Илиодор не подчинился. Распутин телеграфировал ему, что царь пришлет епископа и «своего человека» — прибыли епископ Тульский Парфений и флигель-адъютант полковник А. Н. Мандрыка. Командируя в Царицын Мандрыку «для расследования и доклада», царь 2 февраля 1911 года писал Столыпину: «Народ должен знать, что царю близки его горе и его радости». Радуя народ и огорчая Парфения с Мандрыкой, Илиодор не подчинился и им и хотел ехать в Петербург — тогда отцепили его вагон и доставили к Гермогену, который все же уговорил его ехать в Новосиль.
Но тут произошел второй, решающий конфликт между царем и Столыпиным. В мае 1910 года правительство внесло в Думу законопроект в духе столыпинского «национал-либерализма» о введении земств в шести западных губерниях. Повторилась история со штатами морского штаба: в Думе проект прошел, а в Государственном Совете застопорился — правые, во главе с П.Н. Дурново и Д. Ф. Треневым, увидели в цензовых ограничениях польского дворянства ослабление консервативного принципа. Царь предложил правым поддержать правительство, но на вопрос Трепова, следует ли понимать это как приказ, ответил, что члены Совета могут голосовать «по совести». 4 марта 1911 года проект был забаллотирован в Совете, и на следующий день Столыпин подал в отставку.
На этот раз царь не сказал, что он «не допускает мысли об отставке», но свое обычное: «Я подумаю». По-видимому, он склонялся отставку принять, однако его мать и великие князья Александр и Николай Михайловичи отговорили его, пугая новым взлетом революции. Условием своего возвращения Столыпин поставил — роспуск на три дня Совета и Думы и принятие Положения о земствах на основании ст. 87 Основных законов, а также удаление Дурново и Трепова из Петербурга до конца года. 10 марта, к негодованию обеих палат, царь принял эти условия. Но люди, причастные власти, понимали, что царь этого насилия над своей волей Столыпину не простит.
Первый щелчок тот получил в деле Илиодора. Едва узнав об отставке Столыпина, Илиодор бежал из Новосиля в Царицын и «устроил с народом двадцатидневное сидение в монастыре», где произносил речи, что Столыпина «нужно сечь по средам и пятницам… чтобы выбить из него масонский дух». В монастырь прибыл Гермоген якобы уговаривать Илиодора подчиниться властям, а на деле поддержать его в борьбе с ними. Товарищ министра П. Г. Курлов приказал губернатору арестовать Илиодора. Не решаясь брать штурмом православный монастырь, Стремоухов запросил разрешение царя.
Подогреваемый телеграммами Распутина, царь приказал оставить Илиодора в покое, и Столыпин 28 марта предложил Стремоухову «прекратить всякие действия против монастыря и Илиодора и отбыть в Саратов». Впоследствии Столыпин говорил ему, что «в своих исходных положениях Илиодор прав»: революцию делают «жиды и интеллигенция», но методы Илиодора и его безнаказанность все губят. Безнаказанность даже породила легенду, что Илиодор — незаконный брат государя.
Синод, не желая явно отказываться от предыдущих решений, 31 марта постановил уволить Илиодора от должности настоятеля Новосильского Свято-Духова монастыря и за самовольный отъезд назначить двухмесячную епитимию «в пределах таврической епархии». 1 апреля царь наложил резолюцию: «Иеромонаха Илиодора, во внимание к мольбам народа, оставить в Царицыне, относительно же наложения епитимий предоставляю иметь суждение Св. Синоду». Суждение свелось к отмене запрещения служить и епитимий «ради предстоящих великих дней страстной седмицы и Св. пасхи». В мае ставленник Столыпина С. М. Лукьянов был заменен на посту обер-прокурора Синода В. К. Саблером, бывшим товарищем обер-прокурора при К. П. Победоносцеве. Назначение Саблера поддерживал Распутин — по его словам, Саблер ему за это «в ноги поклонился». Распутина с Саблером познакомил П.С. Даманский, управляющий синодальным контролем, вслед за тем быстро возведенный в товарищи обер-прокурора.
Тогда же Николай принял своего мнимого брата. «Моргая своими безжизненными, усталыми, туманными, слезящимися глазами, мотая отрывисто правою рукой и подергивая мускулами левой щеки», он, поцеловав Илиодору руку, сказал: «Ты… вы… не трогай моих министров. Вам что Григорий Ефимович говорил… говорил. Да. Его… нужно слушать. Он наш… отец и спаситель… Да… Господь его послал… Он тебе, вам ведь говорил, что… жидов, жидов больше и революционеров, а министров моих не трогай…»
Окрыленный этой встречей и победой над Столыпиным, Илиодор вполне почувствовал себя посредником между царем и народом. В июле он с двумя тысячами сторонников через несколько городов совершил паломничество в Саров, встречаемый духовенством, губернаторами, сбивая с прохожих шапки, приказывая арестовывать непочтительных, мажа дегтем репортеров и останавливая трамваи с криком: «Проклятые жиды! Снимайте шапки! Русь идет!» Так что по крайней мере указание государя насчет «жидов» он выполнил.
