Совместным приказом НКВД СССР и НКГБ СССР № 1668/1907 от 22 ноября 1944 г. бывший заместитель начальника 2 управления НКГБ СССР комиссар госбезопасности 3 ранга Н.С. Сазыкин был назначен уполномоченным НКВД-НКГБ СССР по Эстонской ССР, а приказом НКВД СССР и НКГБ СССР № 1824/2023 от 14 декабря 1944 г. бывший начальник УНКВД Ставропольского края комиссар госбезопасности И.М. Ткаченко был назначен уполномоченным НКВД-НКГБ СССР по Литовской ССР.

16 декабря 1944 г. В.Н. Меркулов и С.Н. Круглов подписали совместный приказ НКГБ СССР и НКВД СССР № 00489/001526, в котором, в частности, говорилось следующее: «В целях лучшей организации и дальнейшего усиления агентурно-оперативной работы органов НКГБ-НКВД Литовской ССР приказываем: организовать на территории Литовской ССР 9 оперативных секторов:

а) Вильнюсский — в составе г. Вильно и уездов Вильнюсского, Тракайского и Швенчионского;

б) Каунасский — в составе г. Каунас и уезда;

в) Шауляйский — в составе г. Шауляй и уезда;

г) Паневежский — в составе Паневежского, Биржайского и Рокишского уездов;

д) Мариямпольский — в составе Мариямпольского, Шакяйского и Вилкавишского уездов;

е) Алитусский — в составе Алитусского и Сейнайского уездов;

ж) Тельшайский — в составе Тельшайского, Мажейкского и Кретингского уездов;

з) Утенский — в составе Утенского, Укмергского и Зарасайского уездов;

и) Кедайнский — в составе Кедайнского, Рассейняйского и Таурагского уездов.

Начальниками оперативных секторов, ответственными за работу расположенных на территории сектора органов НКГБ-НКВД, назначить:

Вильнюсского оперативного сектора — зам. наркома госбезопасности Литовской ССР полковника госбезопасности тов. Рудакова;

Каунасского оперативного сектора — зам. начальника 2 управления НКГБ СССР комиссара госбезопасности тов. Родионова;

Шауляйского оперативного сектора — зам. начальника УНКГБ по Тамбовской области подполковника госбезопасности тов. Назарова;

Паневежского оперативного сектора — зам. начальника УНКГБ по Горьковской области полковника госбезопасности тов. Веселова;

Мариямпольского оперативного сектора — зам. начальника УНКГБ по Калининской области полковника госбезопасности тов. Сененкова;

Алитусского оперативного сектора — комиссара милиции 3 ранга тов. Рудина;

Тельшайского оперативного сектора — начальника ОББ НКВД Молдавской ССР подполковника госбезопасности тов. Кульчицкого;

Утенского оперативного сектора — зам. начальника УНКВД по Ярославской области полковника тов. Краснова;

Кедайнского оперативного сектора — начальника отдела ГУББ НКВД СССР подполковника госбезопасности тов. Карлина.

Обязать зам. наркома госбезопасности СССР по кадрам тов. Свинелупова подобрать и направить в суточный срок в распоряжение НКГБ Литовской ССР сроком на 2 месяца 150 квалифицированных оперативных работников НКГБ СССР и УНКГБ тыловых областей СССР.

Обязать зам. наркома внутренних дел СССР по кадрам тов. Обручникова подобрать и направить в суточный срок в распоряжение НКВД Литовской ССР сроком на 2 месяца 300 оперативных работников.

Возложить на аппарат НКГБ-НКВД Литовской ССР и на прикрепленных работников задачи:

а) немедленно активизировать агентурно-оперативную и следственную работу;

б) провести мероприятия, обеспечивающие в кратчайший срок выявление, изъятие и полный разгром антисоветских литовских и польских националистических организаций, изымая оружие и нелегальную технику;

в) используя приданные части войск НКВД, ликвидировать оперирующие в уездах бандитские шайки из числа литовских и польских националистов, дезертиров Красной Армии, лиц, уклоняющихся от призыва в Красную Армию и других;

г) обеспечить изъятие скрывающихся в уездах Литовской ССР немецких солдат и офицеров;

д) очистить территорию Литовской ССР от немецкой агентуры, немецких ставленников и пособников, предателей и изменников Родины, карателей и других, обратив особое внимание на изъятие немецких парашютистов.

