Однако Александр не стал сразу же преследовать Дария, отходившего к жизненным центрам своего государства, а направился на юг, в Сирию и Финикию, поставив перед собой задачу — уничтожить базы персидского (т.е. финикийского) флота, угрожавшего греческому владычеству на море. Города Арвад и Марат достались ему без боя, так же легко Парменион захватил Дамаск, где в его руки попали обозы и походная казна Дария. Эта добыча существенно поправила финансовое положение македонцев. В Марате Александр получил письмо от Дария, в котором тот просил вернуть ему семью и заключить договор о союзе и дружбе. Македонец ответил отказом. В своем отлете он изобразил войну как отмщение за все обиды, нанесенные персами грекам, и объявил, что уже является царем Азии и что Дарий, если хочет добиться чего-либо, должен обращаться к нему как низший к высшему. Тон письма исключал всякую мысль о примирении.
Дальнейшее продвижение Александра на юг также было удачно. Крупнейшие порты — Библ и Сидон подчинились без боя. Однако жители Тира, надеясь на неприступность своего островного города, отвергли условия, предложенные им Александром. Начались военные действия. Осада длилась семь месяцев, и тиряне проявили чудеса мужества, но Александр, насыпав перемычку через пролив, отделявший Тир от материка, взял город (июль 332 г. до н. э.). Население Тира было обращено в рабство и продано — такой исход пела к этому времени уже стал редким на Ближнем Востоке. Во время осады Тира Александр получил новое письмо от Дария, в котором тот предлагал 10 тыс. талантов серебра в виде выкупа за свою семью, и все земли к западу от Евфрата. Александр опять ответил отказом. После падения Тира Александр двинулся на Египет. Серьезное сопротивление он встретил только в Газе, на юге Палестины, и в ноябре 332 г. вступил в Нильскую долину. Египет никогда не имел органических связей с Ахеменидской державой и со времени первого завоевания персами при Камбисе не раз восставал против них, а с конца V в. до н. э. добился независимости. Только в 343 г. до н. э, персам вновь удалось временно овладеть этой страной. Ненависть египтян к своим поработителям была велика. Александра ждали как избавителя, шли слухи о его египетском происхождении. Персидский наместник немедленно сдался.
Александр наладил управление страной, основал на побережье новый город — Александрию, который был задумай как противовес Финикии, и затем посетил знаменитый оракул Амона, находившийся в оазисе в глубине пустыни. Жрецы провозгласили Александра сыном Амона, признав тем самым его фараоном. Уже весной 331 г. до н.э. он снова появляется в Тире. Отсюда, послав вперед Пармениона и приказав ему захватить переправы через Евфрат, Александр выступил навстречу Дарию III. Персы понимали неизбежность этой схватки и лихорадочно к ней готовились. Они несколько улучшили вооружение конницы, снабдили некоторое количество колесниц лезвиями на осях колёс, чтобы наносить больший урон вражеской пехоте. Однако боеспособность персидского сборного войска оставалась липкой.
Соединившись с Парменионом, Александр перешел Евфрат. Персидский авангард отступил, и македонская армия беспрепятственно переправилась и через Тигр, двигаясь к г. Арбеле, где, по имевшимся, данным, было сосредоточено войско Дария III. Сражение произошло 1 октября 331 г. до н.э. у селения Гавгамелы. Перед боем Александр дал своим воинам необходимый отдых. Дарий же, неуверенный в себе и своих силах, продержал свое войско всю ночь в боевой готовности, без сна. Александр, видя численное превосходство врага и наличие у него новых мощных родов войск — колесниц и слонов был озабочен тем, чтобы предотвратить охват своих флангов, так как линия фронта у персов была значительно длиннее, чем у македонцев. Дарий бросал в атаку сначала сакскую, потом бактрийскую конницу, затем колесницы, но сколько-нибудь заветного успеха добиться не смог. Тогда, воспользовавшись тем, что персидская линия растянулась в попытках охватить его фланги, Александр сам предпринял атаку во главе гетайров, которых он до тех гор держал в резерве. Несмотря на то что Мазей на левом фланге македонцев наносил серьезные удары Парменнону, а бактрийская конница сатрапа Бесса полностью сохраняла боеспособность, Дарий опять бежал. Напрасно конница персов, прорвав македонскую фалангу, пыталась освободить и вооружить военнопленных, напрасно Мазей стремился развить достигнутый им успех — войска Дария дрогнули, и гетайры, во главе с Александром спешившие на выручку к Пармениону, довершили разгром. Отступление превратилось в бегство. Лишь бактрийская конница и греческие наёмники отошли в порядке.
