Последовал страшный разгром 1-го Кубанского корпуса. Пластунские полки, укомплектованные неопытными призывниками последних мобилизаций, рассыпались, многие сдались в плен. Прорвавшись к Белой Глине, буденновские части вышли в глубокий тыл Вооруженных Сил Юга России, отрезая от основных сил Баталпашинский отдел, Ставропольскую губернию и всю Терскую Область.

7 февраля 1920 года в Штабе Донской Армии на станции Сосыка состоялось совещание, на котором присутствовали Главнокомандующий генерал А. И. Деникин, Донской Атаман генерал А. П. Богаевский, Кубанский Атаман генерал Н. А. Букретов, командующий Донской Армией генерал В. И. Сидорин и генерал А. Г. Шкуро. На совещании обсуждался вопрос о возможности продолжения борьбы в Кубанской Области, обороны на линии реки Кубань - последнем рубеже, где еще можно было бы остановить продвижение красных. На этом же совещании была решена и судьба Шкуро. Становилось ясно, что, хотя Андрей Григорьевич и является наиболее приемлемой фигурой для Деникина и у него отсутствуют любые стремления к самостийности, он не может справиться с ответственной ролью командующего Кубанской Армией. Налицо были и оперативные просчеты Штаба Шкуро, который упустил из виду оперативную координацию действий Кубанских корпусов. Находясь на посту командующего, Шкуро большую часть времени отдавал разъездам по станицам и мобилизациям казаков.

А для «самостийников» имя Шкуро было еще более неприемлемым. Их идеологи в эмиграции писали: «Кубанские казаки хорошо понимали, что ген[ерал] Шкуро являлся апостолом деникинско-русской "правды", которую отвергало Кубанское казачество. Пребывание ген[ерала] Шкуро на посту командующего армией ясно указывало казакам на то, что их снова хотят повести все той же дорогой на Москву. Только упрямые противники организации настоящей Кубанской армии могли одобрять пребывание ген[ерала] Шкуро на посту командующего Кубанской армией. И только после того, как большевистские армии перешли через рубеж р[еки] Маныча, после того, как неумелые руководители открыли тыл 1-го Кубанского корпуса ген[ерала] Крыжановского для нападения Буденновских дивизий и этим подготовили страшный разгром корпуса, только после того, как оставшийся в одиночестве в северо-западном углу Ставропольской губернии, охватываемый противником с обоих флангов, расстроенный 2-й Кубанский корпус ген[ерала] Науменко поспешно отскочил к станице Кавказской; после того, как 4-й Кубанский корпус был тесно прижат к самому Ставрополю, а конная группа ген[ерала] Павлова 12 февраля понесла поражение под Средне-Егорлыцком, после того, как большевистские дивизии на широком фронте вошли в пределы Кубани, ген[ерал] Деникин отстранил ген[ерала] Шкуро от должности командующего Кубанской армией».

Приказ Главнокомандующего от 14 февраля 1920 года гласил: «Назначается состоящий в резерве при Штабе Главнокомандующего вооруженными силами на Юге России генерал-лейтенант Улагай - командующим Кубанской армией. Командующий Кубанской армией генерал-лейтенант Шкуро - откомандировывается в мое распоряжение с сохранением содержания по последней должности...»

После отставки Шкуро выехал в Екатеринодар. Он еще надеялся использовать свой авторитет для того, чтобы поднять Баталпашинский и Кавказский отделы Кубанского Войска, но изменить ход войны был уже не в силах. Казаки отказывались воевать, белому фронту не удалось удержаться и на линии Кубани. Забрав из Кисловодска семью, Шкуро выехал в Новороссийск.

После того, как основная часть Кубанской Армии осталась непогруженной и не смогла эвакуироваться в Крым, Шкуро принял на себя командование группой войск сочинского направления. В нее свели остатки Донских и Кубанских частей. Здесь до середины апреля 1920 года он вместе с другими Кубанскими генералами безуспешно пытался организовать сопротивление казаков. Большая часть армии сдалась красным, и лишь немногие Кубанские части эвакуировались в Крым. Но с приходом на пост Главнокомандующего Вооруженными Силами Юга России генерала Врангеля Андрею Григорьевичу места в их рядах не нашлось, и он покинул Белый Крым.

