С новым поселением старца в пустыне диавол претерпел совершеннейшее поражение. Крестьяне, избившие старца, были найдены; они оказались крепостными людьми помещика Татищева, Ардатовского уезда, из села Кременок. Но о. Серафим не только простил их самих, но и упрашивал настоятеля обители не взыскивать с них, а затем такую же просьбу написал помещику. Все были до такой степени возмущены поступком этих крестьян, что казалось невозможным простить их, а о. Серафим настаивал на своём: "В противном случае, - говорил старец, - я оставлю Саровскую обитель и удалюсь в другое место". Строителю же, о. Исаии, своему духовнику, он говорил, что лучше его удалили бы из обители, нежели нанесли крестьянам какое-либо наказание. О. Серафим представил отомщение Господу Богу. Гнев Божий действительно настиг этих крестьян: в непродолжительном времени пожар истребил жилища их. Тогда они пришли сами просить у о. Серафима, со слезами раскаяния, прощения и святых его молитв.
Старец о. Исаия очень почитал и любил о. Серафима, а также дорожил его беседами; поэтому он, когда был свеж, бодр и наслаждался здоровьем, нередко сам ходил в пустынь к о. Серафиму. В 1806 году Исаия, по старости лет и от трудов, понесённых для спасения себя и братии, сделался особенно слаб здоровьем и, по собственному прошению, уволился от обязанности и звания настоятеля. Жребий занять его место в обители, по общему желанию братии, пал на о. Серафима. Вот уже второй раз старец избирается на начальственные должности по монастырям, но и на этот раз, по своему смирению и из крайней любви к пустыне, он отказался от предлагаемой почести. Тогда голосом всей братии настоятелем избран был старец Нифонт, исполнявший до того времени послушание казначея.
Старец о. Серафим после смерти строителя Исаии не изменил прежнего рода жизни и остался жить в пустынке. Он только принял на себя ещё больший труд, а именно, молчальничество. К посетителям он более не выходил. Если ему самому случалось неожиданно встретить кого в лесу, старец падал ниц лицом и до тех пор не поднимал глаз, пока встретившийся не проходил мимо. Таким образом он безмолвствовал в продолжении трёх лет и некоторое время перестал посещать обитель по воскресным и праздничным дням. Один из послушников носил ему и пищу в пустынь, особенно в зимнее время, когда у о. Серафима не было своих овощей. Пища приносилась однажды в неделю, в день воскресный. Трудно было назначенному иноку совершать это послушание в зимнее время, так как в пустынку о. Серафима дороги не было. Бывало, бредёт он во время вьюги по снегу, утопая в нём по колена, с недельным запасом в руках для старца-молчальника. Вошедши в сени, он произносил молитву, а старец, сказавши про себя: "Аминь", отворял дверь из келии в сени. Сложив руки на груди крестообразно, он становился у двери, потупив лицо долу, на землю; сам ни благословит брата, ни даже взглянет на него. А пришедший брат, помолившись, по обычаю, и поклонившись старцу в ноги, полагал пищу на лоточек, лежавший на столе в сенях. Со своей стороны, старец клал на лоточек же или малую частицу хлеба, или немного капусты. Пришедший брат внимательно замечал это. Этими знаками старец безмолвно давал знать, чего принести ему в будущее воскресение: хлеба или капусты. И опять пришедший брат, сотворив молитву, кланялся старцу в ноги и, испросив молитв его о себе, возвращался в обитель, не услыхав от о. Серафима ни единого слова. Всё это были только видимые, наружные знамения молчальничества. Сущность же подвига состояла не в наружном удалении от общительности, но в безмолвии ума, отречении от всяких житейских помыслов для чистейшего посвящения себя Господу.
Молчальничество о. Серафим соединил ещё со стоянием на камне. В глухом лесу, на половине пути от келии к монастырю, лежал необыкновенной величины гранитный камень. Вспомнив о трудном подвиге свв. столпников, о. Серафим решился принять участие в подвижничестве сего рода. Для сего он восходил, чтобы не быть ни от кого видимым, в ночноевремя на этот камень для усиления молитвенного подвига. Молился он, обыкновенно, или на ногах, или стоя на коленях, с воздетыми вверх, подобно св. Пахомию, руками, взывая мытаревым гласом: "Боже, милостив буди ми грешному". Чтобы уравнять ночные подвиги дневным, о. Серафим и в келии имел камень. На нём он молился во время дня, с утра до вечера, оставляя камень только для отдохновения от изнеможения сил и для подкрепления себя пищею. Такого рода молитвенный подвиг он нёс, по временам, в течение тысячи суток.