Начальникам оперативных секторов, руководителям оперативных групп, начальникам отделов НКГБ-НКВД Литовской ССР отчитываться в своей работе в установленные сроки.

Народным комиссарам Литовской ССР: госбезопасности тов. Гузявичюсу и внутренних дел тов. Барташунасу обеспечить руководство и контроль за выполнением настоящего приказа».

25 февраля 1945 г. нарком государственной безопасности СССР В.Н. Меркулов направил на имя Л. П. Берия доклад, в котором, в частности, было записано: «По состоянию на 25 февраля 1945 г. в г. Вильнюсе насчитывается 106497 жителей, из них поляков — 90000, литовцев — 8000. Кроме того, поляки проживают в 5 уездах Литвы: Вильнюсском, Тракайском, Алитусском, Швенчионском и Зарасайском. В этих уездах, включая г. Вильнюс, насчитывается около 350000 поляков. Кроме того, в других уездах Литвы небольшими группами проживает около 90000 поляков.

Для переселения поляков в Польшу на основании Соглашения между правительством Литвы и Польским комитетом национального освобождения от 22 сентября 1944 г. предполагалось переселить в Польшу 180000-200000 человек, в том числе 50000 из города Вильнюса».

Совместным приказом НКВД СССР и НКГБ СССР № 201/364 от 10 марта 1945 г. бывший начальник УНКГБ Челябинской области комиссар госбезопасности 3 ранга А.Н. Бабкин был назначен уполномоченным НКВД-НКГБ СССР по Латвийской ССР.

В целях разгрузки переполненных тюрем органы НКВД СССР использовали испытанный ранее прием, когда следственные заключенные направлялись для дальнейшего следствия в исправительно-трудовые лагеря, освобождая тем самым место для новых арестованных и снижая нагрузку на следственных работников тех или других областных аппаратов.

15 марта 1945 г. заместитель НКВД СССР С.Н. Круглов и заместитель НКГБ СССР Б.З. Кобулов подписали совместную директиву, где было, в частности, записано следующее: «В целях разгрузки тюрем УССР, БССР, часть следственных арестованных органами НКВД, НКГБ указанных республик, из числа бывших немецких ставленников, полицейских, помещиков, участников националистических организаций, лиц, уклоняющихся от службы в Красной Армии и других антисоветских элементов, направляется в лагеря НКВД, расположенные на территории Коми АССР, Архангельской, Свердловской, Кировской, Куйбышевской областей.

Окончание следствия по делам этих арестованных возлагается на НКВД-НКГБ, УНКВД-УНКГБ по месту расположения лагерей.

В связи с этим предлагается: наркомам внутренних дел и государственной безопасности Коми АССР, начальникам УНКВД-УНКГБ Архангельской, Свердловской, Кировской, Куйбышевской областей совместными приказами образовать следственные группы и направить их в соответствующие лагеря для ведения следствия по делам направленных туда арестованных; руководство следственными группами в лагерях возложить на заместителей наркомов внутренних дел — государственной безопасности, заместителей начальников УНКВД-УНКГБ.

Начальникам лагерей НКВД содержать следственных арестованных отдельно от остальных заключенных и обеспечить должную изоляцию однодельцев и особо опасных преступников. Использование этих контингентов на работе в лагерях производить только по согласованию со следственными аппаратами.

Запретить переброски арестованных, находящихся под следствием, из одного подразделения или лагеря в другой до рассмотрения следственных дел в Особом совещании при НКВД СССР и получения из 1 спецотдела НКВД СССР выписки из решения Особого совещания.

В следственной работе основное внимание направить на выявление среди арестованных агентуры разведывательных и контрразведывательных органов противника и участников антисоветских националистических формирований:

а) из числа украинцев — членов ОУН (Организация украинских националистов), участников Украинской повстанческой армии (УПА), членов УНРА (Украинская революционная армия) и участников карательных органов этих организаций СБ (Служба безопасности);

б) из числа белорусов — активных участников белорусских националистических организаций „Белорусское объединение“, „Белорусская самопомощь“, „Союз белорусской молодежи“, „Белорусская независимая партия“ и участников белорусской армии, так называемой „Белорусской краевой обороны“;