13-го августа 1786 года, с соизволения Св. Синода, о. Пахомий постриг послушника Прохора в сан инока. Восприемными отцами его при пострижении были о. Иосиф и о. Исаия. При посвящении ему было дано имя Серафима (пламенный). 27-го октября 1786 года монах Серафим, по ходатайству о. Пахомия, был посвящён преосвященным Виктором, епископом Владимирским и Муромским, в сан иеродиакона. Он вполне предался новому своему, поистине уже ангельскому, служению. Со дня возведения в сан иеродиакона он, храня чистоту души и тела, в течение пяти лет и 9-ти месяцев, почти беспрерывно находился в служении. Все ночи на воскресные и праздничные дни проводил в бодрствовании и молитве, неподвижно стоя до самой литургии. По окончании же каждой Божественной службы, оставаясь ещё надолго в храме, он, по обязанности священно-диакона, приводил в порядок утварь и заботился о чистоте Алтаря Господня. Господь, видя ревность и усердие к подвигам, даровал о. Серафиму силу и крепость, так что он не чувствовал утомления, не нуждался в отдыхе, часто забывал о пище и питье и, ложась спать, жалел, что человек, подобно Ангелам, не может беспрерывно служить Богу.
Строитель о. Пахомий теперь ещё более прежнего привязался сердцем к о. Серафиму и без него не совершал почти ни одной службы. Когда он выезжал по делам монастыря или для служения, один или с другими старцами, то часто брал с собою о. Серафима. Так, в 1789-м году, в первой половине июня месяца, о. Пахомий с казначеем о. Исаией и иеродиаконом о. Серафимом отправились по приглашению в село Леметь, находящееся в 6-ти верстах от нынешнего города Ардатова, Нижегородской губ., на похороны богатого благодетеля своего, помещика Александра Соловцева, и заехали по дороге в Дивеево навестить настоятельницу общины Агафию Семёновну Мельгунову, высокочтимую всеми старицу и также благодетельницу свою. Мать Александра была больна и, получив от Господа извещение о скорой кончине своей, просила отцов-подвижников, ради любви Христовой, особоровать её. О. Пахомий сперва предлагал отложить елеосвящение до возвращения их из Лемети, но святая старица повторила свою просьбу и сказала, что они её не застанут уже в живых на обратном пути. Великие старцы с любовью совершили над нею таинство елеосвящения. Затем, прощаясь с ними, мать Александра отдала о. Пахомию последнее, что имела и накопила за года подвижнической жизни в Дивеево. По свидетельству жившей с нею девицы Евдокии Мартыновой своему духовнику, протоиерею о. Василию Садовскому, матушка Агафья Семёновна передала строителю о. Пахомию: мешочек золотом, мешочек серебром и два мешка меди, суммою в 40 тысяч, прося выдавать её сёстрам всё потребное в жизни, так как они сами не сумеют распорядиться. Матушка Александра умоляла о. Пахомия поминать её в Сарове за упокой, не оставлять и не покидать неопытных послушниц её, а также попещись в своё время об обители, обетованной ей Царицею Небесною. На это старец о. Пахомий ответил: «Матушка! Послужить по силе моей и по твоему завещанию Царице Небесной и попечением о твоих послушницах не отрекаюсь; также и молиться за тебя не только я до смерти моей буду, но и обитель вся наша никогда благодеяний твоих не забудет, а в прочем не даю тебе слово, ибо я стар и слаб, но как же и браться за то, не зная, доживу ли до этого времени. А вот иеродиакон Серафим — духовность его тебе известна, и он молод — доживёт до этого; ему и поручи это великое дело».
Матушка Агафья Семёновна начала просить о. Серафима не оставлять её обители, как Царица Небесная Сама тогда наставить его на то изволит.
Старцы простились, уехали, а дивная старица Агафья Семёновна скончалась 13-го июня, в день св. мученицы Акилины. О. Пахомий с братией на обратном пути как раз поспел к погребению матушки Александры. Отслужив литургию и отпевание соборно, великие старцы похоронили первоначальницу Дивеевской общины против алтаря Казанской церкви. Весь день 13-го июня шёл такой проливной дождь, что ни на ком не осталось сухой нитки, но о. Серафим, по своему целомудрию, не остался даже обедать в женской обители и тотчас после погребения ушёл пешком в Саров.