От стояния на камнях, от трудности этого молитвенного подвига, тело его очень заметно изменилось, в ногах возобновилась болезнь, которая с этого времени до кончины дней не переставала мучить его. Отец Серафим понял, что продолжение таких подвигов привело бы к изнурению сил духа и тела, и оставил моление на камнях. Подвиги сии он проходил в такой тайне, что ни одна душа человеческая не ведала о них и не догадывалась. К бывшему после Исаии игумену Нифонту был тайный запрос об о. Серафиме от епископа Тамбовского. В бумагах обители сохранился черновойотзыв Нифонта, в котором настоятель отвечал: "О подвигах и жизни о. Серафима мы знаем; о тайных же действиях каких, также и о стоянии 1000 дней и ночей на камне, никому не было известно". При кончине дней своих, чтобы не остаться загадкой для людей, по подобию других подвижников, в числе прочих явлений своей жизни, он, в назидание слушателям, рассказал и о сём подвиге некоторым из братии.
Часть II
Отец Серафим, со времени смерти старца Исаии, наложив на себя труд молчания, жил в пустыне своей безвыходно, точно как в затворе. Прежде он хаживал по воскресеньям и праздникам в обитель причащаться Св. Таин. Теперь, со времени стояния на камнях, у него болели ноги; ходить он не мог. Было неизвестно, кто его причащает Св. Таин, хотя ни на минуту не сомневались, что он без вкушения Тела и Крови Христовой не оставался. Строитель созвал монастырский собор из старших иеромонахов и вопрос о причащении о. Серафима предложил на рассуждение. Решили же дело так: предложить о. Серафиму, чтобы он или ходил, буде здоров и крепок ногами, по-прежнему, в обитель по воскресным и праздничным дням для причащения Св. Таин, или же, если ноги не служат, перешёл бы навсегда жить в монастырскую келию. Общим советом присудили спросить через брата, носившего пищу по воскресеньям, что изберёт о. Серафим? Брат, в первый же приход к старцу, исполнил решение Саровского собора, но о. Серафим, выслушав безмолвно предложение собора, отпустил брата, не сказав ни слова. Брат, как дело было, передал строителю, а строитель велел ему повторить соборное предложение в следующее воскресенье. Принёсши пищу на будущую неделю, брат повторил предложение. Тогда старец Серафим, благословив брата, вместе же с ним отправился пешком в обитель.
Приняв второе предложение собора, старец показал, что он не в силах был, по болезни, ходить, как прежде, по воскресным и праздничным дням в обитель. Это было весною 8 мая 1810 года. Вступив в монастырские врата, после 15-ти летнего пребывания в пустыне, о. Серафим, не заходя в свою келию, отправился прямо в больницу. Это было днём, до наступления всенощной службы. Когда ударили в колокол, о. Серафим явился на всенощное бдение в храм Успения Богородицы. Братия удивилась, когда мгновенно разнёсся слух, что старец решился жительствовать в обители. Но удивление их возросло ещё более, когда произошли следующиеобстоятельства: на другой день, 9-го мая, в день Святителя и Чудотворца Николая, о. Серафим пришёл, по обычаю, в больничную церковь к ранней литургии и причастился Св. Христовых Таин. По выходе же из церкви, он направил стопы свои в келию строителя Нифонта и, принявши от него благословение, водворился в прежней своей монастырской келии; к себе никого не принимал, сам никуда не выходил и не говорил ни с кем ни слова, то есть он принял на себя новый труднейший подвиг затворничества.
О подвигах о. Серафима в затворе известно ещё менее, чем о его пустынножительстве. В келии своей он не хотел иметь, для отсечения своеволия, ничего, даже самых необходимых вещей. Икона, пред которой горела лампада, и отрубок пня, служивший взамен стула, составляли всё. Для себя же он не употреблял даже огня.