начальник Главного управления «Омакайтсе» полковник Синка руководил «Омакайтсе» по указаниям немецкого военного командования (начальника тыла на территории Эстонии генерала Ботх и командира Нарвской армейской группы, которым подчинялись комендатуры, использующие полки «Омакайтсе»), представлял немецкому военному командованию на утверждение офицеров в полках, руководил работой по пополнению полков личным составом, вооружением полков, обучением и военным воспитанием членов «Омакайтсе», представлял на утверждение директоров внутренних дел эстонского самоуправления и все назначения должностных лиц в Главном управлении.

Главное управление «Омакайтсе» состояло из нижеследующих четырех отделов: Первый отдел (оперативный), начальник отдела — зам. нач. Главного управления полковник Майде, заместители: майор Тамм и капитан Кийдла.

В задачи отдела входило руководство вопросами оперативно-учебного характера.

Отдел состоял из 4-х отделений.

1 отделение (оперативное), начальник отделения и зам. нач. отдела капитан Киидла, зам. нач. отделения лейтенант Хенносте (позже — начальник отделения лейтенант Хенносте, зам. нач. ст. лейтенант Роземанус). Офицер связи при немецкой дивизии в городе Тарту капитан Яксон (позже капитан Кругвель).

2 отделение (учебно-воспитательное), начальник отделения капитан Хинт.

3 отделение (учетное), начальник отделения капитан Кийдла, зам. нач. лейтенант Вески (с мая 1944 г. начальник отделения майор Тулнола, зам. нач. Нурмисту).

4 отделение (канцелярия и секретная переписка), начальник отделения капитан Виттинг.

Второй отдел (снабжения), начальник отдела подполковник Хинно.

1 отделение (денежного учета), начальник отделения Пиэвере.

2 отделение (вещевого и продовольственного снабжения), начальник отделения капитан Пэрк, зам. нач. отделения капитан Рандмера.

3 отделение (вооружения), начальник отделения Клемени. Второй отдел имел оружейную, сапожную и портняжную мастерские.

Третий отдел (кадровый и общая переписка), начальник отдела подполковник Кальберг.

1 отделение (учет командного состава и ведение личных дел до взводных командиров включительно), начальник отделения лейтенант Утсал, позже лейтенант Аукси и лейтенант Наэль, зам. нач. отделения Гентален.

2 отделение (канцелярия и секретная переписка), начальник отделения майор Кескюль.

3 отделение (юридическое), начальник отделения подполковник Егевеу.

4 отделение (историко-архивное), начальник отделения майор Тулнола (до мая 1944 г.).

5 отделение (библиотека), начальник отделения подполковник Лиивола. Четвертый отдел («Найскодукайтсе» — женская самозащита), начальник отдела Юхани.

Уездных территориальных полков «Омакайтсе», именуемых по-эстонски «Малев» (дружина), было 13. Рабочим органом полка (Малев) являлся штаб, который состоял из 4-х отделений:

Первое отделение (оперативно-учебное) со штатом 5-ти единиц.

Второе отделение (административное) 7–8 единиц.

Третье отделение (хозяйственное) 20 единиц.

Четвертое отделение (медицинское) со штатом 2–3 единицы. Полки были построены побатальонно (в зависимости от общего числа членов организации). Число рот в батальонах равнялось в общем 3–5. Личный состав в ротах комплектовался до 1944 г. добровольцами, а с 1944 г. пополнялся по выбору командиров рот и батальонов из общего числа населения в порядке внутренней принудительной мобилизации. Это обстоятельство повысило число членов «Омакайтсе» и все роты были доведены до штатного состава.

1. Полк «Омакайтсе» в уезде Харьюмаа, командир майор Ляяэне, начальник штаба ст. лейтенант Кассору. По численности одна из самых больших уездных организаций.

2. Полк «Омакайтсе» в городе Таллин, командир полковник Пауль, начальник штаба подполковник Виилип. По общей численности членов — наименьшая уездная организация.

3. Полк «Омакайтсе» в уезде Вирумаа, командир капитан Воска. Штаб помещался в городе Раквере.