Македонцы преследовали противника до Арбелы. Дарию и некоторым из сатрапов удалось с небольшой группой войск отойти в столицу Мидии Экбатаны. Мазей же отступил в Вавилон, и Александр счел более важным преследовать его. Вавилоняне вышли приветствовать нового царя как освободители. Сатрапом Вавилонии Александр назначил Мазея — первое назначение перса на такой пост. Из Вавилона Александр прошел и Сузы, а оттуда в Парс (Перейду) — родину Ахемеиндов в ядро их царства. Сначала он предпринял зимний поход против местных горцев, затем без особого труда захватил обе столицы персов — Пасаргады и Персеполь. В Персеполе ему достались несметные богатства царской сокровищницы — предание говорит о сумме в 180 тыс. талантов, не считая посуды из золота и серебра и драгоценностей. Дворец Ксеркса был предан огню.
В Персеполе весной 330 г. до н.э. Александр узнал о поражении Спарты, нанесенном ей наместником Македонии Антинатром. Это означали, что серьезный противник македонского владычества в Греции сломлен (и Актинатр твердо стоит на ногах). Если у Александра и были какие-либо сомнения в целесообразности иранского похода, теперь все они отпали. Александр выступил в Мидию; Дарий со своей свитой покинул Экбатаны и бросился в глубь Ирана. Двигаясь с большой быстротой, сопровождаемый небольшим отрядом отборных войск, Александр догнал беглецов на дороге из Мидии в Парфию. Сатрапы закололи Дария, чтобы он живым не достался врагу, а сами бежали дальше. Подоспевший Александр оказал мертвому противнику царские почести. Бежавших сатрапов он не стал преследовать.
После смерти Дария Александр стал считать себя законным наследникомг Ахеменидов и царем Азии. Но чтобы утвердить свою власть на всем пространство Ахеменидской державы, Александру еще предстояло замирить Восток. При этом он встретился с непредвиденными военными трудностями и с резкой оппозицией в среде своих сподвижников. Сначала Александр стремился привлечь на свою сторону видных ахеменидских вельмож, раздавая им сатрапии на востоке, но после нескольких измен и восстаний перешел к карательным мерам. Между тем ему стало известно о заговоре, к которому оказался причастен одни из главных полководцев Александра — начальник гетайров, сын Пармениона Филота. Участники заговора, как видно, принадлежали к верхушке македонской знати, которую вполне устраивало решение первых насущных задач персидской войны, длившейся без перерыва уже шесть лет. Представители опозиции были недовольны превращением македонского царя, когда-то лишь первого среди македонской знати, в восточного деспота. При ликвидации заговора Александр впервые прибег к крутым репрессиям по отношению к своим ближайшим сподвижникам, которым в прежнее время он легко прощал многое, Филота был выдан войску, которое приговорило его к смерти и казнило. Александр же решил, что главным источником недовольства является осторожный, служивший ещё его отцу Парменион. Он долго был первым помощником царя, но, после того как Александр раз за разом отвергал советы старого военачальника, а сам Парменион, командовавший при Иссе и Гавгамеле левым крылом, оба раза действовал не очень удачно, отношения между царем и полководцем ухудшились. Пускаясь в погоню за Дарием, Александр не взял с собой Пармениона, а оставил его в Мидии, поручив ему обеспечение коммуникаций. После казни Филоты Парменион становился ненадежным, и Александр подослал к нему убийц, прежде чем старик узнал о смерти сына. Такие действия Александра объясняются, как видно, чрезвычайно тяжелой обстановкой, в которую он попал на востоке державы.
