Система Оригена — строго монистична. Она распадается на три части: 1. Бог и Его раскрытие, 2. отпадение тварных духов и последствия этого, 3. спасение и восстановление.
1. Бог — непостижим и необъясним, невидим и бестелесен. Он прост и не допускает в себе никакой сложности; Он есть единство (μονας) и единичность (ενας). По своему бытию, Он есть сущий, ни от кого не происшедший, никому не обязанный Своим бытием. Он всегда имел то, что Он есть, и не получил ни от кого своего существования, и потому вечен и неизменяем. Он есть Начало всего, свет и благо, источник самого блага. Природа Божества непостижима. Бог выше всего мыслимого. Но Бог есть разумная и познающая Себя Личность. «Бог есть простая разумная природа. Он есть и всецелыйум, и как ум может двигаться и действовать». Он имеет полное и совершенное знание о Себе, как и о Сыне и обо всем. Ориген высказывает при этом оригинальную, хотя и очень странную мысль о Боге, как Существе самоограниченном по всемогуществу и всеведению. В противоположность Плотину, по Оригену, Бог не есть απειρον (безграничное), потому что все безграничное, как заключающее в себе элементы неопределенности, непознаваемо, а потому и Бог, если бы Он был безграничен по Своему существу и силе, не мог бы познавать Самого Себя, и дела Его остались бы вне сферы ведения, если были бы безграничны. «Если бы могущество Божие было безгранично (απειρον), то оно по необходимости не знало бы Самого Себя, потому что по природе безграничное непознаваемо». Важнейший пункт в учении Оригена — это рождение Сына от Отца. Бог не изменяем ни в области деятельности, ни в области мысли. Поэтому от вечности Он должен иметь у Себя Сына. «Отец никогда, ни в один момент Своего бытия, не мог существовать, не рождая премудрости». Но Отец не только родил Сына, но всегда рождал Его. «Спаситель наш есть сияние славы, а о сиянии славы нельзя сказать, что оно рождено один раз. Так и Спаситель вечно рождается от Отца». Учение о рождении Сына от Отца, как акте не только вечном, но и непрерывно продолжающемся, впервые выраженное в христианской литературе Оригеном, составляет самый блестящий пункт в его догматической системе /Это учение аналогично воззрению Плотина о происхождении от единого (το εν) Νους'a/. Мир, вследствие неизменяемости Божества, также считал Ориген вечным, но не этот мир, а мир духов, или духовный. Но есть различие в происхождении от Бога Сына и мира. Замечательно, что выражение о рождении Сына «из сущности Отца (Ср. Тертуллиановское — «e substantia patris») Ориген отвергал и учил о рождении Сына, как воли или хотения от мысли Отца».Есть люди, говорит Ориген, которые «я истек от Отца» понимают в смысле «я рожден от Отца», так что, оставаясь последовательными, они должны признать, что Сын рожден из сущности Отца εκ ουσιας του Πατρος, который как бы уменьшается с рождением Сына в Своем объеме, лишается принадлежащей Ему части существа, из которой образовался Сын, — подобно тому, как это можно представлять о беременных. А затем по последовательности им остается назвать Отца и Сына — телом и сказать, что «Отец разделился» (На Ин. 20. — Migne. Ser. gr. T. XIV. с. 613). Нет, не так. «Сын рожден из самой мысли Отца, как хотение от мысли. Ибо неделима природа нерожденного Отца, и потому нельзя думать, что Он родился чрез уменьшение или разделение существа Отца (vel divisione, vel imminutione substantiae)». Указывая свойства Сына, Ориген говорит: «Сын есть сама Премудрость, само Слово, сама действительно существующая истина, сама жизнь, сама святость. Но нельзя сказать, чтобы Сам Бог-Отец был премудрость, истина и жизнь; Он выше их, как источник их; в Нем все свойства существуют как бы в скрытом состоянии, как нечто долженствующее; в Сыне же все эти свойства проявляются актуально, как наличный факт, и тождественны с Сыном. Таким образом, Сын есть вся полнота Божества Отца, реально осуществленная». В области терминологии Ориген, являясь новатором, предвосхищает будущую терминологию. Бог-Отец, при