4. Полк «Омакайтсе» в городе и уезде Нарва, командир майор Рубах (в последнее время командир майор Ляэнет). Организация была ликвидирована в конце 1943 г.

5. Полк «Омакайтсе» в уезде Тартумаа, командир подполковник Янсон (в последнее время — подполковник Унт). По численности — наибольшая уездная организация.

6. Полк «Омакайтсе» в уезде Вырумаа, командир в 1943 г. капитан Салуэме (в последнее время капитан Тиивиль).

7. Полк «Омакайтсе» в уезде Петсеримаа, командир Педак (в последнее время подполковник Сааль).

8. Полк «Омакайтсе» в уезде Валгамаа, командир майор Сандер.

9. Полк «Омакайтсе» в уезде Пярнумаа, командир майор Лиллелехт (в последнее время майор Эленд).

10. Полк «Омакайтсе» в уезде Вильяндимаа, командир майор Пори.

11. Полк «Омакайтсе» в уезде Лянемаа, командир майор Киргма.

12. Полк «Омакайтсе» в уезде Сааремаа (на островах Балтийского моря), штаб находился в городе Куресаре, командир капитан Кангро.

13. Полк «Омакайтсе» в уезде Ярвамаа, командир майор Ягунд.

Кроме названных территориальных полков, был сформирован один полк «береговой охраны» (от Рижского залива до Нарвской бухты), две роты «вспомогательной полиции» для пограничной охраны по реке Нарва и три отдельных пограничных батальона на участке Васкнарва — Пейпсиярви (Чудское озеро) до Лаура. Но эти части в марте или апреле 1942 г. были ликвидированы и их функции были возложены на соответствующие территориальные полки и специальные немецкие части.

О структуре уездных организаций «Омакайтсе» арестованный Главнокомандующий вооруженными силами нового эстонского национального правительства, заместитель начальника Главного управления «Омакайтсе» полковник Майде Ян Юганович показал: «Всего было организовано 13 уездных полков, которые в оперативном отношении были подчинены немецким полевым комендантам, последние контролировали состав и прохождение обучения» (протокол допроса от 25 октября 1944 г.).

Об этом же арестованный командир полка «Омакайтсе» города Таллин подполковник Виилип Артур Янович в своих показаниях пишет: «Личный состав 13 уездных территориальных полков „Омакайтсе“ до 1944 г. комплектовался за счет добровольцев и с 1944 г. согласно инструкции Главного управления „Омакайтсе“ пополнялся по выбору командиров рот и батальонов из общего числа населения». И дальше: «Батальоном командовал офицер с установленным окладом жалованья, ближайшим помощником был адъютант» (протокол допроса от 19 октября 1944 г.).

Эти данные подтверждает и арестованный бывший заместитель командира полка Красной Армии изменник Родины начальник историко-архивного отделения Главного управления «Омакайтсе» майор Тулнола Хейнго Янович: «К концу 1941 г. было организовано 13 уездных территориальных полков. Сверх названных территориальных полков были сформированы: полк „береговой охраны“, две роты вспомогательной полиции и три отдельных батальона пограничной стражи. Каждый полк подчинялся во всех отношениях непосредственно немецкому полевому коменданту. Самыми крупными полками были полки в Харьюмаа, Вирумаа и Тартумаа. Для руководства полком командир полка имел штаб, в составе которого были начальники отделений по оперативной, административной и хозяйственной частям, кроме того: начальники служб связи, саперного дела и противохимической обороны. В крупных полках Харьюмаа, Вирумаа, Тартумаа были начальники штабов» (протокол допроса от 9 октября 1944 г.).

Все начальники штабов полков, начальники оперативных отделений и их помощники — офицеры. Командирами батальонов были все офицеры в званиях от мл. лейтенанта до майора. Ротами командовали ротные командиры, из которых большинство были офицеры. В одной трети части всех рот были и старшины.

Командный состав «Омакайтсе» получал зарплату по окладам, утвержденным немецким военным интендантством. Рядовые члены «Омакайтсе» установленных Окладов зарплаты не имели и вознаграждались в каждом отдельном случае при выполнении задач.