Время, которое о. Серафиму оставалось от сна и занятий с приходящими, он проводил в молитве. Совершая молитвенное правило во всею точностью и усердием за спасение своей души, он был в то же время великим молитвенником и ходатаем пред Богом за всех живых и усопших православных христиан. Для сего, при чтении Псалтири, на каждой главе он неопустительно произносил от всего сердца следующие молитвы:
1: За живых: "Спаси, Господи, и помилуй всех православных христиан и на всяком месте владычествия Твоего православно живущих: подаждь им, Господи, душевный мир и телесное здравие и прости им всякое согрешение, вольное же и невольное: и их святыми молитвами и меня, окаянного, помилуй".
2: За усопших: "Упокой, Господи, души усопших раб Твоих: праотец, отец и братий наших, зде лежащих и повсюду православных христиан преставившихся: подаждь им, Господи, царствие и причастие Твоей бесконечной и блаженной жизни, и прости им, Господи, всякое согрешение, вольное же и невольное".
В молитве за усопших и живых особенное значение имели восковые свечи, горевшие в его келии пред святынею. Это объяснил в ноябре 1831 года сам старец о. Серафим в беседе с Н. А. Мотовиловым. "Я, - рассказывал Николай Александрович, - видевши у батюшки о. Серафима много лампад, в особенности многие кучи восковых свеч, и больших, и малых, на разных круглых подносах, на которых от таявшего много лет и капавшего со свеч воска образовались как бы восковые холмики, подумал про себя: для чего это батюшка о. Серафим возжигает такое множество свеч и лампад, производя в келии своей нестерпимый жар от теплоты огненной? А он, как бы заставляя мои помыслы умолкнуть, сказал мне:
- Вы хотите знать, ваше боголюбие, для чего я зажигаю так много лампад и свеч пред святыми иконами Божиими? Это вот для чего: я имею, как и вам известно, многих особ, усердствующих ко мне и благотворящих мельничным сиротам моим. Они приносят мне елей и свечи и просят помолиться за них. Вот, когда я читаю правило своё, то и поминаю их сначала единожды. А так как, по множеству имён, я не смогу повторять их на каждом месте правила, где следует, - тогда и времени мне не достало бы на совершение моего правила - то я и ставлю все эти свечи за них в жертву Богу, за каждого по одной свече, за иных - за несколько человек одну большую свечу, за иных же постоянно теплю лампады; и, где следует на правиле поминать их, говорю: Господи, помяни всех тех людей, рабов Твоих, за их же души возжёг тебе аз, убогий, сии свещи и кандила (т.е. лампады). А что это не моя, убогого Серафима, человеческая выдумка, или так, простое моё усердие, ни на чём божественном не основанное, то и приведу вам в подкрепление слова Божественного Писания. В Библии говорится, что Моисей слышал глас Господа, глаголавшего к нему: "Моисее, Моисее! Рцы брату твоему Аарону, да возжигает предо Мною кандила во дни и в нощи: сия бо угодно есть предо Мною и жертва благоприятна Ми есть". Так вот, ваше боголюбие, почему св. Церковь Божия прияла в обычай возжигать во св. храмах и в домах верных христиан кандила или лампады пред святыми иконами Господа, Божией Матери, св. Ангелов и св. человеков, Богу благоугодивших".
Молясь о живых, в особенности о требовавших у него молитвенной помощи, о. Серафим поминал всегда усопших и память о них творил в келейных молитвах своих по уставу Православной Церкви.
Раз, сам о. Серафим рассказывал следующее обстоятельство: "Умерли две монахини, бывшие обе игумениями. Господь открыл мне, как души их были ведены по воздушным мытарствам, что на мытарствах они были истязуемы и потом осуждены. Трое суток молился я, убогий, прося о них Божию Матерь. Господь, по Своей благости, молитвами Богородицы, помиловал их: они прошли все воздушные мытарства и получили от милосердия Божия прощение".
Однажды замечено было, что во время молитвы старец Серафим стоял на воздухе. Случай этот рассказан княгинею Е. С. Ш.
