло-Белозерскому, Иосифо-Волоколамскому, Троицкому астраханскому, Покровскому суздальскому, Симонову и другим на все их владения. В этих грамотах подтверждались и все прежние права и привилегии духовных владельцев по управлению и суду в их вотчинах. А когда основалась новая архиерейская кафедра в Сибири и возникло там несколько новых монастырей, царь не замедлил назначить и кафедре и монастырям жалованье и наделить их землями. Иным монастырям, не жалуя новых земель и вотчин, жаловал или подтверждал другие льготы, доставлявшие им средства для жизни. Пожаловал, например, грамоты монастырям: Спасо-Прилуцкому на беспошлинную продажу 14000 пудов соли. Соловецкому на такую же продажу 100000 пудов соли, Кирилло-Белозерскому на такую же продажу 40000 пудов соли, Архангельскому на такую же продажу 7000 пудов соли, Никольскому песношскому на взимание таможенных пошлин в селе Рогачеве, Васильевскому ладожскому на беспошлинную ловлю рыбы на монастырских тонях, Успенскому староладожскому на такую же ловлю рыбы в Волхове. Духовенству новгородского Софийского собора приказал выдавать по-прежнему денежную и хлебную ругу и предоставил пользоваться сбором венечной пошлины в Новгороде и Новгородских пятинах; серпуховскому протопопу с братиею также подтвердил (1624) прежде пожалованные им грамоты. Во всех этих действиях Михаил Федорович не переступал пределов упомянутого постановления 1580 г. Но в других действиях он переступил эти пределы. Он начал раздавать села и земли и таким духовным владельцам, которые отнюдь не были бедны и имели чем жить: пожаловал своему отцу патриарху Филарету в 1619 г. две трети Варзужской волости в Двинской земле и дозволил ему принять село Бели с деревнями вкладом от частного лица, в 1621 г. пожаловал село Ярымово и сельцо Мартово с деревнями в Муромском уезде и село Сельну в Переяславском уезде, в 1626 г. - порожнее дворовое и огородное место в Москве за Никитскими воротами, в 1631 г. село Дмитровское в Московском уезде; патриарху Иоасафу в 1636 г. пустопорожнее место в Астрахани под двор для рыбного промысла; Саввино-Сторожевскому монастырю в 1644 г. - сельцо Иванково с семью пустошами. В то же время дозволил духовным владельцам приобретать себе новые владения покупкою: патриарху Филарету в 1631 г. проданы по указу царя ненаселенные земли из дворцовых имений, а патриархом Иосифом в 1644 г. куплены населенные и ненаселенные земли от частных лиц. Разрешил также делать и принимать в монастыри и архиерейские домы земельные вклады, когда в 1628 г. приказал писать в жалованных вотчинных грамотах: "Вотчинником, которым по государеву указу вотчины даны за службу, и их детем, и внучатом, и правнучатом выслуженные вотчины волно продати и заложити и в монастырь по душам дати", хотя эти вкладные вотчины и могли быть потом выкуплены родственниками вкладчиков или казною (Уложение. Гл. 17. Ст. 42). И потому, например, патриарший дом получил вкладами: от неизвестного загородный двор в Москве за Мясницкими воротами и от черного попа Иоиля Киселева половину деревни Лысчиково с пашнею, лугами, лесами и всякими угодиями в Нижегородском уезде. Таким образом духовенству вновь открывались все главные пути к увеличению своих земельных владений. Но Уложение царя Алексея Михайловича разом преградило эти пути следующею статьею: "Впредь с нынешнего Уложения патриарху, и митрополитом, и архиепископом, и епископом, и в монастыри ни у кого родовых, и выслуженных, и купленых вотчин не покупати, и в заклад не имати, и за собою не держати, и по душам в вечной поминок не имати ни которыми делы… а вотчинником никому вотчин в монастыри не давати" (гл. 17. Ст. 42). Не довольствуясь этим, стольники, и стряпчие, и дворяне московские, и