Начался эмигрантский период его биографии. Содружество «волков»-партизан продолжалось и в Зарубежье. Вместе со своим командиром они составили ансамбль цирковых наездников. В 1928 году Шкуро заключил контракт о создании труппы казаков - джигитов, танцоров и песенников. Казаки, одетые в специально сшитые для них белые и алые черкески, выступали на одном из ипподромов под Парижем. В политической жизни Шкуро не принимал активного участия, хотя и состоял членом «Объединенного Совета Дона, Кубани и Терека».

Вторая мировая война открыла в судьбе Шкуро последнюю страницу. Как и многие белые эмигранты, он с надеждой воспринял нападение Германии на СССР, видя в этом возможность «победы над большевизмом». И для самого Шкуро, и для его казаков война против Советского Союза была продолжением войны Гражданской.

Шкуро принял участие в формировании казачьих частей для борьбы на Восточном фронте. После вступления частей Вермахта на Кубань шкуринцы снова оказались около родных станиц, призывая земляков-кубанцев к «борьбе с иудо-масонским сталинским режимом». Снова над казачьими станицами стал развеваться черный флажок «Волчьей сотни». Эмигрантские журналы обошла фотография: «Генералы А. Г. Шкуро и Гельмут фон Паннвиц среди офицеров XV Казачьего кавалерийского корпуса».

5 сентября 1944 года генерал Шкуро был назначен начальником резерва Казачьих Войск. Кубанцы были переброшены в Северную Италию, в район Толмеццо, где располагался походный Казачий Стан. Последовали операции против итальянских партизан, переход в Австрию. Вместе с казаками шел и Шкуро. Когда Германия подписала Акт о капитуляции, генерал находился в городе Шпиталь, недалеко от Лиенца. Белому генералу пришлось до конца разделить страдания своих казаков.

28 мая англичане пригласили его на совещание в штаб английского фельдмаршала Александера, в город Юденбург, где его арестовали и 6 июня 1945 года выдали советским властям. Рассказывали, что старый генерал хотел покончить жизнь самоубийством (бросался на штык) - такого позора и предательства он перенести не мог, ведь он был награжден орденом Бани от самого Короля Великобритании. Вместе с генералом П. Н. Красновым Шкуро был доставлен в Москву. Внучатый племянник Краснова вспоминал позднее минуты «общения» заключенных с окружавшими их советскими конвоирами и своеобразную «популярность», которой пользовался у тех генерал Шкуро:

«Около него до зари торчала большая группа, главным образом, молодежи из сержантов, глаз не спускавшая с его подвижного лица. Шкуро ни на минуту не терял своего юмора. Отчаяние и гнев остались там, за мостом в Юденбурге, там, где остались предатели и изменники своему слову. В этих простых армейских солдатах, в большинстве деревенских парнях, он видел просто русских людей. Они, обращаясь к нему, называли его и "батько", и даже "атаман", переименовав его из Шкуро в Шкуру, и некоторые хвастались, что слышали о нем просто "небылицы" от своих дедов, дядьков и отцов.

Оживившись, Шкуро с большим подъемом рассказывал о "лупцовке" красных. Солдаты гоготали и хлопали себя по ляжкам от удовольствия. Более пожилые возражали и доказывали, что и они, красные, давали перца шкуринской волчьей сотне.

-Верно! - соглашался Шкуро. - Давали! Давали так, что у нас зады трещали!

Опять восторженный взрыв хохота. — Ишь ты, какой! — крякали все от удовольствия...

— Ишь, руки-то у тебя какие маленькие! — заметил один из сержантов.

- Маленькие, да удаленькие! Рубить умели! - весело ответил генерал, делая рукой типичные для рубки движения. Солдаты взвизгивали от удовольствия...»

Но между «простыми армейскими солдатами» - русскими людьми и пленными Белыми генералами по-прежнему стоял коммунистический режим. После показательного процесса «изменник Родины», «пособник оккупантов» генерал Шкуро был казнен по приговору Верховного Суда СССР 17 января 1947 года. Скупые строчки приговора, опубликованные в газете «Известия» от 17 января, поставили точку в его биографии: «В соответствии с п. 1 Указа Президиума Верховного Совета СССР от 19 апреля 1943 г. Военная Коллегия Верховного Суда СССР приговорила обвиняемых: Краснова П. Н., Шкуро А. Г., Султан-Гирей, Краснова С. Н., Доманова Т. И. и фон-Панвиц к смертной казни через повешение. Приговор приведен в исполнение».