Для противодействия националистам все избирательные участки в Литве были взяты под вооруженную охрану. В сельской местности 580 участков охранялись войсками НКВД, 370 — войсками Красной Армии и 800 участков — истребительными батальонами и вооруженными группами содействия под руководством офицерского и сержантского состава войск НКВД. В городах избирательные участки охранялись силами милиции. Общая численность войск НКВД в Литве, предназначенных для борьбы с формированиями националистов, была увеличена до 13000 человек, еще 8000 человек охраняли границу, железные дороги, линии правительственной связи и несли конвойную службу. В итоге выборы прошли в целом спокойно, только в Гуделисской волости Мариямпольского уезда националисты обстреляли членов избирательного участка, обходивших избирателей с подвижной урной, ранив двух человек.

С целью разложения национального подполья и склонения к явке с повинной его участников 15 февраля 1946 г. был издан приказ народного комиссара внутренних дел Литовской ССР И.М. Барташунаса, который в количестве 160 тысяч экземпляров был разослан по всем уездам и областям республики. Его довели до местного населения путем проведения собраний по деревням, расклеивания в местах массовых скоплений граждан и даже индивидуального вручения семьям и родственникам участников национальных формирований. В ряде уездов приказ был зачитан в костелах ксендзами. В приказе говорилось, что «разгромлены почти все банды и подпольные антисоветские буржуазно-националистические организации», хотя «кое-где еще имеются остатки литовско-немецких националистов». Для их ликвидации нарком внутренних дел Литовской ССР приказывал «принять решительные меры», добровольно являющихся националистов, в том числе и главарей, никаким репрессиям не подвергать, а после их явки с повинной и сдачи оружия — отпускать по месту жительства и выдавать паспорта.

«Участникам банд, которым бандитские главари запрещают добровольно являться в органы советской власти, приказываю убивать таких главарей и организованно являться с оружием в органы НКВД. За убийство бандитских главарей и рядовых бандитов, препятствующих явке с повинной, никто к ответственности привлекаться не будет. Семьи бандитов и участников буржуазно-националистических организаций, не явившихся с повинной, — арестовывать и высылать… Лиц, не сдавших оружие и не заявивших об имеющихся у них бункерах и укрытиях, арестовывать и судить, как бандитов… Всех тех, кто знал о местонахождении бункеров и укрытий и не заявил об этом органам НКВД, — арестовывать и судить, как бандитских пособников» — говорилось в приказе.

В марте 1946 г. в Вильнюсе был ликвидирован Национальный совет Литвы, одновременно именовавший себя Верховным комитетом вооруженных сил Литвы. Он был создан в декабре 1945 г. и ставил перед собой задачу объединить все националистические организации и формирования для борьбы против советской власти (док. № 121).

27 мая состоялся съезд командиров националистических формирований. Съезд выпустил декларацию, призывавшую литовское население поддерживать националистов. 2 июня прошло совещание руководителей двух округов, формирования которых оперировали на территории юго-западных уездов Литвы. Согласно другому докладу МВД, объединенный штаб партизан Южной Литвы был создан на совещании 22 апреля, руководителем штаба назначен полковник бывшей литовской армии Виткус. 2 июля Виткус был обнаружен и убит (док № 122). Недолго просуществовало и созданное в июне 1946 г. для руководства движением сопротивления на территории всей Литвы «Объединенное демократическое движение сопротивления», БДПС (BDPS — Bendras Demokratino Pasipriesinimo Sajudis). Почти сразу о его создании стало известно МГБ, советским спецслужбам удалось внедрить в руководящие структуры БДПС своих агентов, начались аресты руководителей и активистов (Зубкова Е.Ю. «Лесные братья» в Прибалтике: война после войны // Отечественная история. — 2007. - № 2. — С. 87).

В течение лета и осени 1946 г. органы МВД провели ряд мероприятий по ликвидации всех окружных штабов националистического подполья. 19 сентября на территории Тельшайского уезда был задержан командующий Жемайтийским округом ЛЛА Ашоклис, по кличке «Пеледа». 11 октября при проведении чекистско-войсковой операции в деревне Судалавкис, Швенчионского уезда убит командующий 3 округа ЛЛА Зинкявичус по кличке «Кальвис» — «Артояс». 19 октября оперативной группой МВД убит бывший командующий Шауляйского округа Вилейкис по кличке «Витис». (ГАРФ, Ф. Р-9401, Оп. 2, Д. 139, Л. 276–277).

