Тогда Ириней обратил свою деятельность на ближайших окрестных раскольников.
В конце 1700 года Исаакию пришлось покинуть пустынь по усиленным просьбам вкладчиков и братии Введенского монастыря, которые его выбрали настоятелем и получили на то благословение патриарха Адриана. На Макарьевской ярмарке он еще более столкнулся с раскольниками, с самим Ионой, и обещал приехать в его скит, но конечно не поехал, а ждал Божией воли. Тогда раскольники явились в Саровскую пустынь, вызвали к себе Исаакия из Арзамаса, и он на них повлиял также, как и на Корелина. Летом 1705 года монах Филарет, ученик Ионы, перешел в православную веру и выстроил в своем скиту за Волгой церковь. Теперь Исаакий не стал отказываться от поездки за Волгу и лично убедился, что Господь благословил начатое им святое дело. Всех новообращенных Исаакий причастил Св. Тайн в Спасском монастыре. Впоследствии на месте скита Филаретова учрежден монастырь, в котором Филарет сделан настоятелем.
С удалением Исаакия в Введенский монастырь в Саровской пустыни остался один Ириней, но вскоре начали мало-помалу собираться сюда любители безмолвия и пустынного уединения. Первое пустынное братство было связано взаимной, любовью и единодушием, но такова уже участь добродетели в мире: скорбь неотлучно следует за ней. Вскоре малому сему избранному стаду Христову суждено было испытать тягчайшие скорби. Ириней скончался в 1703 году, а иеромонах Авраамий, из вдовых священников, сделавшись настоятелем, стал писать в Москву ложные доносы на Исаакия, который будто бы сносится со своими единомышленниками — заволжскими раскольниками. Исаакий был вызван в Москву, где и пробыл долгое время, пока дело не окончилось примирением. Это навело страх на пустынных иноков. Претерпеваемые муки ускорили его намерение опять вернуться в пустыню. Поставив вместо себя в Введенском монастыре любимого ученика своего иеромонаха Саровского Афиногена, Исаакий немедля ушел в пустынь.
В Саровской пустыни Исаакий всецело предался построению церквей, что было весьма трудно, так как прежде всего следовало отыскать помещика, который бы закрепостил за собой землю, затем — чтобы он передал ее законным порядком обители и, наконец, чтобы дали разрешение построить церковь в пустыни. После долгих скитаний по городам и начальникам Исаакий встретил князя Кугушева, который взялся хлопотать о земле, и, несмотря на бесчисленные препятствия, случайности, недомолвки, искушения и недоразумения, дело приняло успешный оборот. 28 апреля 1706 года пустынножители положили основание будущему храму и своими руками срубили один венец стен. К 16 мая уже была окончена кровля, оставалось отделать главы и внутренность храма. В этот день положено было, по совершении молебного пения, поставить на храме крест. И вот, когда водружен был наверху св. крест, Господу Богу благоугодно было чудесным знамением вновь проявить благоволение Свое как к избранному месту, так и к воздвигаемому храму. В ночь на 17-е число вдруг раздался колокольный звон, который слышали все случившиеся тогда в пустыни и хорошо знавшие, что при строившемся храме и вообще в пустыни не было ни одного колокола. В полдень 17-го числа вдруг всех осветил необыкновенный свет и вместе с ним опять раздался сильный колокольный звон. 16 июня 1706 года совершено торжественное освящение храма Пречистой Богородицы, Живоносного Ее Источника, архимандритом Павлом. По мановению Божию в пустынь собрались тысячи людей всякого звания, чина и возраста. Безмолвствовавшая столько лет Саровская гора пробудилась от необычайного народного движения. Усердствующими была привезена вся нужная для храма утварь, одеяния, св. иконы и проч. Жители села Кременок пришли торжественным крестным ходом и принесли из своей церкви иконы, два колокола, книги, аналой и прочую церковную утварь.
Чудесное возникновение церкви в дебрях Саровских и основание здесь обители иноков народная молва быстро разнесла повсюду и привлекла сюда немало желателей пустынного безмолвия, искавших у Исаакия руководства в духовной жизни. Исаакий составил устав, который предложил обсудить братии, и затем все подписали на приговоре обязательство держать и хранить его безотложно. Этот устав доказывает обширные знания Исаакия в божественных и отеческих писаниях, глубокую опытность в иноческой жизни, тонкое постижение сердца человеческого и верное понимание духовных потребностей.
Саровская пустынь была основана лишь в виде особого (деления или скита Введенского монастыря, по прошению вкладчиков и братии того монастыря. Исаакий, как настоятель названного монастыря, естественно, являлся начальником и Саровской пустыни. Но развитие юной обители пошло столь быстрыми шагами вперед и общество братии в ней настолько умножилось, что она во многом стала превосходить Введенский монастырь и требовала для своего процветания отделения от него и самостоятельного существования. Это обстоятельство много связывало и ограничивало свободу действий Исаакия. Братия пустыни возбудила вопрос об отделении обители от Введенского монастыря, и 5 февраля 1709 года особой грамотой Патриаршего приказа Исаакий утвержден в должности настоятеля Саровской пустыни.