Но слава кружит голову, и Илиодор пренебрег другим указанием — а именно «слушать Григория Ефимовича». Распутин, вернувшись из Иерусалима и посетив Петербург, прибыл в Царицын 19 июня и был на этот раз встречен Илиодором довольно небрежно. Слегка встревоженный, Распутин рассказал ему, что царю он понравился, прочат его в архимандриты, но царица сказала: «Ты Феофана и Вениамина не бойся… они ходят с низко опущенной головой, а вот Илиодора-то бойся, он друг-друг, а потом так шуганет нас, что и тебе некуда будет деться, да и нам-то нелегко придется». Все же Распутин попросил у царицы 3000 рублей для Саровского паломничества Илиодора, и деньги настроили того дружелюбнее.
На проводы Распутина собралась большая толпа, преимущественно женщин. «Возлюбленный наш друг и брат во Христе, — начал Илиодор. -…Некоторое время над тобой висели черные тучи человеческой клеветы и неправды, когда на тебя ополчились все безбожники и жиды», впрочем, их нападение лучше всего доказало, что Распутин — «великий человек с прекрасной ангельской душой». «Великому человеку» были торжественно преподнесены — купленные на его же деньги — цветы, чайный сервиз и икона, и он в ответ произнес прощальную речь. "Здесь, в первый раз за все время моего знакомства, он показался мне очень привлекательным, — вспоминает Илиодор. — Тонкая, высокая фигура его… тянулась вперед… волосы его и борода, слегка развеваемые ветром, красиво метались во все стороны… Он говорил отрывисто, твердо и звучно: «Да, враги восстали на меня. Думали, что мне конец. Нет. Шалишь. Им конец, но не мне. Кто они? Червяки, которые ползают на внутренней стороне покрышки кадушки с кислой капустой!» Распутин и Илиодор в увитой цветами карете, с ведомой под уздцы лошадью, во главе распевающей патриотические песни процессии медленно двинулись от монастыря к пристани.
Несмотря на карету и цветы, Распутин заметил изменившееся отношение Илиодора и из Покровского телеграфировал в Царское Село: «Вот Илиодорушка-то маленько испортился. Не слушается. Погодите ему митру. Пусть так будет, а там видно». Между тем разворачивались события, на время отвлекшие внимание Распутина от Илиодора и Гермогена.
В конце июля 1911 года отдыхающий в Биаррице граф Витте получил с оказией письмо от журналиста Г. П. Сазонова, знакомого ему уже лет двадцать. Григорий Петрович Сазонов с 1899 по 1902 год издавал в Петербурге либеральную газету «Россия», закрытую за фельетон А. В. Амфитеатрова «Господа Обмановы», под которыми довольно прозрачно имелись в виду Романовы. В годы революции Сазонов поправел, завязал отношения с вождями Союза русского народа, но по мере успокоения начал леветь и затеял газету умеренного направления «Голос земли». С 1909 года Распутин наездами в Петербург часто у него останавливался, и «в конце концов, — пишет Витте, — он создал себе особое отношение к Распутину, нечто вроде аналогичного с содержателем музея, показывающего заморские чудовища». Сазонов первый стал использовать влияние Распутина для продвижения коммерческих предприятий, и тот помог получить в 1910 году уставы двух банков.
Теперь Сазонов сообщал Витте, «что судьба Столыпина спета, что государь твердо решил от него избавиться и не позже, как после торжеств в Киеве», что государь остановился для назначения министром внутренних дел на Хвостове, нижегородском губернаторе… Они, т. е. Сазонов с Распутиным, едут в Нижний окончательно переговорить по этому предмету с Хвостовым, но что у них есть только одно сомнение — это что Хвостов молод и едва ли может заменить Столыпина в качестве председателя Совета, но что он будет прекрасный министр внутренних дел, а затем, — вспоминает Витте, — закидывается удочка в виде вопроса, не соглашусь ли я занять место председателя Совета министров, чтобы дать авторитетность новому министерству. Я на это тоже через оказию ответил Сазонову, что я получил его письмо и остался в недоумении, кто из нас сумасшедший. Они, которые мне такую вещь предлагают, или я, которому они считают возможным такую вещь предлагать. Нужно сказать, что Хвостов — один из самых больших безобразников. Между нынешними губернаторами столыпинской эпохи есть масса больших безобразников; но Хвостов имеет перед ними первенство: для него никаких законов не существует".
