Большинство александрийцев (а их было около миллиона) жили к западу от «царского квартала» между гаванью и Серапеумом. Стоявший на холме Серапеум представлял собой храм, где поклонялись египетскому богу Осирису; следует иметь в виду, что этот культ уже подвергся сильному греческому влиянию. Паломники со всего света, искавшие исцеления или советов божества, толпами стекались в огромный храмовый комплекс, на содержание которого Птолемеи не жалели средств. У входа в гавань Александрии лежал остров Фарос, соединенной с городом дамбой. На Фаросе, в его восточной части, стоял знаменитый стодесятиметровый маяк — одно из семи чудес света. Маяк этот указывал путь кораблям в гавань Александрии, приходившим в этот торговый и культурный центр Востока со всего Средиземноморья.
Из своих покоев в королевском дворце Цезарь видел маяк и простиравшееся за ним море. Еще он видел улицы Александрии, полные раздраженных греков, готовых убить любого попавшегося навстречу римлянина. Евнух Потин прилагал все усилия, чтобы возбудить гнев александрийцев. Также он тайно злоумышлял против Цезаря, боясь, что римский правитель добьется согласия между Птолемеем и Клеопатрой, и тогда он лишится влияния на царя, а с ним потеряет и свою власть. Цезарь же, исходя из того, что именно в его первое консульство был заключен союз между Римом и Птолемеем Авлетом, полагал, что не кто иной, как он сам, должен уладить распри между наследниками Авлета. Поэтому в разговоре с Потином он предложил, чтобы Клеопатра и Птолемей распустили свои войска, и оба явились к нему для мирных переговоров. Потин нехотя согласился, а сам тайно договорился с Ахиллой, чтобы тот привел свое войско к Александрии.
Тем временем Клеопатра решила добиться поддержки Цезаря, но, не имея возможности открыто появиться в Александрии, придумала план, ставший легендой. Плутарх пишет, что Клеопатра, взяв с собой лишь одного из своих друзей, Аполлодора, купца с Сицилии, села в маленькую лодку и с наступлением темноты пристала вблизи царского дворца. Так как иначе было трудно остаться незамеченной, она забралась в мешок для постели и вытянулась в нем во весь рост. Аполлодор обвязал мешок ремнем и внес его через двор к Цезарю. Говорят, что уже эта хитрость Клеопатры показалась Цезарю смелой и пленила его. Он сам поднялся из захолустной Субуры до высот власти благодаря своей смелости и изворотливости ума, и ему понравилась находчивость Клеопатры. Как и большинство римлян, Цезарь считал, что египетские правители по своей природе трусливы и удерживаются у власти благодаря лишь интригам и подкупу нужных людей. Клеопатра опровергла это суждение. Воочию убедившись, что она смела, находчива и умна, Цезарь решил, что Клеопатра сможет стать настоящей правительницей Египта и будет царствовать с учетом интересов Римского государства.
Не вызывает сомнения, что двадцатиоднолетняя Клеопатра прельстила Цезаря. Некоторые источники уверяют, что их любовная связь началась с первой же встречи, но, как представляется, все-таки нельзя точно сказать, когда они разделили ложе впервые. Цезарь в своих записках ни слова не говорит о физической близости с Клеопатрой, а рассказывает только об их чисто деловых отношениях. Однако античные авторы без тени сомнения говорят о любовной связи Цезаря с Клеопатрой. Конечно, можно задаться вопросом, зачем пятидесятидвухлетнему Цезарю, представителю римской аристократии, было нужно вступать в любовную связь с египетской царицей, если римляне обычно считали восточных женщин коварными искусительницами? Одни ответят, что Цезарь был отъявленный женолюб, который мог посчитать, что молодая египетская царица украсит вереницу его побед на бранном поле любви. Однако другие скажут, что если Цезарь просто хотел познать любовь экзотической женщины, ему не надо было соблазнять Клеопатру — в Александрии было множество египтянок, которые бы с легкостью уступили ему. Цезарь не был столь безрассуден, чтобы домогаться любви Клеопатры, если бы он не преследовал определенных политических целей. Цезарь стремился упрочить контроль Римского государства над богатой страной и извлечь из этого и личную выгоду. Клеопатра, сблизившись с Цезарем, могла бы ему в этом помочь.
