Присутствие в рядах талибов большого количество арабов-ваххабитов способствовало усилению крайне радикальных взглядов в руководстве движения. Талибский режим превратился в базу, пособника и укрывателя международных террористов, способствовал их деятельности в других странах.
Гражданская война тогда вышла на новый виток и приобрела затяжной характер. В последующем ситуация могла развиваться по различным сценариям: переговоры между лидерами ОНОФА и ИДТ по вопросам раздела зон влияния и создания коалиционного правительства; эскалация вооруженного конфликта, в ходе которого противоборствующие стороны, поддерживаемые различными политическими силами и иностранными государствами, попытаются разгромить противостоящие друг другу вооруженные группировки и захватить власть в стране вооруженным путем. Ко второму варианту склонялись лидеры талибов. Они намеревались развернуть широкомасштабные боевые действия с целью окончательного разгрома антиталибской коалиции. В этом случае продолжительность гражданской войны определялась характером иностранной военной и политической поддержки.
В мае–июне 2000 года в ИГА возобновились крупномасштабные боевые действия. Весь июнь и первую половину июля в стране шли тяжелые бои (в основном в районе перевала Саланг и авиабазы «Баграм»). Талибы нанесли массированный удар с применением авиации и бронетехники по силам антиталибской коалиции, но Масуд выстоял и нанес талибам серьезный ущерб. Однако в вооруженных формированиях «Северного альянса» стала ощущаться хроническая нехватка вооружения, боеприпасов, продовольствия и другого снаряжения. Помощь, поступавшая из Узбекистана и Таджикистана, была явно несопоставима с тем, что получали талибы от своих покровителей из Пакистана, Саудовской Аравии и США.
26 октября 2000 года в Душанбе состоялась встреча Ахмад Шаха Масуда с министром обороны России маршалом И.Д.Сергеевым, на которой обсуждались ситуация на севере Афганистана и пути противодействия угрозе, исходящей от движения Талибан. И хотя мероприятие носило неофициальный характер, этой встрече придавалось большое значение. В ходе беседы обсуждались конкретные пути противодействия угрозе, исходящей от исламских радикалов, а также речь шла о военной поддержке вооруженных отрядов Ахмад Шаха Масуда, представляющих собой единственно действенную оппозиционную группировку в стране. По итогам встречи Россия приняла решение об увеличении поставок вооружения и боеприпасов для формирований Масуда. На следующий день руководство движения Талибан выступило с угрозами в адрес России. По словам высокопоставленного представителя талибов Абдула Мутмаена: «России следует прекратить “вмешательство во внутренние дела Афганистана”, иначе для нее это может создать много опасных проблем и тяжелых последствий».
По предложению США и России в декабре 2000 года Совет Безопасности ООН ввел дополнительные санкции против Исламского движения Талибан: запрет на поставки вооружения и химических веществ, используемых для производства героина. В ответ на это 20 декабря 2000 года талибы закрыли в Афганистане специальное представительство ООН, а также заявили о бойкоте американских товаров.
«Северный альянс» стремился активно противодействовать осуществлению планов талибов и удерживать контролируемые им районы. Талибов не останавливали тяжелые потери в живой силе и технике. Они пытались удержать вновь захваченные территории и заблокировать пути, по которым Масуду поступала помощь с севера, а также запереть его отряды в панджшерском ущелье и постепенно взять измором или склонить Ахмад Шаха к «почетной капитуляции». Хотя ранее отряды талибов штурмовали Панджшер трижды, но ни разу не смогли в него даже войти и несли огромные потери. Очередная попытка по захвату Панджшера была предпринята талибами в конце 2000 года, но вооруженные отряды под руководством Ахмад Шаха Масуда дали им решительный отпор.
В апреле 2001 года по приглашению председателя Европар-ламента Николь Фонтен Ахмад Шаха Масуд, вице-президент и министр обороны Исламского государства Афганистан, побывал в Европе, где ему был оказан подчеркнуто теплый прием. Масуду была предоставлена возможность обстоятельно обсудить проблемы Афганистана во время встреч с высокопоставленными сотрудниками Еврокомиссии, председателями и членами сената и парламента Франции, министрами иностранных дел Франции и Бельгии, представителями английского МИД и выступить на многочисленных пресс-конференциях.
Ахмад Шах говорил, что против Афганистана, по сути, развязана агрессия, так как на стороне талибов воюют террористические группировки Усамы бен Ладена, пакистанские талибы и другие иностранные наемники. Масуд выражал свое отрицательное отношение к наркотикам и терроризму, выказывал уважительное отношение к декларации прав человека, прежде всего женщин. Возложив всю ответственность за сложившуюся в Афганистане обстановку на Пакистан и его армию, Масуд высказал ряд конкретных предложений по обеспечению афганского урегулирования и установлению мира в Афганистане.
Европейцы заинтересованно выслушали эти предложения и обещали Ахмад Шаху, что окажут гуманитарную и иную помощь, назначили ответственных лиц для изучения этой проблемы. Касаясь позиции США, на одной из пресс-конференций Масуд сказал, что если американцы не предпримут усилий для установления мира в Афганистане, то пламя войны охватит не только Америку, но и другие страны.
Однако в США не услышали этих слов. Ряд американских политиков во главе с конгрессменом Роурбекером встретились с представителями талибов в Катаре, несмотря на то что ООН объявила о введении политических и экономических санкций против талибского правительства муллы Омара. После этой встречи Усама бен Ладен был назначен главнокомандующим вооруженными формированиями талибов, а полевой командир Исламского движения Узбекистана Джума Намангани — его заместителем. Как оказалось, двойная игра американцев обернулась трагедией не только для афганцев, но и для них самих.
Ожидалось, что европейцы окажут помощь «Северному альянсу» в его борьбе с талибами. Тем более что летом войска Масуда развернули успешное наступление на талибов, и несколько их отрядов перешли на его сторону. Возможно, намечался определенный перелом ситуации в Афганистане. Однако события здесь стали развиваться совсем иначе.
Гибель Ахмад Шаха Масуда
Существенное влияние на расстановку сил в Афганистане оказал террористический акт, совершенный 9 сентября 2001 го-да против Ахмад Шаха Масуда двумя исламскими смертниками-марокканцами, которые под видом журналистов проникли к нему в резиденцию и во время интервью привели в действие взрывное устройство. Выдающийся теоретик и практик партизанской войны Ахмад Шах был смертельно ранен. Он умер от полученных ран и 16 сентября похоронен как шахид и национальный герой Афганистана на высоком холме Сарича, вблизи кишлака Джангалак в Панджшере. Тысячи людей пришли проводить в последний путь человека, посвятившего свою жизнь борьбе за свободу и процветание афганского народа.
Генерал Мухаммад Шариф Акрам: «Об Ахмад Шахе Масуде мне трудно говорить обычными словами. Он великий человек, искусный военачальник и выдающийся исламский гуманист. В Афганистане фигуры такого масштаба не было уже давно и вряд ли скоро появится. Он очень любил свою страну. Хотел, чтобы гордый афганский народ жил свободно, независимо и достойно. Он был плоть от плоти афганцем и готов был принести себя в жертву во имя счастья своей страны. Очень хотел, чтобы все люди в Афганистане жили ничуть не хуже, чем в соседних странах, чтобы каждый молодой человек мог получить хорошее образование и найти достойную работу, чтобы все жители Афганистана, независимо от национальности или принадлежности к тому или иному сословию, включая женщин, имели бы равные права. Борьбу за достижение этих великих идеалов он начал с ранней молодости и продолжал ее до самого последнего дня».