Структуру Генеральной прокуратуры РФ составляют главные управления, управления и отделы на правах управлений: Главная военная прокуратура, Главное следственное управление; управление по надзору за расследованием преступлений органами прокуратуры; за следствием, дознанием и оперативно-розыскной деятельности в органах внутренних дел, за расследованием особо важных преступлений; управление криминалистического обеспечения. Существуют также управления по организации работы, статистики и делопроизводства, по обеспечению участия прокурора в гражданском процессе, по обеспечению участия прокурора в арбитражном процессе, по обеспечению участия прокурора в рассмотрении уголовных дел, по делам несовершеннолетних и молодежи; управление по надзору за законностью исполнения уголовных наказаний, а также другие управления и отделы.
Начальники главных управлений, управлений и отделов на правах управлений являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений – помощниками Генерального прокурора РФ. В главных управлениях, управлениях и отделах устанавливаются должности старших прокуроров и прокуроров, старших прокуроров-криминалистов и прокуроров-криминалистов, а также старших следователей по особо важным делам и следователей по особо важным делам и их помощников.
Генеральный прокурор РФ имеет советников, старших помощников и старших помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу начальников управлений; помощников и помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений. Первый заместитель и заместители Генерального прокурора РФ имеют помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.
В Генеральной прокуратуре РФ образуется на правах структурного подразделения Главная военная прокуратура, возглавляемая заместителем Генерального прокурора РФ – Главным военным прокурором.
Генеральный прокурор РФ руководит всей системой органов прокуратуры, издает обязательные для исполнения всеми работниками органов и учреждений прокуратуры приказы, указания, распоряжения, положения и инструкции, регулирующие вопросы организации деятельности системы прокуратуры и порядок реализации мер материального и социального обеспечения ее работников.
В пределах выделенной штатной численности и фонда оплаты труда Генеральный прокурор РФ устанавливает штаты и структуру Генеральной прокуратуры РФ, определяет полномочия структурных подразделений, устанавливает штатную численность и структуру подчиненных органов и учреждений прокуратуры. Он также назначает на должность и освобождает от должности директоров (ректоров) научных и образовательных учреждений системы прокуратуры РФ и их заместителей.
В Генеральной прокуратуре РФ действует научно-консультативный совет для рассмотрения вопросов, связанных с организацией и деятельностью органов прокуратуры. Положение о научно-консультативном совете утверждено Приказом Генерального прокурора РФ от 03.01.1996 № 1 «Об образовании при Генеральной прокуратуре Российской Федерации научно-консультативного совета».
В структуре Генеральной прокуратуры РФ на основании приказа Генерального прокурора РФ от 23.10.1998 № 207 «Об образовании информационно-аналитического центра Генеральной прокуратуры Российской Федерации» сформирован информационно-аналитический центр. Информационно-аналитический центр создан на правах управления в целях обеспечения Генерального прокурора РФ необходимой аналитической информацией для принятия оптимальных решений и мер по предупреждению и борьбе с преступностью.
В соответствии с Указом Президента РФ от 13.05.2000 № 849 «О полномочном представителе Президента в Российской Федерации в Федеральном округе» в Российской Федерации были созданы семь федеральных округов. В связи с этими административными преобразованиями в структуре управления государственной властью на основании приказа Генерального прокурора РФ от 05.06.2000 № 98 «Об образовании управлений Генеральной прокуратуры Российской Федерации в федеральных округах» в этих федеральных округах были созданы самостоятельные управления Генеральной прокуратуры. На управления Генеральной прокуратуры РФ в федеральных округах возложены следующие полномочия:
1) координация деятельности всех правоохранительных органов, находящихся в пределах федерального округа, по борьбе с преступностью;
2) надзор за исполнением законов федеральными органами, находящимися в пределах федерального округа, органами контроля, их должностными лицами;
3) надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина федеральными органами, органами контроля, их должностными лицами;
4) надзор за исполнением законов федеральными органами в округах, осуществляющими предварительное следствие, дознание и оперативно-розыскную деятельность, а также региональными управлениями по борьбе с организованной преступностью, региональными отделами следственного комитета при МВД России;
5) расследование уголовных дел о наиболее опасных и общественно значимых преступлениях.
При выполнении своих функций управления Генеральной прокуратуры РФ не подменяют прокуратуры субъектов РФ, а взаимодействуют с ними и вправе вмешиваться в их деятельность только тогда, когда для устранения нарушений законности полномочий прокурора субъекта РФ недостаточно либо имеются иные причины и обстоятельства.
Территориальные прокуратуры. Прокуратуры субъектов РФ образованы в соответствии с административно-территориальным и национально-государственным устройством Российской Федерации. Существуют прокуратуры республик, входящих в состав РФ, прокуратуры краев, областей, автономных округов и автономной области.
Прокуратуры субъектов РФ возглавляют назначаемые на должность Генеральным прокурором РФ по согласованию с органами власти субъекта РФ соответствующие прокуроры. Руководители прокуратур субъектов РФ имеют первого заместителя и заместителей, которые также назначаются на должность Генеральным прокурором РФ.
В прокуратурах субъектов РФ образуются коллегии в составе прокурора субъекта РФ (председатель), его первого заместителя и заместителей (по должности), а также других прокурорских работников, назначаемых прокурором субъекта РФ. В прокуратурах субъектов РФ сформированы управления и отделы. Начальники управлений и отделов являются старшими помощниками, а их заместители и начальники отделов в составе управлений – помощниками прокуроров субъектов РФ.
В указанных прокуратурах устанавливаются должности старших помощников и помощников прокурора, старших прокуроров и прокуроров управлений и отделов, старших прокуроров-криминалистов и прокуроров-криминалистов, а также следователей по особо важным делам и старших следователей и их помощников. Прокуроры субъектов РФ могут иметь помощников по особым поручениям, статус которых соответствует статусу заместителей начальников управлений.
Прокуроры субъектов РФ руководят деятельностью прокуратур районов и иных административно-территориальных единиц. Они уполномочены издавать приказы, указания, распоряжения, которые обязательны для исполнения всеми нижестоящими прокурорами. Они также могут вносить в штатные расписания своих аппаратов и подчиненных прокуратур в пределах численности оплаты труда, установленных Генеральным прокурором РФ.
Прокуратуры районов возглавляют соответствующие прокуроры. В указанных прокуратурах устанавливаются должности первого заместителя и заместителей прокуроров, старших помощников и помощников прокуроров, а также старших следователей и следователей и их помощников.
По решению Генерального прокурора РФ в прокуратурах районов и приравненных к ним прокуратурах могут быть образованы отделы. Прокуроры районов, прокуроры специализированных прокуратур назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором РФ. Они подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору РФ.
Специализированные прокуратуры. Систему органов военной прокуратуры составляют: Главная военная прокуратура, военные прокуратуры военных округов, флотов, Ракетных войск стратегического назначения, Московская городская военная прокуратура и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам субъектов РФ, военные прокуратуры соединений, гарнизонов и другие военные прокуратуры, приравненные к прокуратурам городов и районов.