Главная забота строителя состояла в том, чтобы украсить новую обитель храмами Божиими. На верху горы с первых же лет красовались три храма. Некоторые из братии, ревнуя о больших подвигах к своему спасению, с благословения Исаакия удалялись на время Великого поста в пещеры, которые общими трудами братии были значительно углублены в гору и распространены. Там было устроено несколько малых келий для искавших безмолвия и высечена одна большая пещера, в которой желательно было отшельникам устроить церковь. Дозволение это было дано по особому ходатайству Царевен Марии и Феодосии Алексеевн, благодетельствовавших Сарову. 30 мая 1711 года церковь была освящена во имя Антония и Феодосия и всех Киево-Печерских чудотворцев.
До сего времени Господь испытывал Исаакия, так сказать, лично в нем самом, теперь же испытания начались в обители, основанной его трудами. В 1712 году вспыхнул лесной пожар, который подошел к обители и всю ее спалил. Уцелела лишь одна церковь Живоносного Источника, хотя потерпела значительные повреждения. Немедленно после пожара Исаакий приступил к возобновлению монастыря, и из пепла воздвиглись снова здания еще в большем блеске и красоте. Народная молва распространяла, слухи, что монахи нашли большой клад и на эти деньги строят монастырь и покупают земли. В сентябре 1712 года, когда в обители успокоились все иноки и богомольцы, пришедшие на праздник Воздвижения Креста Господня, в темную и глухую ночь несколько человек перелезли через монастырскую ограду и бросились к храму ломать двери. Стук разбудил всех, и грабителей прогнали. 30 ноября в ночь, когда монашествующие готовились идти к утрене, в монастыре раздался крик и сверкнуло пламя. Выбежав, монахи очутились окруженными вооруженными людьми, которые иных привязали, иных заперли в келье. Разведя среди монастыря костер, разбойники приступили к пытке монахов, дабы узнать, где у них скрыто богатство. Не узнав ничего, разбойники обратились к грабежу храмов и монастыря. Все увезли, что могли. По милости Божией убитых до смерти не было, но изувеченных много, особенно пострадал иеромонах Дорофей, за отсутствием Исаакия управлявший обителью. Второе подобное испытание ниспослано Господом го апреля 1731 года также в отсутствие настоятеля. Опять напали разбойники во время утрени, побили молящихся в церкви иноков, одного убили, некоторых изувечили, и, разогнав монахов, грабители унесли и попортили много вещей. Но эти испытания были лишь только началом. Покончив, насколько возможно было, успокоение и устроение обители после разгрома разбойниками, Исаакий опять отправился в Москву. По прибытии туда вскоре постигла его тяжкая болезнь, угрожавшая смертью. Дабы лучше приготовиться к часу смертному, Исаакий пожелал пострижения в схиму и обратился с просьбой об этом к бывшему тогда в Москве знакомому ему строителю Красногривской пустыни иеромонаху Макарию. Последний согласился исполнить желание Исаакия только с тем условием, если он примет на себя точное и непременное исполнение особых заповедей, которые даст ему Макарий. Не надеясь выздороветь, Исаакий согласился исполнить все заповеди, какие ему угодно будет дать. Тогда Макарий связал Исаакия такой заповедью: «по принятии схимы строителем и ни в каком начальстве у братии не быть, и не священнодействовать, и из монастыря не выходить, и братию в церкви от Писания не учить, и в пении церковном и за трапезою с братиею простою стоять и сидеть в последних». Исаакий принял эту заповедь, а Макарий облек его в схиму, переименовав прежним именем — Иоанном. Между тем болезнь стала мало-помалу ослабевать, и схимонах в состоянии был возвратиться в свою обитель Саровскую и здесь совершенно выздоровел. За время болезни Иоанна в пустыни многое оказалось запущенным и среди братии стали обнаруживаться беспорядки и неурядицы. Но связанный обетами, данными при схиме, Иоанн не мог ни во что вмешаться, а братия по-прежнему обращалась к нему во всех своих нуждах. Иоанн обращался за советами к тому же Макарию, но последний, по простоте своей, только наистрожайше подтверждал свои заповеди. Тогда братия пустыни решилась подать челобитную Государю, прося указа и архиерейского благословения, чтобы по-прежнему о. Иоанну быть настоятелем и духовником. Просьба братии была уважена, о. Иоанну прислали Государев указ. В указе прописаны канонические правила и примеры из истории Церкви, из которых видно, что монастырями управляли и схимонахи, какпрп. Пафнутий Боровский и другие.