Приехал к ней из Петербурга больной племянник её, г. Я. Она, не медля долго, повезла его в Саров к о. Серафиму. Молодой человек был объят таким недугом и слабостью, что не ходил сам, и его на кровати внесли в монастырскую ограду. О. Серафим в это время стоял у дверей своей монастырской келии, как бы ожидая встретить расслабленного. Тотчас он просил внести больного в свою келию и, обратившись к нему, сказал: "Ты, радость моя, молись, и я буду за тебя молиться; только смотри, лежи, как лежишь, и в другую сторону не оборачивайся". Больной долго лежал, повинуясь словам старца. Но терпение его ослабело, любопытство подмывало его взглянуть, что делает старец. Оглянувшись же, он увидел о. Серафима стоящим на воздухев молитвенном положении и от неожиданности и необычайности видения вскрикнул. О. Серафим, по совершении молитвы, подошедши к нему, сказал: "Вот, ты теперь будешь всем толковать, что Серафим - святой, молится на воздухе… Господь тебя помилует… А ты смотри, огради себя молчанием и не поведай того никому до дня преставления моего, иначе болезнь твоя опять вернётся". Г. Я., действительно, встал с постели и, хотя опираясь на других, но уже сам, на своих ногах, вышел из келии. В монастырской гостинице его осаждали вопросами: "Как и что делал и что говорил о. Серафим?" Но, к удивлению всех, он не сказал ни одного слова. Молодой человек, совершенно исцелившись, опять был в Петербурге и снова через несколько времени воротился в имение княгини Ш. Тут он сведал, что старец Серафим опочил от трудов своих, и тогда рассказал о его молении на воздухе. Один случай такой молитвы нечаянно был усмотрен, но, конечно, старец не один раз благодатию Божиею был воздвигаем на воздух во время своих продолжительных молитвенных подвигов.
За год до смерти о Серафим почувствовал крайнее изнеможение сил душевных и телесных. Ему было теперь около 72-х лет. Обыкновенный порядок жизни его, заведённый с окончания затвора, неминуемо подвергся теперь изменению. Старец стал реже ходить в пустынную келию. В монастыре также тяготился постоянно принимать посетителей. Народ, свыкшийся с мыслью беспрепятственно видеть о. Серафима во всякое время, скорбел, что теперь он начал уклоняться от взоров. Однако же, усердие к нему заставляло многих не малое время проживать на монастырской гостинице, чтобы изыскать не обременительный для глубокого старца случай увидеть его и выслушать из уст его желаемое слово назидания или утешения.
Кроме предсказаний другим, старец начал теперь предсказывать и о своей смерти.
Так, пришла раз к нему сестра Дивеевской общины Параскева Ивановна с другими сотрудницами из сестёр же. Старец начал говорить им: "Я силами слабею; живите теперь одни, оставляю вас". Скорбная беседа о разлуке растрогала слушательниц; они заплакали и с тем расстались со старцем. Однако же они подумали, по поводу этой беседы, не о смерти его, а о том, что о. Серафим, по преклонности лет, хочет отложить попечение о них, чтобы удалиться в затвор.
В другой раз старца посетила одна Параскева Ивановна. Он был в лесу, в ближней пустыне. Благословивши её, о. Серафим сел на отрубок дерева, а сестра около него стала на колени. О Серафим повёл духовную беседу и пришёл в необыкновенный восторг: встал на ноги, руки поднял горе, взоры к небу. Благодатный свет озарил его душу от представления блаженства будущей жизни. Ибо старец беседовал в настоящий раз собственно о том, какая вечная радость ожидает человека на небе за недолговременные скорби временной жизни. "Какая радость, какой восторг, - говорил он, - объемлют душу праведника, когда, по разлучении с телом, её сретают Ангелы и представляют пред Лице Божие!" Раскрывая эту мысль, старец несколько раз спрашивал сестру: понимает ли она его? Сестра же всё слушала, не говоря ни слова. Она понимала беседу старца, но не видела, чтобы речь клонилась к его кончине. Тогда о. Серафим снова стал говорить прежнее: "Я силами ослабеваю; живите теперь одни, оставляю вас". Сестра подумала, что он хочет опять укрыться в затвор, но о. Серафим на её мысли ответил: "Искал я вам матери (настоятельницы), искал… и не мог найти. После меня никто вам не заменит меня. Оставляю вас Господу и Пречистой Его Матери".