все выборные люди Русской земли, присутствовавшие при составлении Уложения, били челом государю, чтобы он велел отобрать у патриарха и прочих архиереев, и у монастырей, и у протопопов и попов все вотчинные земли, которые даны им или приобретены ими после 1580 г. вопреки состоявшемуся тогда постановлению, и раздать служилым людям, и бедным дворянам, и детям боярским. И царь приказал (9 ноября 1648 г.) немедленно сделать и представить ему выписку, сколько с 1580 по 1648 г. вотчинных земель пожаловано государями архиереям, монастырям и церквам, сколько куплено ими самими или принято в залог и сколько дано им от разных лиц вкладами на вечный поминок, хотя ниоткуда не видно, чтобы царь действительно отобрал потом у духовенства все эти вотчины. Кроме того, в Уложении было узаконено также к огорчению духовенства: "А будет кто вотчинник, какова чину ни буди, или вдова постригутся, а за ними родовые, или выслуженные, или купленные вотчины, и им тех вотчин в монастыри не отдавати, а самим теми вотчинами, постригшися, не владети", между тем как доселе в России вотчинники и после пострижения своего в монашество свободно располагали своими вотчинами и могли давать их вкладами в монастыри и церкви (Уложение. Гл. 17. Ст. 43).

Допуская мысль, что после таких узаконений, изложенных в Уложении царя Алексея Михайловича, церковные имения у нас не увеличивались или мало увеличивались в первые годы, мы имеем возможность составить довольно верное понятие о размере этих имений около половины XVII в. В 1655 г. за патриархом числилось 6432 крестьянских двора, а за Новгородским митрополитом - 1432 двора. В 1661 г., 18 декабря взята из Монастырского приказа подробная роспись, сколько было тогда за всеми монастырями в России крестьянских дворов. Всех монастырей, владевших вотчинами, насчитано в росписи 476. Из числа их только шесть имели каждый более двух тысяч крестьянских дворов, именно: Троице-Сергиев - 16382 двора, Кирилло-Белозерский - 3855 дворов, Спасский в Ярославле - 3819, Симонов в Москве - 2192, Печерский в Нижнем - 2147, Чудов - 2120. Десять монастырей имели каждый от тысячи до двух тысяч крестьянских дворов, именно: Ново-Спасский - 1976, Спасо-Евфимиев в Суздале - 1835, Вознесенский девичий в Москве - 1601, Покровский в Суздале - 1560, Новодевичий в Москве - 1469, Рождественский во Владимире - 1473, Макариев-Колязинский - 1403, Печерский в Пскове - 1325, Борисоглебский в Ростове - 1372, Богородицкий в Свияжске 1247. От пятисот до тысячи дворов имели каждый 18 монастырей, в том числе Иосифо-Волоколамский 991 двор; от ста до пятисот дворов - 80 монастырей, в том числе Саввино-Сторожевский 138 дворов, Боголюбов 233, Соловецкий 202, Александро-Свирский 181. Эти-то 120 монастырей, владевших сотнями и тысячами крестьянских дворов, и можно назвать более или менее богатыми монастырями. Но они составляли только одну четверть общего числа тогдашних владельческих монастырей, а остальные три четверти, 356 монастырей, уже никак нельзя назвать богатыми. Из них 60 монастырей имели каждый от пятидесяти до ста дворов, 177 монастырей - от десяти до пятидесяти дворов, в том числе Донской - 32 двора, а 103 монастыря имели каждый менее десяти дворов, многие - по три, по два, даже по одному. Наиболее таких бедных монастырей было в Новгородской и Псковской епархиях. Всего же за 476 владельческими нашими монастырями находилось тогда 87907 крестьянских и бобыльских дворов. Наконец, по свидетельству Котошихина, писавшего о России в 1666 - 1667 гг., за нашим патриархом числилось более 7000 дворов, за четырьмя митрополитами - 12000, за прочими архиереями - 16000, за монастырями - 83000 и, следовательно, за всем духовенством - 118000 дворов.