всей Своей отвлеченности, есть самосознательная личность, ипостась. Сын есть тоже одушевленная премудрость Божия, сознающая себя и отличающаяся от Отца, как самостоятельная ипостась, и Дух Св. — ипостась. Все вместе они составляют поклоняемую, начальственную Троицу. Божество свойственно только этим трем ипостасям. Лишь Троица — Отец, Сын и Св. Дух являются источником всякой святости (На Ин. II, 6 — Migne gr. ser. t. XIV, c. 128). Три ипостаси и одна Троица — это формула в первый раз произнесена Оригеном и стала неотъемлемым достоянием церковного богословия. Все три ипостаси принадлежат к сфере божества, но эта принадлежность не делает их ни единосущными, ни равными между собою. Отсюда у Оригена начинается поворот мыслей, по-видимому, противоречащий первому. Логос, явившийся во Христе /Особенно на основании, Ев. Ин. 1:1, и Евр. 1:1)/ есть совершенный Образ Бога. Он есть премудрость Божия, сияние Его совершенства и господства, невидимое отображение. Поэтому Он не имеет в Себе ничего телесного (Περι αρχων, I, 2, 2, 6) и ради этого Он есть действительно Бог, но не αθτος Θεος, также не ο Θεος или αναρχος αρχη, но второй Бог (с. Celsum. V, 39). Однако, Ему свойственна неизменяемость, т. е. божественное Существо Его не может исчезнуть в Нем или измениться. Поэтому Его божество не есть сообщенное, уделенное Ему, как будто бы Он, помимо этого божества, имел еще самостоятельное существование; наоборот: божество составляет Его бытие: ο Σωτηρ ου κατά μετουσιαν. Отсюда следует, что Он совладает существом Бога, т. е. Отца, и поэтому есть ομοουσιος τω πατρι, т. е. произошел из существа Отца /Ср. Harnack. Lehrbuck der D. G. I, 671. — Проф. Спасский. (История догм. движ. ст. 105) считает вопрос об усвоении Оригену термина: «ομοοθσιος» — спорным/. Сын есть первая ступень перехода от единого ко многому. С точки зрения Бога, Сын — κτισμα αμοουσιον, с нашей точки зрения открывшийся Бог по природе. Повсюду при таких спекуляциях Логос имеется в виду, как Творец, а не Логос-Спаситель. Также и Св. Дух считается, как третья неизменная сущность в божестве, как третья ступень и ипостась. Он произошел чрез Сына, и относится к последнему, как Сын к Отцу. Круг Его деятельности наименьший, но иногда важнейший. Отец есть принцип сущего, Сын — разумного, Дух — священного. Св. Дух представляет Собою переход к полноте духов и идей, созданных чрез Сына. Только Отец, Сын и Дух — три божественные и чисто духовные существа, свободны от всякой материальности.
2. Значит, все духи, стоящие ниже Троицы, хотя и в различной степени, но материальны. Для них положен закон свободного развития(προκοπη) по направлению к известной цели. В своем прогрессе духи должны дойти до определенного постоянного, соответствующего их назначению состояния, чтобы уступить место новым творениям. Но духи впали в леность и непослушание (Имеется в виду до-мирное грехопадение духов, кроме души Логоса). Чтобы воспитать их и очистить — для этого создан этот чувственный мир. Он, следовательно, есть — воспитательный дом, куда духи посылаются и заключаются в различные тела; самые грубые становятся диаволами, наиболее тонкие — ангелами, средние — людьми. Задача жизни — борьба под руководством Бога, которая должна кончиться уничтожением зла. Значит, в основе у Оригена лежит оптимизм. Человек состоит из духа, души и тела. Грех лежит, с одной стороны, в земном состоянии, а с другой — он есть продукт свободы.
3. Бог помогает нам, как учитель, чрез естественный закон, чрез Моисеев закон, затем чрез Евангелие. Но действительный и истинный помощник людей — Логос. Логос мог вселиться в человеческое тело только чрез посредство души. Эта душа — никогда не павший чистый дух назначенный к этому, как душа Логоса, от вечности. Всем этим самодеятельность человеческая не только не исключается, но непременно предполагается. В деле усвоения спасения свобода и вера предшествуют. Вера является исходным пунктом «теоретической жизни» — вплоть до радостной, аскетической созерцательности.