Для борьбы с националистами в Литве было сосредоточено 12 полков войск МВД; созданы оперативные группы во главе с опытными руководящими работниками МВД, каждой оперативной группе приданы маневренные подразделения войск МВД численностью 500–800 человек; за каждым отрядом националистов закреплены персонально оперативные работники и подразделения войск МВД; в волостях, наиболее охваченных вооруженной борьбой, выставлено 242 гарнизона войск МВД численностью не менее 30 человек каждый.

18 декабря 1946 г. был издан приказ МВД СССР № 001164, согласно которому подлежали высылке из Литвы на спецпоселение: «а) все совершеннолетние члены семей главарей и активных участников банд и антисоветских организаций, находящихся на нелегальном положении; б) совершеннолетние члены семей убитых или осужденных главарей и участников банд, в отношении которых установлена их причастность к проводившейся главами семей вражеской деятельности, а также поддерживающих после осуждения глав семей связь с бандами и антисоветскими организациями, оказывают им помощь и укрывают их участников» (ГАРФ, Ф. Р-9479, Оп. 1, 1Д.900, Л. 202). Выселение производилось по постановлениям Особого совещания при МВД СССР.

Итоги борьбы с национальным подпольем в Литве за три года (1944–1946), подъведенные ГУББ МВД СССР, таковы:

' Отдельно учтено 1038 убитых «бандодиночек, связанных с антисоветским подпольем».

² Здесь, видимо, «бандодиночки» учтены в общем числе.

3 Отдельно учтено 2298 арестованных «бандодиночж».

4 Отдельно учтено 1181 «бандодиночка».

(ГАРФ, Ф. Р-9478, Оп. 1, Д. 764, Л. 15,18, 20).

Эти данные существенно отличаются от приводимых А. Анушаускасом по статистике МГБ СССР (Anusauskas A. A Comparison of the Armed Struggles for Independence in the Baltic States and Western Ukraine// The Anti-Soviet Resistance in the Baltic States. Vilnius, 1999), но не подвергают сомнению его главный вывод: в то время как на Украине партизаны продолжали вести боевые операции, их братья по оружию в Литве сделали ставку на террор как главный метод борьбы.

В начале 1944 г., когда основная часть территории Латвийской ССР оставалась оккупированной немецкими войсками, деятельность по ликвидации национального подполья проводилась в форме очистки прифронтовой полосы. С июля 1944 по 20 января 1945 г. органами НКВД-НКГБ было арестовано 5223 человека, из них «участников бандформирований и их пособников» 376, участников латвийских националистических организаций 479, «предателей, изменников Родины, немецких ставленников и пособников» — 2721.

Всю территорию Латвийской ССР разделили на 6 оперативных секторов, возглавляемых квалифицированными работниками, прибывшими из Москвы. Оперативным секторам были приданы подразделения войск НКВД (док. № 79).

К октябрю 1944 г. большая часть Латвии была освобождена от фашистов, однако немецкие войска продолжали удерживать Курземе, где сложили оружие только после общей капитуляции Германии 9 мая 1945 г.

В отличие от украинских националистов, латышские изначально действовали небольшими группами по 10–20 человек. Только в двух донесениях говорится об отрядах в 150 и 270 человек. Методы борьбы у всех совпадали: на первом месте стоял террор по отношению к представителям советской власти. Так, 3 июня 1945 г. националисты совершили нападение на Жазукалинский сельсовет Абренского уезда, убили председателя сельсовета Лоцан, его заместителя Кипуч и комсомолку Буковскую. 12 июля сожжено здание сельсовета в д. Каймишки Даугавпилского уезда. 14 июля националисты бросили три гранаты в помещение волисполкома волости Синолес, убив физрука Валкского уездного исполкома Цалис и ранив бойца истребительного батальона. 17 июля убит председатель исполкома волости Валвес Екабпилского уезда Будвига (док. № 101, 105).