Однажды в Великий Четверток, строитель о. Пахомий, не служивший никогда без о. Серафима, начал Божественную Литургию в 2 часа пополудни вечернею, и после малого выхода и паремий возгласил иеродиакон Серафим: «Господи, спаси благочестивыя и услыши ны!», но, едва обратясь к народу, навёл на предстоящих орарём, возглашая: «и во веки веков» — как вдруг так изменился видом, что не мог ни сойти с места, ни проговорить слова. Все это заметили и поняли, что с ним Божие посещение. Два иеродиакона взяли его под руки, ввели в алтарь и оставили в стороне, где простоял он часа три, меняясь беспрерывно видом, и после, уже придя в себя, наедине поведал строителю и казначею своё видение: «Только что провозгласил я, убогий: Господи, спаси благочестивыя и услыши ны! и, наведя орарём на народ, окончил: и во веки веков! — вдруг меня озарил луч, как бы солнечного света; взглянув на это сияние, увидел я Господа и Бога нашего Иисуса Христа, во образе Сына Человеческого, во славе и неизречённым светом сияющего, окружённого небесными силами, Ангелами, Архангелами, Херувимами и Серафимами, как бы роем пчелиным, и от западных церковных врат грядущего на воздухе; приблизясь в таком виде до амвона и воздвигнув пречистые Свои руки, Господь благословил служащих и предстоящих; по сём, вступив во св. местный образ Свой, что по правую сторону царских врат, преобразился, окружаемый Ангельскими ликами, сиявшими неизречённым светом на всю церковь. Я же, земля и пепел, сретая тогда Господа Иисуса на воздухе, удостоился особенного от Него благословения; сердце моё возрадовалось чисто, просвещённо, в сладости любви ко Господу!»
В 1793 году о. Серафиму исполнилось 34 года, и начальство, видя, что он по своим подвигам стал выше других братий и заслуживает преимущество пред многими, ходатайствовало о возведении его в сан иеромонаха. Так как в этом же году Саровская обитель, по новому расписанию, перешла из Владимирской епархии в Тамбовскую, то о. Серафима вызвали в Тамбов, и 2-го сентября епископ Феофил рукоположил его во иеромонаха. С получением высшей благодати священства о. Серафим стал подвизаться в духовной жизни с вящею ревностью и удвоенною любовью. В течении долгого времени он продолжал непрерывное служение, ежедневно приобщаясь с горячею любовью, верою и благоговением.
Сделавшись иеромонахом, о. Серафим возымел намерение совсем поселиться в пустыне, так как пустынническая жизнь была его призванием и назначением свыше. К тому же, от непрестанного келейного бдения, от постоянного стояния в церкви на ногах с небольшим отдыхом во время ночи, о. Серафим впал в недуг: у него распухли ноги, и на них открылись раны, так что некоторое время он лишился возможности священнодействовать. Болезнь эта была не малым побуждением к избранию пустыннической жизни, хотя для отдыха следовало ему просить у настоятеля о. Пахомия благословения удалиться в больничные келии, а не в пустыню, т.е. от меньших трудов — к большим и тягчайшим. Великий старец Пахомий благословил его. Это было последнее благословение, полученное о. Серафимом от мудрого, добродетельного и почтенного старца, в виду болезни его и приближения смерти. О. Серафим, хорошо помня, как во время его болезни ходил за ним о. Пахомий, теперь сам служил ему с самоотвержением. Раз о. Серафим заметил, что к болезни о. Пахомия присоединилась ещё какая-то душевная забота и печаль.
— О чём, отче святый, так печалишься ты? — спросил его о. Серафим.
— Я скорблю о сёстрах Дивеевской общины,— ответил старец Пахомий,— кто их будет назирать после меня?
О. Серафим, желая успокоить старца в предсмертные минуты, обещался сам назирать их и поддерживать всё так же после смерти его, как было при нём. Это обещание успокоило и обрадовало отходящего ко Господу о. Пахомия. Он поцеловал о. Серафима и затем вскоре опочил мирным сном праведника. О. Серафим горько оплакал потерю старца Пахомия и, с благословения нового настоятеля о. Исаии, также горячо любимого, удалился в пустынную келию (20-го ноября 1794-го года, в день прихода в Саровскую пустынь).