А что давала Клеопатре любовная связь с Юлием Цезарем? На это ответить просто. Связь с Цезарем приносила Клеопатре власть в государстве. Армия Птолемея намного превосходила числом и мощью ее собственные войска; к тому же на стороне Птолемея было местное население. Без поддержки извне у Клеопатры не было шансов вернуть себе трон. Если бы дело дошло до военных действий, Клеопатра потерпела бы поражение, и, вероятно, ей бы пришлось искать пристанище за границей. Поддержка же Цезаря означала для Клеопатры и поддержку всего Римского государства. Мы не знаем истинных чувств Клеопатры к Цезарю. Возможно, ее влюбленность была притворной, но так или иначе она смогла увлечь Цезаря, и если бы у нее родился от него сын, Клеопатра могла бы даже рассчитывать, что в будущем он сможет объединить Рим с Египтом, как в свое время Александр Великий объединил Грецию с завоеванными им землями на Востоке.
В ту же ночь, когда Цезарь встретился с Клеопатрой, он попросил привести к нему ее брата, надеясь их примирить. Увидев рядом с Цезарем Клеопатру, Птолемей пришел в изумление. Он еще больше удивился, когда до него дошло, что Цезарь держит сторону Клеопатры. Птолемей пришел в бешенство, выбежал из дворца, на глазах у ранних прохожих сорвал с головы корону и разрыдался. Александрийцы знали, что Птолемей вздорный молодой человек и к тому же марионетка своих советников, но и они возмутились, узнав, что Птолемея унизил римский военачальник. У дворца собралась взбудораженная толпа, грозившая силой ворваться внутрь. Тогда Цезарь вышел к собравшимся и хладнокровно им объяснил, что он всего лишь пытается выполнить волю Птолемея XII Авлета — установить в Египте мир и спокойствие. Затем Цезарь собрал ассамблею, на которой призвал знатных александрийцев восстановить соправление Птолемея и Клеопатры. Чтобы подсластить пилюлю, Цезарь пообещал вернуть египтянам Кипр, завоеванный Катоном за несколько лет до этого.
В течение нескольких последующих дней Цезарь пытался восстановить в Александрии спокойствие и уладить конфликт между Птолемеем и Клеопатрой. Но когда он уже было подумал, что добился некоторого успеха, к Александрии подошло двадцатитысячное войско Ахиллы, а египетский флот грозил нападением на стоявшие в гавани римские корабли. Тогда Цезарь послал своих представителей, включая побочного сына Митридата VI, в Сирию и Малую Азию за так необходимым ему подкреплением. Затем Цезарь взял под стражу Птолемея XIII и приказал казнить Потина. Но положение Цезаря не улучшилось: Ахилла ввел свое войско в Александрию и занял весь город, за исключением тех кварталов, что находились в руках у Цезаря.
После того как Ахилла ввел свое войско в Александрию, Цезарь, располагая всего одним легионом и восемью сотнями конников, смог удержать только дворцовый комплекс, территорию, примыкавшую к этим постройкам с юга, а также часть гавани, где стоял его флот. Первый удар Ахиллы Цезарь отбил, но вскоре он понял, что ему придется вести войну, своим характером не похожую на все предыдущие, в которых ему довелось участвовать. И в самом деле, непохожая на другие, война стала реальностью. В городе просто не было места для обычного боевого построения легиона, да и от конницы особого толку не было. Римскому войску пришлось вести уличные бои, сражаясь за каждый дом и за каждую пядь земли.
Чтобы обезопасить занимаемый им «царский квартал», Цезарь распорядился возвести в нужных местах подвижные навесы и башни, обнести рвом всю его территорию и разрушить дома, прилегавшие к этому рву с вражеской стороны. По распоряжению Цезаря, римляне не штурмовали эти дома через хорошо охранявшиеся ворота, а пробивали стены домов тараном через пробоину в соседнем уже захваченном доме. Пробив стену дома, римляне устремлялись в пролом, уничтожали врагов и приступали к захвату и разрушению очередного строения тем же манером. К удовлетворению Цезаря, при этом не возникало пожара: дома в Александрии были сложены из огнеупорного кирпича и имели крышу из черепицы.